غالب تاریخ‌نویسان مشروطه، شیخ‌فضل‌الله نوری را با عنوان طرفدار استبداد معرفی کرده‌اند و در محکومیتش قلم زده‌اند اما محاکمه و اعدام این فقیه بزرگ، چهره دیگری از او در تاریخ باقی گذاشته و جوّی را که در اجتماع اواخر عمر او پیدا شد تا این اقدام را در حضور مردم موجه کند در هم شکست. آقای علی دوانی در جلد اول نهضت روحانیون ایران به نقل از ضیاءالدین دری می‌نویسد: «من تا آن وقت با آن مرحوم (حاج شیخ‌فضل‌الله) آشنایی نداشتم. زمانی که مهاجرت کردند به زاویه مقدسه، یک روز رفتم وقت ملاقات خلوت از ایشان گرفتم. پس از ملاقات عرض کردم می‌خواهم علت موافقت اولیه حضرتعالی را با مشروطه و جهت این مخالفت ثانویه را بدانم. دیدم این مرد محترم اشک در چشمانش حلقه زد و گفت من والله با مشروطه مخالفت ندارم، با اشخاص بی‌دین و فرقه ضاله و مضله مخالفم که می‌خواهند به مذهب اسلام لطمه وارد بیاورند. روزنامه‌ها را لابد خوانده و می‌خوانید که چگونه به انبیا و اولیا توهین می‌کنند و حرف‌های کفرآمیز می‌زنند. من عین حرف‌ها را در کمیسیون‌های مجلس از بعضی شنیدم از خوف آنکه مبادا بعدها قوانین مخالف شریعت اسلام وضع کنند، خواستم از این کار جلوگیری کنم لذا آن لایحه را نوشتم (منظور اصل دوم متمم قانون اساسی) تمام دشمنی‌‌ها از همان لایحه سرچشمه گرفته است».
دکتر تندرکیا ماجرای دستگیری و محاکمه و دار زدن آیت‌الله نوری را در کتاب شاهین از زبان «مدیر نظام نوابی» معروف به «آقا‌بزرگ» افسری که مستحفظ حاج شیخ بوده است، چنین می‌نویسد: «مدیرنظام می‌گوید: وضعیت شهر وخیم بود. مشروطه‌طلبان شهر را زیر آتش خود گرفته بودند. مأموریت من در جنوب شهر بود. فرمانده به ما پیشنهاد کرد که از بیراهه به مجاهدان ملحق شویم، من نپذیرفتم و خود را کنار کشیدم. تا آنکه می‌گوید: به خانه شیخ شهید، رفتم و به دستور شیخ شهید تفنگچی‌هاي محافظ خانه را به باغ شاه فرستادیم و گفت من مستحفظ برای چه می‌خواهم؟ از آن پس در خانه فقط من ماندم و میرزاعبدالله واعظ و آقاحسین قمی و شیخ خیرالله و همین. آن روزها آقا مریض بود و چلو و زیره می‌‌خورد. روز چهارم پناهندگی شاه بود که آقا، میرزا عبدالله و آقاحسین و شیخ خیرالله را صدا کرد و گفت: «عزیزان من! اینها با من کار دارند نه با شما. این خانه مورد هجوم اینها خواهد شد. از شما هیچ کاری ساخته نیست. من ابداً راضی نیستم که بیهوده جان شما به خطر بیفتد. بروید خانه‌های خودتان و دعا کنید. ایشان هم پس از آه و ناله رفتند. من ماندم و آقا... راستی یادم رفت بگویم دیروزش در اتاق بزرگ همه جمع بودیم و آقایان هریک به عقل خودشان راه علاجی به آقا پیشنهاد می‌کردند و او جواب‌هایی میداد، یکمرتبه آقا رویش را به من کرد و به اسم فرمود آقا بزرگ‌خان تو چه عقلت می‌رسد؟ من خودم را جمع و جور کردم و عرض کردم آقا! من 2 چیز به عقلم می‌رسد: یکی اینکه در خانه‌ای پنهان شوید و مخفیانه به عتبات بروید آنجا در امن و امان خواهید بود و بسیارند کسانی که با جان و دل، شما را در خانه‌شان منزل خواهند داد. آقا در جواب فرمودند: اینکه نشد اگر من پایم را از این خانه بیرون بگذارم اسلام رسوا خواهد شد. تازه مگر می‌گذارند؟! خب دیگر چه؟ عرض کردم دوم اینکه مانند خیلی‌ها تشریف ببرید به سفارت. آقا تبسم کرده، فرمود شیخ خیرالله! برو و ببین زیر منبر چیست؟ شیخ خیرالله رفت و از زیر منبر یک بقچه قلمکار آورد. فرمود بقچه را بازکن، باز کرد؛ چشم همه ما خیره شد. دیدیم یک بیرق خارجی است! خدا شاهد است من که مستحفظ خانه بودم اصلاً نفهمیدم این بیرق را کی آورد و از کجا آورد؟ دهان همه ما از تعجب باز ماند! فرمود: حالا دیدید این را فرستاده‌اند که من بالای خانه‌ام بزنم و در امان باشم اما رواست که من پس از 70 سال که محاسنم را برای اسلام سفید کرده‌ام حالا بیایم و بروم زیر بیرق کفر؟ بقچه را از همان راهی که آمده بود پس فرستاد!
