امیرعلی جهاندار: «ما به خرداد پر از حادثه عادت داریم.» شاید این جمله را بارها و بارها شنیده باشیم اما آن را به خوبی درک نکرده باشیم. حقیقت آن است که در تاریخ ایران «خرداد» فی‌الواقع ماه پرحادثه‌ای بوده، از سال 42 و سخنرانی امام و قیام کفن‌پوشان تا سال 68 و ارتحال بنیانگذار کبیر انقلاب اما در این میان خرداد سال 60 خود قصه دیگری دارد.
از اواسط سال 59 درگیری‌های بنی‌صدر و طرفدارانش(منافقین) با نیروهای انقلابی بالا می‌گیرد و در 14 اسفند 59 واقعه دانشگاه؛ سخنرانی بنی‌صدر و شعار‌های منافقین علیه شهید بهشتی اوج این ماجرا می‌شود. آغاز سال 60 برابر است با ترورهای پی‌درپی توسط منافقین طرفدار بنی‌صدر و فرزندان معنوی بازرگان. اقدامات اغتشاش‌طلبانه و خشونت‌بار گروه‌ها و طرفداران بنی‌صدر پس از روی کار آمدن او و تلخ ساختن زندگی به کام مردم کوچه و بازار، باعث شد روز دهم اردیبهشت 1360 حضرت امام خمینی(ره) طی سخنانی به گروه‌های مسلح و از جمله سازمان مجاهدین خلق هشدار دهند اسلحه را کنار گذاشته و به آغوش ملت بازگردند. امام در آن تاریخ چنین بیان می‌دارند: «اینها اشتباه می‌کنند. اگر اینها به ملت برگردند که برای خودشان صلاح است و اگر به این امر[تشنج آفرینی] ادامه بدهند یک روز [در پیش] است که پشیمانی دیگر سودی ندارد و آن روزی است که به ملت تکلیف شود».
سازمان مجاهدین بلافاصله به این سخنان واکنش نشان داده و در نامه خود بدون پذیرش خلع‌سلاح از موضع مظلوم و حق‌به‌جانب و در عین حال مدعی قدرت، خطاب به امام اینگونه به تهدید برخاست: «بازهم به عنوان انقلابیون یکتاپرست به عرض می‌رسانیم تا وقتی راه‌های مسالمت‌آمیزِ ابراز عقیده و فعالیت انقلابی مطلقاً مسدود نشده و به اصطلاح حجت تمام نگردیده است [تلاش خواهیم کرد] از عکس‌العمل‌های خشونت‌بار و قهرآمیز بپرهیزیم اما در برابر«تکلیفی» که گوشزد فرمودید چه چاره‌ای جز نوشتن و تقدیم وصیتنامه‌ها باقی می‌ماند؟»
بنیانگذار انقلاب در سخنرانی مورخ 21 اردیبهشت 60 در پاسخ به نامه سازمان که در واقع آخرین اتمام‌حجت‌ها با سازمان محسوب می‌شود دیگربار آنها را از تحمیل هزینه به کشور برحذر می‌دارند و تاکید می‌کنند: «آنهایی که این طور با قلم‌هایشان، علاوه برتفنگ‌هایشان با ما معارضه دارند، به آنها کراراً گفته‌ایم و حالا هم می‌گوییم که در آن نوشته‌ای که نوشتید، در عین حالی که اظهار مظلومیت‌های زیاد کرده‌اید، لکن باز ناشیگری کردید و تهدید به قیام مسلحانه کردید. ما چه‌طور با کسانی که می‌خواهند بر ضد اسلام قیام مسلحانه بکنند، می‌توانیم تفاهم کنیم؟»
