گرانقیمت‌ترین بازیکن تاریخ باشگاه استقلال تهران؛ شاید این نخستین توصیفی است که می‌شود درباره نکو داشت. بويژه که قیمت کاپیتان تیم ملی به یکباره سه برابر هم شد. اما این بازیکن پر حرف و حدیث و حاشیه بیش از 100 بازی ملی داشت و شاید همین توجیه مناسبی برای میزان قیمتش است. نکونام به استقلال آمد. ابتدا حواشی ایجاد شده و بحث کاپیتانی استقلال شکل گرفت. پس از آن یک نیم فصل بیرون ماندن شماره 7 محبوب و بویژه نمایش‌های نه چندان مورد انتظار از کسی که با کلی سر و صدا وارد تیم آبی‌پوش پایتخت شده بود می‌رفت تا کار او را در
نیم فصل در استقلال پایان دهد اما در تمام این مدت تجربه، بزرگترین حامی شماره 6 بود. وی در قضیه کاپیتانی به خوبی توانست خود را از مهلکه نجات دهد تا رو در روی هواداران قرار نگیرد. پس از آن نیز با وجود عملکرد ضعیف و در حالی که پیشنهادات مالی بهتری هم داشت تصمیم گرفت در جمع شاگردان قلعه‌نویی بماند و توانایی‌هایش را نشان دهد. هرچند نکونام هیچ‌وقت جنگندگی آندو را در میانه میدان نداشت و در کار بازیسازی نیز کمتر موفق بود اما در همه دیدارها مهره‌ای کارآمد به حساب می‌آمد، از آن جهت که ریتم و نظم تیمی را به واسطه تجربه بالا و نوع بازی‌اش در همه دیدارها و دقایق بازی حفظ می‌کرد. این کارایی از آن جهت حاصل شده بود که شماره 6، تاکتیک پذیر و کاملا در خدمت تیم بود. وی به عنوان یک فوتبالیست حرفه‌ای فقط توصیه‌های سرمربی تیم را در زمین پیاده می‌کرد تا این ویژگی به تدریج به همبازیانش نیز منتقل شد. ضمن اینکه حضور چند ساله در لالیگای اسپانیا سرعت بازی نکونام را افزایش داده، همان مساله‌ای که باعث می‌شد گاهی سایر هم‌تیمی‌هایش با او ناهماهنگ عمل کنند. (درگیری‌های گاه و بیگاه او و بیك‌زاده در ابتدای فصل را به خاطر دارید؟!) البته ناگفته نماند هرچه به پایان فصل نزدیک‌تر شدیم نکونام از لحاظ فنی هم در استقلال بیشتر جا افتاد و کم کم توانست خودش را با تیم وفق دهد که همین موضوع سبب شد نمایش‌های بهتری در ادامه از وی شاهد باشیم. بويژه پس از تک گل 3 امتیازی برابر کره جنوبی، در دیدارهای مقدماتی جام جهانی برزیل، کاپیتان تیم ملی فوتبال کشورمان از نظر روحی نیز در شرایط بهتری قرار گرفت و این کمک بزرگی به نکونام برای بازیابی خود بود. گل حساس این بازیکن گرانقیمت در بازی استقلال - تراکتور و پیروزی 10 نفره استقلال برابر رقیب جدی صدر جدولی‌اش، پنالتی‌های غیر‌قابل مهار و تماشایی (به خصوص پنالتی چیپی که در نیمه نهایی جام حذفی به سپاهان زد) و بازی‌های سطح بالا در مسابقات آسیایی کلاس بالای بازی نکونام را به خوبی نمایان کرد. اگر توجه کرده باشید نه تنها در دیدار حساس برابر تراکتور که در مواقع حساس دیگری نیز نکونام سرنوشت‌ساز ظاهر شده است. گل وی به فولاد از روی نقطه پنالتی و مسجل کردن قهرمانی استقلال در لیگ برتر دوازدهم از آن جمله‌اند. نکونام در لیگ قهرمانان آسیا تاکنون 3 بار برای استقلال موفق به گلزنی شده است که گل حساس و تماشایی او در دیدار حذفی لیگ قهرمانان آسیا برابر الشباب با یک ضربه سر پرقدرت، دیدنی و بسیار با اهمیت بود. به همین دلایل حالا دیگر کمتر کسی است که به خودش جرأت دهد تا از بازیکن سابق اوساسونا انتقاد کند و بازگشت او را به فوتبال ایران اشتباه بداند، مگر اینکه اشتباه بچگانه‌ای مثل دیدار با الهلال در آزادی از او سر بزند!