صدور حکم اعدام برای آیت‌الله نمر باقرالنمر توسط دادگاه سعودی، همانطور که پیش‌بینی می‌شد با اعتراض و واکنش گروه‌های مردمی در جهان اسلام روبه‌رو شد. در این میان مراجع تقلید در قم که پیش‌تر نسبت به برخوردهای غیر‌انسانی با این روحانی شیعه به وهابیون سعودی هشدار داده بودند، اکنون صریح‌تر از گذشته نسبت به این حکم واکنش نشان دادند. در تازه‌ترین واکنش مراجع به این اقدام، آیت‌الله‌العظمی صافی گلپایگانی از جواد ظریف، وزیر امور خارجه خواست نسبت به عواقب این اقدام به سعودی‌ها هشدار بدهد. به گزارش رسا، آیت‌الله صافی از وزارت امور خارجه جمهوری اسلامی ایران خواست نسبت به لغو حکم اعدام این روحانی عالی‌مقام، اقدام سریع و مقتضی انجام دهد. وی تصریح کرد: حکم اعدام این روحانی مبارز و مظلوم برای همه شیعیان و مسلمانان آزاده موجب تأثر و تأسف شدید است. این روحانی بدون هیچ گناهی از سوی حکام کشور عربستان محکوم به اشد مجازات شده است. این مرجع تقلید ادامه داد: آقای دکتر ظریف، وزیر امور خارجه کشورمان در این باره اقدام فوری انجام دهد و تأثر علمای اسلام و همچنین قاطبه مسلمانان را به آنان ابلاغ کرده و عواقب چنین حکم ظالمانه‌ای را به آنان گوشزد کنند. آیت‌الله‌العظمی ناصر مکارم شیرازی نیز دیروز شنبه در درس خارج فقه خود در مسجد اعظم قم صدور حکم اعدام شیخ نمر از علمای مبارز و شیعه عربستان سعودی را محکوم کرد. وی با ظالمانه توصیف کردن صدور چنین حکمی، یادآور شد: شیخ نمر جایی را بهم نزده بود و کاری انجام نداده بود که مستحق چنین حکمی باشد، ایشان سخنرانی‌های داغی را انجام داده بود که نشانه حریت ایشان بود. حضرت آیت‌الله مکارم شیرازی بیان کرد: در کشور ما از درون زندان نامه ضد نظام و رهبری می‌نویسند و کسی هم کاری با آنها ندارد و تا فتنه‌ای برپا نشود درباره افراد چنین حکمی صادر نمی‌کنند. وی صدور چنین حکمی برای آیت‌الله شیخ نمر را ظالمانه خواند و گفت: متاسفانه شیعیان عربستان سعودی در فشار زیادی هستند و برای انجام مراسمات خود آزادی ندارند، حقوق‌شان تضییع می‌شود و از بسیاری از مشاغل محروم هستند. این مرجع تقلید خاطرنشان کرد: عربستان سعودی بداند اگر دست به چنین کاری بزند نفرت و خشم تمام شیعیان و اهل سنت آزادیخواه ضدش خواهد بود و هزینه بسیاری را خواهد پرداخت. وی از سیاست یک بام و دوهوا و متناقض آمریکا و مدعیان حقوق بشر انتقاد و تصریح کرد: وقتی در کشور ما درباره فردی از فرقه ضاله کوچک‌ترین اقدامی انجام شود حامیان عربستان سعودی و کنگره آمریکا تبلیغات عجیبی علیه ما به راه می‌اندازند؛ در کشور عربستان سعودی شیعیان از حقوق اولیه خود محروم هستند اما صدایی از آنها در نمی‌آید. این مرجع تقلید با طرح این سؤال که چرا کنگره آمریکا در قبال این حکم ظالمانه و تضییع حقوق اولیه شیعیان در عربستان سعودی سکوت پیشه کرده و نفس نمی‌کشد؟ تصریح کرد: این مساله نشان‌دهنده دروغ بودن ادعای دموکراسی و حقوق بشر آمریکا و غرب است. حضرت آیت‌الله مکارم شیرازی تاکید کرد: من تکرار می‌کنم این کار آثار و پیامدهای غیر‌قابل پیش‌بینی برای عربستان سعودی دارد و گمان نمی‌کنم عقلای آنها دست به چنین کاری بزنند. آیت‌الله‌العظمی سبحانی نیز با صدور پیامی ضمن محکوم کردن صدور حکم اعدام آیت‌الله شیخ نمر، تصریح کرد: آیت‌الله شیخ نمر کاری جز نصیحت و ارشاد انجام نداده است، او پیوسته از حقوق غصب شده شیعیان سخن می‌گوید و نظام حاکم را بر نفی تبعیض دعوت می‌کند، نتیجه این کار تشویق و تقدیر است نه اعدام. وی در این پیام خاطرنشان کرد: امیران سعودی تصور نکنند که با اعدام آیت‌الله نمر کار اعتراض به پایان می‌رسد، بلکه از هر قطره خون او پرخاشگری پدید می‌آید که پایه‌های حکومت حاکمان را سخت‌تر می‌لرزاند.