در ادامه روند این اختلافات، با اوج‌گیری تنش در فضای سیاسی کشور، بنی‌صدر در مقابله با مجلس شورای اسلامی و دولت رجایی و در شرایط حساس ناشی از جنگ عراق علیه ایران با حمایت تبلیغاتی سازمان مجاهدین خلق، مدعی وقوع «بن‌بست سیاسی در کشور» شده و تنها راه پیش‌ رو را برگزاری «رفراندوم» عنوان کرد. «نهضت آزادی» نیز با حمله به دولت و مجلس از طرح بنی‌صدر اعلام حمایت کرد. روزنامه‌های حامی آنها نیز با تحلیل‌ها و مواضعی مشابه و هماهنگ، برای اثبات وجود بحران غیرقابل حل و ضرورت رجوع مستقیم به آرای عمومی، مقالات بسیاری را منتشر ساختند. مسعود رجوی که همفکری و هماهنگی قبلی و بعدی منافقین با بنی‌صدر را هدایت می‌کرد، طی نامه‌ای با تبریک به رئیس‌جمهور به خاطر ارائه طرح رفراندوم او را در پیگیری این طرح تشجیع و تشویق کرده و تأکید کرد: «هیچ یک از حضرات را یارای حذف شما نیست... طرف دیگر به خوبی می‌داند که شما چه از نظر سیاسی و چه به لحاظ اجتماعی در وضعی هستید که اگربخواهید و اگر بایستید می‌توانید فی‌الواقع جارویش کنید!»
حضرت امام خمینی(ره ) در دیدار با نمایندگان مجلس شورای اسلامی در تاریخ 6 خرداد 60 ، طی سخنان مشروحی مواضع آشکار و قاطعی در برابر طرح بن‌بست و رفراندوم ارائه دادند و رئیس‌جمهور و متحدانش را نسبت به تخطی از قانون انذار کردند. امام به ایشان خاطر‌نشان فرمودند: «اگر پایتان را از اسلام کنار بگذارید، این طلبه‌ای که اینجا نشسته با کمال قوا با شما مخالفت می‌کند... آقای رئیس‌جمهور حدودش در قانون اساسی هست. یک قدم آن‌ور بگذارد من با او مخالفت می‌کنم... نمی‌شود از شما پذیرفت که ما قانون را قبول نداریم. غلط می‌کنی قانون را قبول نداری، قانون تو را قبول ندارد... همه باید مقید به این باشید که قانون رابپذیرید ولو برخلاف رأی شما باشد... آن چیزی را که قوانین یا قانون‌اساسی پذیرفته است، بپذیرد. آن چیزی را که مجلس به آن رای می‌دهد و شورای نگهبان آن را موافق قانون شرع می‌داند، باید بپذیرد اینها را، اگر می‌خواهید از صحنه بیرونتان نکنند، بپذیرید قانون را ...» با این حال سازمان مجاهدین در سرمقاله اولین شماره نشریه مجاهد پس از سخنان امام بر دیدگاه خود مبنی بر وجود بن‌بست سیاسی تأکید مجدد کرد و مقابله خود با رهبری انقلاب را آشکارتر ساخت. بنی‌صدر نیز در مصاحبه مطبوعاتی خود مجدداً بر موضع خود پافشاری کرد و انگیزه اصلی خود از طرح این موضوع را جلوگیری از تضعیف خود برشمرد و موقعیت خود را در «مخاطره» توصیف کرد. وی همچنین در سخنرانی پایگاه هوایی شیراز، برخلاف توصیه امام مبنی بر عدم‌سخنرانی تحریک‌آمیز، سخنان تندی علیه سایر قوا بویژه قوه قضائیه ایراد کرد و تصریح کرد: «من در خطی که هستم با استقامت می‌ایستم».