روز چهارم بود، چهارم رفتن شاه به سفارت. نزدیک نصف شب دیدیم در می‌زنند، واکردیم میرزاتقی‌خان آهی است. به آقا خبر دادیم، گفت بفرمایند تو. رفت تو. گفت میرزاتقی‌خان! چه عجب یاد ما کردی این وقت شب چرا؟! گفت آقا کار واجبی بود. از امام جمعه و امیربهادر پیغامی دارم... گفت بفرمایید ببینم چه پیغامی دارید؟ گفت پیغام دادهاند که ما در سفارت روس هستیم و در اینجا مخلای طبع شما یک اتاق آماده کرده‌ایم. خواهش می‌کنیم برای حفظ جان شریفتان قدم رنجه فرمایید و بیایید اینجا، البته می‌دانید در شرع مقدس حفظ جان از واجبات است. گفت: میرزاتقی‌خان! از قول من به امام جمعه بگو تو حفظ جان خودت را کردی، کافی است لازم نیست حفظ جان مرا بکنی! آن شب هم گذشت. شب چهارم بود. فردا و یا پس فردا و یا پس فردایش درست یادم نیست. روز پنجم یا ششم، آقا مرا خواست. رفتم توی کتابخانه. گفت فرزند! تو جوانی، جوان رشیدی هم هستی[ 8-27 ساله بودم ] من حیفم می‌آید که تو بی‌خود کشته شوی. اینجا می‌مانی چه کنی؟ برو فرزند. از اینجا برو! من قلباً به این امر راضی نبودم. رفتم در اندرون. حاج میرزاهادی (پسر شیخ نوری) را صدا کردم، گفتم آقا مرا جواب کرده، تکلیفم چیست؟ حاج میرزاهادی رفت و به خانم قضیه را گفت که یکمرتبه ضجة خانم‌ها بلند شد. نمی‌‌خواستند من بروم! آقا از کتابخانه ملتفت شد و حاج میرزاهادی را صدا زد و گفت این سر و صداها چیست؟! می‌خواهید جوان مردم را به کشتن بدهید... همه ساکت شدند و من رفتم توی کتابخانه. زانوی آقا را همانطور که نشسته بود، بوسیدم که مرخص شوم، فرمود: فرزند! من خیلی خیالات برای تو داشتم، افسوس که دستم کوتاه شد. برو پسرجان! برو تو را به خدا می‌سپارم.» (مراجعه شود به جلد اول نهضت روحانیون ایران، تألیف آقای علی دوانی، ص 150 و بعد). ده‌ها نفر روز 11ماه رجب وارد منزل شیخ فضل‌الله شدند. وی را دستگیر و با درشکه به اداره نظمیه بردند و زندانی کردند. رئیس نظمیه یپرم‌خان ارمنی از فاتحان تهران بود. مورخان به صور مختلف جریان بعد از بازداشت حاج شیخ‌فضل‌الله را نقل کرده‌اند. محاکمه‌ای که ترتیب داده شده با حضور چند نفر انجام گرفت و حاکم آن جلسه حاج شیخ ابراهیم زنجانی بود. آنها عصر روز 13رجب شیخ را به عمارت خورشید واقع در کاخ گلستان بردند. تالار مفروش نبود، وسط تالار یک میز گذاشته بودند؛ یک طرف میز یک صندلی بود و یک طرف دیگرش یک نیمکت. 6 نفر روی این نیمکت حاضر و آماده نشسته بودند. شیخ را روی صندلی نشاندند. مدیرنظام می‌گوید: «من توی درگاه ایستاده بودم، تقریباً 20 نفر تماشاچی هم بود؛ مجاهد و غیرمجاهد ولی همه از هم‌عقیده‌های خودشان بودند که به ایشان اجازه ورود داده بودند. 3 نفر از این 6 مستنطق را می‌شناخت یکی حاج شیخ‌ابراهیم زنجانی بود. من او را می‌شناختم؛ اصلاً معلوم نبود این آخوند چه دین و آیینی دارد. در رأس این 6 نفر مستنطق شیخ‌ابراهیم قرار داشت که فوراً شروع کرد به سوالات از اول تا آخر همه‌اش از تحصن حضرت عبدالعظیم سوال کرد که چرا رفتی؟ چرا آن حرف‌ها را زدی؟ چرا آن چیزها را نوشتی؟ پول از کجا آورده‌ای و از این چیزها و آقا جواب میداد. خیلی می‌خواستند بدانند آقا مخارج حضرت عبدالعظیم را از کجا می‌آورده. آقا هم یکی یکی قرض‌های خود را شمرد و آخر سرگفت دیگر نداشتم که خرج کنم وگرنه باز هم در حضرت عبدالعظیم می‌ماندم.
