طبق قانون مالیات ارزش افزوده آرد خبازی، نان، گوشت، قند، شکر، برنج، حبوبات، سویا، شیر، پنیر، روغن نباتی، شیر خشک مخصوص تغذیه کودکان، انواع دارو، لوازم مصرفی درمانی، خدمات درمانی و بسیاری اقلام دیگر از این مالیات معاف هستند.
در مقاطع زمانی مشاهده می‌شود برخی فروشندگان با سوءاستفاده از بی‌اطلاعی مصرف‌کنندگان کالاهایی را که معاف از مالیات ارزش افزوده هستند با دریافت مالیات به مصرف‌کننده ارائه می‌دهند.
نمونه‌های آن در دوره‌های مختلف مانند مالیات از داروها و کالاهای خوراکی اساسی مردم است.
هر چند سازمان مالیاتی حسب وظیفه خود نسبت به سوءاستفاده برخی فروشندگان برای اخذ مالیات از کالاهایی که معافیت دارند هشدار می‌دهد اما با این حال ضروری است نهادهای نظارتی نسبت به چنین اقدامات غیرقانونی برخورد و نظارت بیشتری داشته باشند.
طبق ماده 12 فصل دوم قانون مالیات بر ارزش افزوده، کالاها و خدماتی که از مالیات بر ارزش افزوده معاف هستند، بدین شرح است:
- محصولات کشاورزی فرآوری نشده دام و طیور زنده، آبزیان، زنبور عسل و نوغان
- انواع کود، سم، بذر و نهال، آرد خبازی، نان، گوشت، قند، شکر، برنج، حبوبات، سویا، شیر، پنیر، روغن نباتی، شیر خشک مخصوص تغذیه کودکان
-انواع دارو، لوازم مصرفی درمانی، خدمات درمانی (انسانی، حیوانی و گیاهی) و خدمات توانبخشی و حمایتی
-خدمات حمل‌ونقل عمومی، مسافری درون و برون‌شهری جاده‌ای، ریلی، هوایی و دریایی
-فرش دستباف
-خوراک دام و طیور
-کتاب، مطبوعات، دفاتر تحریر و انواع کاغذ چاپ، تحریری و مطبوعات
-کالاهای اعطایی به صورت بلاعوض به وزارتخانه‌ها، مؤسسات دولتی و نهادهای عمومی غیردولتی با تایید هیأت وزیران و حوزه‌های علمیه و حوزه گیرنده هدایا
-کالاهایی که همراه مسافر و برای استفاده شخصی تا میزان معافیت مقرره طبق مقررات صادرات و واردات وارد کشور می‌شود. مازاد بر آن طبق مقررات این قانون مشمول مالیات خواهد شد.
-اموال غیرمنقول
-خدمات مشمول مالیات بر درآمد حقوق موضوع قانون مالیات‌های مستقیم
-خدمات بانکی و اعتباری بانک‌ها، مؤسسات اعتباری و صندوق‌های قرض‌الحسنه مجاز و خدمات معاملات و تسویه اوراق بهادار و کالا در بورس‌ها و بازارهای خارج از بورس
-رادار و تجهیزات کمک ناوبری هوانوردی ویژه فرودگاه‌ها براساس فهرستی به پیشنهاد مشترک وزارت راه و ترابری و وزارت اقتصاد
پیش از این نیز معاون مالیات ارزش افزوده سازمان امور مالیاتی از دریافت مالیات برای کالاهایی که مشمول معافیت هستند هشدار داده و نظارت بر اجرای قانون را متوجه نهادهای نظارتی مانند تعزیرات حکومتی دانسته بود. بنابراین بهتر است مصرف‌کنندگان نسبت به خرید کالا و استفاده از خدمات آگاهی و اطلاع بیشتری داشته باشند تا این بی‌اطلاعی اسباب سوءاستفاده برخی فروشندگان را در پی نداشته باشد.