تظاهرات گسترده و میلیونی مردم در سالگرد قیام 15 خرداد در سراسر کشور و اعلام حمایت سراسری مجدد از روحانیت، آشکار ساخت اکثریت مردم در برابر جبهه ائتلافی بنی‌صدر قرار دارند. در این میان و به دنبال تحرکّات غیرقانونی و غوغاگری طرفداران بنی‌صدر در برخی روزنامه‌ها و نشریات و ضمناً محرز اعلام کردن تخلفات آنها توسط هیات سه‌نفره حل‌اختلاف، دادستانی انقلاب در اطلاعیه 18 خرداد ماه 1360 اعلام کرد: «به حکم دادستان انقلاب اسلامی مرکز، نشریات آرمان ملّت[ارگان حزب ملّت ایران به رهبری داریوش فروهر]، انقلاب اسلامی [ارگان بنی صدر]، جبهه ملی [ارگان جبهه ملی ایران]، میزان [ارگان بازرگان و نهضت آزادی]، نامه مردم [ارگان حزب توده ایران] و عدالت [ارگان حزب رنجبران]، به دلیل نشر مقالات تشنج‌آفرین، تا اطّلاع ثانوی توقیف شدند.»
همان روز، مجاهدین‌خلق به دنبال توقیف نشریات یادشده، با صدور اطلاعیه‌ای اعلام داشت: «توطئه تعطیلی روزنامه‌های غیرحزبی، بویژه روزنامه انقلاب اسلامی ایران، گام بلندی است در مسیرحذف رئیس‌جمهور دکتر بنی‌صدر که جزخفقان هرچه بیشتر وخشنودی دشمنان این میهن و سرکوب و کشتار داخلی را در پیش ندارد.» همچنین 9 تن از نمایندگان مجلس از جمله مهدی بازرگان، سلامتیان، غضنفرپور، یدالله سحابی و کاظم سامی طی نامه‌ای به رئیس مجلس، توقیف نشریات توسط دادستانی انقلاب را غیرقانونی دانسته و محکوم کردند. در همین تاریخ نامه سرگشاده بازرگان و بیانیه شیخ‌علی تهرانی با مضمون صریح و تحریک‌آمیز در مقابله با امام به چاپ رسید. در بیانیه نهضت آزادی نیز ضمن حمایت از رئیس‌جمهور، اقدام قوه‌قضائیه و دادستانی محکوم شده و تلویحاً تلاطم‌ها و تشنج‌ها امری موجه توصیف شده بود. امام خمینی‌(ره) در یک سخنرانی پرشور و قاطع درباره اقدامات بنی‌صدر و مؤتلفین وی آخرین اتمام حجت‌ها را اعلام کردند و مقاومت در برابر قانون و مصوبات قانونی مجلس را دیکتاتوری نامیدند و صریحاً به تشنج‌آفرینان هشدار دادند. اما با دعوت بنی‌صدر از مردم برای مقاومت و ایستادگی در دفاع از وی، در چند نقطه تهران و برخی شهرستان‌ها در روزهای 18 و 19 خرداد تجمعات غیرقانونی و آشوبگرانه‌ای برگزار شد. روز بعد این حوادث امام خمینی (ره) در حکمی ابوالحسن بنی‌صدر را از فرماندهی نیروهای مسلّح عزل کردند. تا سازمان چنین اطلاعیه‌ای صادر کند: «... مجاهدین خلق ایران با اخطار قاطع انقلابی علیه هرگونه سوءنیت به جان رئیس‌جمهور، از تمامی خلق قهرمان ایران، روشنگری، هوشیاری، آمادگی و حضور دائمی درصحنه‌ها و مقاومت پیگیر را طلب می‌نماید.» سازمان، تحولات سیاسی کشور و اقدامات قانونی رهبری انقلاب و مجلس شورای اسلامی برای جلوگیری از قانون‌شکنی بنی‌صدر و دفاع از حریم قانونی ارکان نظام را، «کودتای مرتجعین» نامگذاری کرد و مردم را به مقابله با نظام فراخواند.
