سازمان‌های اسلامی در پیام تبریک به پاپ فرانسیس، از وی خواستند تا سیاست‌های ضد اسلامی واتیکان را قطع و با جامعه اسلامی آشتی کند. به دنبال انتصاب «خورخه ماریو برگوگلیو» پاپ آرژانتینی جدید ملقب به فرانسیس، رهبران اسلامی جامعه غرب پیام‌های تبریک خود را به رهبر کاتولیک‌های جهان صادر کردند. این پیام‌های تبریک یادآور همکاری‌های ناقض بندیکت شانزدهم پاپ مستعفی کاتولیک‌ها با جامعه اسلامی غرب برای پاپ فرانسیس است. در این باره سازمان همکاری اسلامی هم متشکل از 57 کشور مسلمان با ابراز تبریک به پاپ فرانسیس اظهار امیدواری کرد که در دوران رهبری فرانسیس شاهد رابطه جدیدی میان مسلمانان و مسیحیان باشیم. در این پیام تبریک آمده است: دوستی صادقانه آرزوی صمیمانه ما در دوران رهبری فرانسیس است و امید است رابطه تیره 8 ساله واتیکان با جامعه اسلامی به روشنی بگراید. سازمان همکاری اسلامی در این پیام به صراحت از رهبری سوء پاپ بندیکت شانزدهم علیه اسلام در طول 8 سال گذشته سخن به میان آورده است تا جایی که در چند‌ماه گذشته پاپ بندیکت علیه اسلام خشونت‌های فاحشی را اعمال می‌کرده است. در این باره باید یادآور شد سوء‌نیت پاپ بندیکت نسبت به اسلام باعث قطع گفت‌وگوی واتیکان با رئیس دانشگاه اسلامی الازهر در سال 2011 شد. از همین رو همه مسندهای اسلامی امیدوارند در رهبری جدید کاتولیک‌های جهان رابطه مسیحیت با اسلام احیا شود.