تبدیل‌شدن مساله رآکتور آب‌سنگین اراک به یک موضوع مورد مناقشه جدی در مذاکرات ایران و گروه 1+5 باعث شده توجهات بسیاری به این تاسیسات مهم جلب شود در حالی که تا پیش از این اراک عموما یک بخش فرعی در برنامه هسته‌ای ایران محسوب می‌شد. جمهوری اسلامی ایران در نزدیکی شهر اراک دو تاسیسات مهم جدا از یکدیگر دارد که عموما یکی پنداشته می‌شود. تاسیسات اول یک رآکتور 40 مگاواتی آب سنگین (IRـ 40) است که همچنان در دست ساخت قرار دارد و طبق آخرین اطلاعاتی که ایران به آژانس ارائه کرده زودتر از سال 2014 راه‌اندازی نخواهد شد. تاسیسات دوم، کارخانه تولید آب سنگین در خنداب اراک است که در ابعاد صنعتی آب سنگین تولید می‌کند. برای فهم اینکه چرا تاسیسات اراک تا این حد مهم است، ناچار باید کمی به جزئیات فنی پرداخت. رآکتورهای آب سنگین 3 تفاوت اصلی با رآکتورهای آب سبک (شبیه آنچه در تهران یا بوشهر وجود دارد) دارند. 1- رآکتور آب سنگین از اورانیوم خام به عنوان سوخت مورد نیاز خود استفاده می‌کند در حالی که سوخت رآکتورهای آب سبک اورانیوم غنی‌شده است. هر چه ابعاد رآکتور کوچک‌تر و قدرت آن بالاتر باشد به اورانیوم با غنای بیشتری نیاز دارد. رآکتور آب سبک ایران در تهران اورانیوم با غنای 20 درصد و رآکتور قدرت آب سبک ساخته شده در بوشهر اورانیوم با غنای 5 درصد مصرف می‌کند اما به عنوان نمونه رآکتورهایی که در زیردریایی‌ها مورد استفاده قرار می‌گیرد (به دلیل ابعاد بسیار کوچک خود) از اورانیوم با غنای بالای 60 درصد استفاده می‌کنند. بنابراین رآکتورهای آب سنگین از آنجا که نیاز به فرآیند غنی‌سازی برای تولید سوخت آنها وجود ندارد، به لحاظ اقتصادی به صرفه‌تر است.
2- رآکتورهای آب سبک توسط آب معمولی خنک می‌شود اما رآکتورهای آب‌سنگین توسط آب سنگین خنک می‌شود. آب سنگین، همان آب معمولی است که در هسته اتم هیدروژن آن یک نوترون قرار دارد و به عبارت دیگر، به جای هیدروژن معمولی از یکی از ایزوتوپ‌های سنگین‌تر آن به نام دوتریوم تشکیل شده است. ویژگی آب‌سنگین این است که ظرفیت گرمایی بسیار بالاتری نسبت به آب سبک دارد و در واحد حجم، گرمای بیشتری را جذب می‌کند و در نتیجه توان خنک‌کنندگی آن بالاتر است.
3- سوخت مصرف شده رآکتورهای آب سبک دارای مقدار کمی پلوتونیوم است اما سوخت مصرف شده رآکتورهای آب سنگین حاوی مقدار زیادی پلوتونیوم است که می‌تواند پس از طی عملیات بازفرآوری جداسازی شده و در پروژه تسلیحاتی یا غیر آن مصرف شود.
احتمالا همین توضیح کوتاه روشن کرده است که مشکل کجاست. آمریکایی‌ها اعتقاد دارند رآکتور آب سنگین یک مسیر کاملا مستقیم به سمت سلاح هسته‌ای است و از طریق تولید پلوتونیوم کافی، روشی در اختیار ایران قرار می‌دهد که می‌تواند بسیار سریع‌تر از روش غنی‌سازی به سلاح برسد. به همین دلیل هم اسرائیل و آمریکا خواهان آن هستند که رآکتور آب سنگین ایران در هرگونه توافق نهایی به‌طور کامل تعطیل شود. در مذاکرات اخیر ظاهرا درخواست‌های آمریکا و فرانسه درباره این رآکتور تا حدودی با هم متفاوت بوده است. آمریکایی‌ها عقیده داشته‌اند روند ساخت رآکتور اراک می‌تواند ادامه داشته باشد به شرط اینکه اولا ایران رآکتور را سوخت‌گذاری نکند و ثانیا به جای آب سنگین در مراحل تست اولیه از آب معمولی در آن استفاده شود. این در حالی است که علی‌الظاهر فرانسه موضع رادیکال‌تری داشته و معتقد بوده است که هر گونه فعالیت در این رآکتور در طول مدت توافق 6 ماهه باید تعطیل شود. هنوز معلوم نیست که پیش‌نویس نهایی به چه شکل اصلاح شده ولی بسیار بعید است که ایران بتواند کار در رآکتور اراک را تعطیل کند یا آن را به قدری کند کند که بهره‌برداری از آن چند سال به درازا بکشد.
علت این است که بر خلاف آنچه آمریکایی‌ها می‌گویند ایران هدفی کاملا متفاوت و منطقی از ساخت رآکتور IRـ 40 دارد. هدف ایران این است که با توجه به پایان عمر مفید رآکتور تحقیقاتی تهران، بزودی رآکتور اراک را برای مصارف تحقیقاتی و همچنین برای تولید رادیوایزوتوپ‌های پزشکی جایگزین رآکتور تهران کند.
ایران هیچ رآکتور دیگری ندارد که بتواند این محصولات را تولید کند و تجربه نشان داده امکان خرید مطمئن رادیو دارو از خارج از کشور هم
فراهم نیست.
بنابراین سناریوی تعطیلی رآکتور اراک کاملا غیرممکن است. در بهترین حالت ایران می‌تواند بپذیرد که با نصب یک سلسله فیلترها در انتهای فرآیند در این رآکتور پلوتونیوم تولید نشود یا اگر شد پروژه‌ای برای استحصال آن وجود نداشته باشد.
حتی گزینه تعطیلی رآکتور آب سنگین اراک و آغاز ساخت یک رآکتور آب سبک به‌عنوان جانشین رآکتور تهران هم منطقی نیست چرا که ایران تا کنون هزینه‌های فراوانی برای رآکتور اراک انجام داده و این پروژه رو به اتمام است، بنابراین منطقی نیست که ایران همه این هزینه‌ها را نادیده بگیرد و هزینه ساخت یک رآکتور جدید آب سبک را بپردازد. مهم‌تر از این، ضمانتی نیست که شرکت‌های اروپایی حاضر به ساخت رآکتور آب سبک جدید با آن سرعتی باشند که نیازهای دارویی ایران را تامین کند. ساخت یک رآکتور آب سبک جدید در ایران مشکل دیگری هم دارد و آن این است که ایران برای تامین سوخت مورد نیاز آن دچار مشکل خواهد شد در حالی که تامین سوخت رآکتور آب سنگین اراک به‌سادگی برای ایران میسر است.