برخی دانشجویان عضو اتحادیه انجمن‌های اسلامی دانشجویان مستقل در واکنش به سخنان معصومه ابتکار در برنامه «دیروز، امروز، فردا،» نامه مصطفی معین به خاتمی برای برخورد امنیتی با دانشجویان را منتشر کردند. در این نامه که متعلق به دوران ریاست‌جمهوری محمد خاتمی است، مصطفی معین، وزیر وقت علوم در اعتراض به یک تجمع دانشجویی از رئیس‌جمهور وقت می‌خواهد با دانشجویان تجمع‌کننده برخورد «امنیتی، اطلاعی، قضایی، سیاسی و حقوقی» شود. سینا زعیم‌زاده، دبیر سابق سیاسی اتحادیه انجمن‌های اسلامی دانشجویان مستقل این نامه را در واکنش به سخنان اخیر معصومه ابتکار در برنامه «دیروز، امروز، فردا» منتشر کرده است. زعیم‌زاده ذیل تصویر نامه جمله «صرفاً برای یادآوری به خانم ابتکار» را درج کرده است. معصومه ابتکار که به همراه عبدالحسین روح‌الامینی، دانشجوی پیرو خط امام و شرکت‌کننده در تسخیر لانه جاسوسی آمریکا در سال 58، به مناسبت 16 آذر، روز دانشجو، در برنامه زنده تلویزیونی «دیروز، امروز، فردا» شرکت کرده بود، در ابتدای سخنانش گفته بود: «در دوران اصلاحات، جنبش دانشجویی فعال و منتقد بود و فضا برای انتقاد به دانشجویان داده می‌شد». مصطفی حیدرزاده، دانشجوی دانشگاه صنعتی امیرکبیر نیز چندی پیش طی یادداشتی در اعتراض به این سخنان ابتکار خطاب به وی نوشته بود: «جنبش دانشجویی فراموش نکرده که حضور دانشجویان حزب‌اللهی در مقابل وزارت علوم و انتقاد به عملکرد وزیر وقت علوم آقای معین، نه‌تنها با عدم‌پاسخگویی ایشان روبه‌رو نشد، بلکه آقای معین طی نامه‌ای به آقای خاتمی، با دادن لقب لباس شخصی به دانشجویان، از آقای خاتمی می‌خواهد با این دانشجویان برخورد امنیتی و قضایی شود». این فعال دانشجویی همچنین به صحبت‌های ابتکار درباره «عدم فعالیت انجمن‌های اسلامی در دانشگاه‌ها در دوران کنونی» اشاره کرده و ضمن تاکید بر کذب بودن چنین ادعایی نوشته است که «آیا خانم ابتکار انجمن اسلامی را تا زمانی که در یک فرآیند غیر‌دموکراتیک در دست هم‌کیشان ایشان باشد، مورد تایید قرار می‌دهند و دانشجویان ارزشی که در حال حاضر در انجمن‌های اسلامی فعال هستند را دانشجو نمی‌دانند؟»