از صبح پنجشنبه 21 خرداد ماه 1360 بعد از برکناری بنی‌صدر از فرماندهی کل‌قوا، با پشتیبانی اعضای سازمان، درگیری‌های خشونت‌بار پراکنده‌ای در تهران و چند شهر میان گروه‌های طرفدار بنی‌صدر با مردم رخ داد که به شهادت و زخمی شدن برخی نیروهای مردمی و پاسدار منجر شد. بنی‌صدر بار دیگر در بیانیه 22 خرداد 60  مردم را به مبارزه علنی علیه نظام و حاکمیت جمهوری اسلامی فراخواند. وی در بخشی از این بیانیه بلند با تأکید بر اینکه آزادی و امنیت از بین رفته، خاطرنشان کرد: «... اگر امروز که هنوز وقت باقی است نایستادید و استبداد را که هنوز قوام نگرفته، دفع‌شر نکردید همه آنچه را که گفتم و بدتر از آن را برشماخواهند آورد.»
از سوی دیگر نهضت آزادی نیز در تاریخ 24 خرداد 60 با صدور بیانیه‌ای تحت عنوان «احساس خطر و پیشنهادات به رهبری و دولتمردان و مردم»، مضمون و مفاد بیانیه بنی‌صدر و مواضع مجاهدین‌خلق درباره شرایط سیاسی کشور را تکرار کرد. در این بیانیه که از ساختار کاملاً مشابه متن اطلاعیه بنی‌صدر برخوردار بود، در حمایت از وی تصریح شد انقلاب چنان از شعارهای اصلی خود فاصله گرفته که «رئیس‌جمهور منتخب مردم ناچار است روی پنهان کند». سازمان مجاهدین خلق نیز طی اطلاعیه مورخ 24 خرداد خود در واکنش به طرح بررسی کفایت سیاسی رئیس‌جمهور «اخطار»کرد عزل رئیس‌جمهور در مجلس، عملاً مفهومی جز اعلام جنگ مرتجعین به تمامی خلق ایران ندارد. نشریه « مجاهد » همچنین اطلاعیه‌های گوناگونی از افراد و گروه‌های مختلف با گرایش‌های سیاسی گوناگون در مخالفت با اقدامات قانونی رهبری انقلاب و مجلس انتشار می‌داد و بشدت فضای کشور را در معرض فروپاشی ترسیم می‌کرد. جبهه ملی، طی اعلامیه‌ای که بهانه آن نفی و حمله شدید به لایحه قصاص بود، مردم را به یک راهپیمایی در مسیر خیابان انقلاب به سمت دانشگاه تهران در بعدازظهر روز 25 خرداد 1360فراخواند. اجتماع مورد نظر جبهه ملی و بنی‌صدر شکست خورد و خیابان‌ها در اختیار نیروهای طرفدار انقلاب قرار گرفت و آخرین امید بنی‌صدر به اینکه شاید اجتماع 25 خرداد مفری برای او در پی داشته باشد به یأس مبدّل شد.  میلیون‌ها تن از مردم در تجمع‌ها و تظاهرات مختلف سراسر کشور و نیز نمازهای جمعه 29 خرداد، از اقدام مجلس حمایت کردند و خواستار عزل و محاکمه بنی‌صدر شدند. در این میان مجاهدین خلق در پی آن بود تا به هر تمهیدی چرخه سقوط قانونی بنی‌صدر را از حرکت بیندازند. از این رو با صدور اعلامیه‌های پیاپی در روزهای 27 و 28 خرداد به منظور تکمیل فرآیند تحریک و تقویت انگیزه خشونت در برابر نظام، ادعا شد همزمان با «کودتای ارتجاعی امپریالیستی» احتمال کشتار زندانیان وابسته به گروه‌ها و از جمله سازمان وجود دارد و تهدید شده بود پاسخ لازم، مشابه آنچه «در حق طاغوت و شکنجه‌گران و دژخیمانش روا بود»، توسط سازمان داده خواهد شد.  