فعالیت‌های بهائیت در 2 دولت سازندگی و اصلاحات از اهمیت ویژه‌‌ای برخوردار است که با شناسایی و بررسی عملکرد اقتصادی و اجتماعی این فرقه به عمق نفوذ و رابطه این فرقه با بدنه دولت پی خواهیم برد. سایت گویا نیوز که متعلق به سازمان جاسوسی سیا است در مقاله‌ای با مقایسه دولت خاتمی با احمدی‌نژاد، چنین به دفاع از خاتمی پرداخت: «دوران ۸ ساله رياست جمهوری محمد خاتمی فشار و آزار شهروندان بهايی به حداقل ميزان خود طی سی و اندی سال که از تاسيس نظام اسلامی در ايران می‌گذشت، رسيد... اين دوران به دليل اعمال کمترين فشار‌ها به شهروندان بهايی از سوی حکومت، دارای کمترين ميزان مهاجرت شهروندان بهايی از ايران بود بویژه آنکه در آخرين سال رياست جمهوری محمد خاتمی برای اولين بار اعلام شد همه ايرانيان حق شرکت در کنکور سراسری دانشگاه‌ها را دارند و گزينه مذهب در فرم ثبت‌نام کنکور که اشاره به درس تعليمات دينی‌ای دارد که داوطلب برای امتحان برمی‌گزيند، حذف شده بود. مهاجرت شهروندان بهايی در دوران رياست جمهوری احمدی‌نژاد و فشارهای اقتصادی بر شهروندان رو به تزايد گذاشت. بسياری از شهروندان بهايی که طی 2 دهه پس از اخراج از شغل‌های اصلي‌شان توانسته بودند کسب و کاری برای خودشان ايجاد کنند با عدم تمديد يا لغو جواز مواجه شدند. بار ديگر بر مذهب داوطلب شرکت در آزمون سراسری دانشگاه‌های ايران تاکيد شد و عملا اجازه حضور جوانان بهايی در کنکور سراسری گرفته شد. آن تعداد اندک از دانشجويان بهايی هم که به دانشگاه‌های دولتی راه يافته بودند به مرور پس از شناسايی اخراج شدند و بالاخره يک ماه پيش از انتخابات رياست جمهوری سال ۱۳۸۸ خورشيدی 7 شهروند بهايی که مسؤوليت جامعه بهايی ايران را به عهده داشتند بازداشت شدند. اين فشار‌ها مقدمه‌ای بود برای شروع مجدد خروج گسترده بهائيان از ايران تا آنکه انتخابات سال ۸۸ به وقوع پيوست.» به گزارش موسسه راهبردی دیده‌بان، عناصر فرقه ضاله بهائیت در دولت تساهل‌گراي محمد خاتمي توانستند به مراكز علمي و دانشگاهي نفوذ يابند و با پشتيباني شبكه‌اي به سرعت در برخي از تشكل‌هاي دانشجویي از جمله دفتر تحكيم وحدت (اتحاديه انجمن‌هاي اسلامي دانشجويان؛ طيف علامه) و جبهه دموکراتیک ایران (اتحادیه انجمن‌های اسلامی دانشجویی؛ طیف حشمت‌الله طبرزدی) نفوذ کنند تا بتوانند در هویت دانشجو به نظام مقدس جمهوري اسلامي فحاشي كنند. تشکیل ان‌جي‌اوهای متعدد با عناوین و اساسنامه‌های گوناگون، راه‌اندازی مراكز فرهنگي ـ هنري و بويژه موسيقي و نيز راه‌اندازي مهدكودك با حمایت دولت اصلاحات توسط بهائیان اتفاق افتاد. بازماندگان شبكه صهيونيستي بهائيت در ايران، همزمان با بهره‌گيري وافر از فضاي باز رسانه‌اي و ارتباطي در دولت خاتمي، از جمله بي‌بي‌سي، راديو زمانه، راديو فردا و بعدها تلويزيون‌هايي مانند من و تو، رسانه‌هاي سايبري و... ارتباطات جهاني خود را به‌روز مي‌كردند و در پناه رونق فعاليت اقتصادي از يك گروه منزوي و حاشيه‌اي به يك شبكه فعال و چابك تبديل مي‌شدند. آنان با ورود تخصصي به تجارت در حوزه‌هايي كه كمترين نظارت دولتي بر آن حاكم بود، بازرگاني پرسودي را براي خود رقم مي‌زدند. اعترافات این سایت وابسته به سازمان سیا به‌خوبی رابطه تنگاتنگ سران بهائیت با دولت تساهل‌گر خاتمی را تایید و مهر ابطالی بر تفکرات و عقاید خاتمی زد. افرادی که برای کسب رای حاضرند دست به هر اقدامی بزنند و پا روی اعتقادات و ارزش‌های نظام اسلامی که خون سيصد هزار شهید برای شکل‌گیری آن ریخته شده است، بگذارند.