پنجشنبه 28 خرداد 1360 مصادف بود با صدور پیام مهمی از سوی امام خمینی(ره) به مناسبت نیمه‌شعبان با محوریّت هشدار درباره توطئه‌های جبهه داخلی ضدّانقلاب. در قسمتی از این پیام آمده بود: «... امروز و روزهای آینده، روز شکست جریان دشمنان قسم‌خورده اسلام است.» فردای آن روز، آیت‌‌الله خامنه‌ای در نمازجمعه تهران در حالی که شعار«خمینی بت‌شکن ، بت جدید را بشکن» لحظه‌ای قطع نمی‌شد به شکلی مستوفی و جامع دلایل سقوط بنی‌صدر را بیان کردند. همچنین میلیون‌ها تن از مردم در نمازهای جمعه سراسر کشور با شعارهای خود و تایید مواضع امامان‌جمعه خواستار رأی قاطع مجلس شورای اسلامی به عدم‌کفایت سیاسی رئیس‌جمهور شدند. پس از تصویب آیین‌نامه نحوه رسیدگی به کفایت سیاسی رئیس‌جمهور در جلسه مورخ 27 خرداد مجلس شورای اسلامی و اعلام آغاز بحث و بررسی آن در اولین جلسه بعد از تعطیلات (پنجشنبه 28 خرداد ـ نیمه‌شعبان ـ و جمعه 29 خرداد)، سازمان در روز 28 خرداد ماه 1360 رسماً حرکت مسلحانه علیه نظام جمهوری اسلامی را اعلام کرد تا به زعم دیرین رجوی، ایران به لبنان تبدیل شود. عصر روز سی‌ام خرداد، در تهران و چند شهر بزرگ دیگر، هواداران و وابستگان سازمان حرکتی را شروع کردند که سرانجامی جز تباهی برای آنها نداشت. سازمان بعداً مدعی شد 500 هزار نفر در تظاهرات 30 خرداد شرکت کردند؛ لیکن تعداد افراد سازماندهی شده سازمان و گروه‌هایی که به آنها پیوستند و در حمایت از بنی‌صدر و سازمان به تظاهرات خشونت‌بار و مسلحانه دست زدند، بیش از چند هزار نفر نبود.
خبرگزاری رویترز چنین گزارش داد: «حدود 3 هزار نفر از افرادی که به سازمان چریکی مجاهدین خلق تعلق دارند خیابان‌ها را بسته و تعدادی اتومبیل و موتوسیکلت را آتش زدند و علیه حکومت اسلامی به شعار دادن پرداختند.» مردم در خلال این درگیری‌ها متحمّل ضرب و جرح شدند اما پایان ماجرا مشخص بود. حضور خودجوش و گسترده مردم نقاط مختلف کشور در تظاهرات خیابانی روزهای 30 و 31 خرداد 1360 در تجدید پیمان با رهبری انقلاب (همچون حضور گسترده مردم در نمازجمعه تاریخی 29 خرداد 88) عملیات ارعاب و شورشگرانه سازمان را با ناکامی مواجه ساخت. نتیجه این حضور روز 31 خرداد ظهور یافت و اکثریت نمایندگان به عدم‌کفایت سیاسی بنی‌صدر رأی قاطع دادند و این حکم را برای حضرت امام ارسال داشتند.
فردای آن روز(اول تیرماه) حضرت امام خمینی(ره)، طی پیامی این مهره دست‏نشانده اجانب را از ریاست جمهوری عزل کردند. ایشان در آن پیام فرمودند: «پس از رای اکثریت قاطع نمایندگان مجلس به عدم‌کفایت سیاسی بنی‏صدر، ایشان را از ریاست جمهوری عزل نمودم.» بنی‏صدر که از بازداشت و محاکمه خود هراسان بود، پس از 5 هفته اختفا، با لباس و آرایش زنانه و با هماهنگی عوامل مزدور خویش و با ربودن یک هواپیمای متعلق به جمهوری اسلامی ایران با کوله‏باری از خیانت به ملت در 7 مرداد 1360 از ایران به فرانسه گریخت و در آنجا عملیات ضدنظام را با همکاری منافقین ادامه داد.