یکی از آن 6 نفر از آقا سوال کرد مگر محمدعلی‌شاه مخارج حضرت عبدالعظیم شما را نمی‌داد؟ آقا جواب داد شاه وعده‌هایی کرده بود ولی به وعده‌های خود وفا نکرد. در ضمن استنطاق، آقا اجازه نماز خواست، اجازه دادند. آقا عبایش را همان نزدیکی روی صحن اتاق پهن کرد و نماز ظهرش را خواند اما دیگر نگذاشتند نماز عصرش را بخواند. آقا این روزها همینطور مریض بود و پایش هم از همان وقت تیر خوردن درد می‌کرد. زیر بازوی او را گرفتیم و دوباره روی صندلی نشاندیم و دوباره استنطاق شروع شد؛ دوباره شروع کردند در اطراف تحصن حضرت عبدالعظیم سوالات کردند. در ضمن سوالات یپرم از در پایین آهسته وارد تالار شد و 6-5 قدم پشت سر آقا برای او صندلی گذاشتند و نشست. آقا ملتفت آمدن او نشد. چند دقیقه‌ای که گذشت یک واقعه‌ای پیش آمد که تمام وضعیت تالار را تغییر داد. در اینجا من از آقا یک قدرتی دیدم که در تمام عمرم ندیده بودم. تمام تماشاچیان وحشت کرده بودند. تن من می‌لرزید. یکمرتبه آقا از مستنطقین پرسید: کدام‌یک از شما یپرم‌خان هستید؟! همه به احترام یپرم سرجایشان بلند شدند و یکی از آنها با احترام یپرم را که پشت‌سر آقا نشسته بود نشان داد و گفت یپرم‌خان ایشان هستند. آقا همینطور که روی صندلی نشسته بود و 2دستش را روی عصا تکیه داده بود به طرف چپ نصفه دوری زد و سرش را برگرداند و با تغیر گفت: یپرم تویی؟! یپرم گفت: بله، شیخ فضل‌الله تویی؟! آقا جواب داد بله منم! یپرم گفت: تو بودی که مشروطه را حرام کردی؟! آقا جواب داد: بله من بودم و تا ابدالدهر هم حرام خواهد بود. مؤسسین این مشروطه همه لامذهبین هستند و مردم را فریب دادهاند. آقا رویش را از یپرم برگرداند و به حالت اول خود درآورد. در این موقع که این کلمات با هیبت مخصوص از دهان آقا بیرون می‌آمد نفس از در و دیوار بیرون نمی‌آمد، همه ساکت شده گوش می‌دادند. تن من رعشه گرفت، با خود می‌‌گفتم این چه کار خطرناکی است که آقا دارد در این ساعت میکند؟ آخر یپرم رئیس مجاهدین و رئیس نظمیه آن وقت بود! بعد از چند دقیقه یپرم از همان راهی که آمده بود رفت و استنطاق هم تمام شد... فردای شهادت آقا، ورقه‌ای منتشر شد راجع به محاکمه شدن آقا. چیزهایی در آن نوشته بودند که ابداً و اصلاً ربطی به آنچه من روز پیش دیده و شنیده بودم، نداشت!»
مدیرنظام می‌افزاید: «از همان وقت آقا می‌دانست که او را می‌کشند. مخصوصاً وقتی که موقع برگشتن در توپخانه، آن بساط را دید دیگر حتم داشت. خود من در این هنگام به فاصله یک متری آقا به لنگه شمالی در نظمیه تکیه داده بودم. به کلی روحیه‌ام را باخته بودم، هیچ امیدی نداشتم. شب قبلش دار را در مقابل بالاخانه‌ای که آقا در آن حبس بودند برپا کرده بودند. صحن توپخانه مملو از خلق بود. ایوان‌های نظمیه و تلگرافخانه و تمام اتاق‌ها و پشت‌بام‌های اطراف مالامال جمعیت بود. دوربین‌های عکاسی در ایوان تلگرافخانه و چند گوشه و کنار دیگر مجهز و مسلط به روی پایه‌های سوار شده بودند. همه چیز گواهی میداد که هیچ جای امیدی نیست. تمام مقدمات اعدام از شب پیش تهیه دیده شده بود! یک حلقه مجاهد، دور دار دایره زده بودند. چهارپایه‌ای زیر دار گذاشته شده بود. مردم مسلسل کف می‌زدند و یکریز فحش و دشنام می‌دادند. هیاهوی عجیبی صحن توپخانه را پرکرده بود که من هرگز نظیر آن را ندیده بودم. ناگهان یکی از سران مجاهدین که غریبه بود و من آن را نشناختم به سرعت وارد نظمیه شد و راه‌پله‌های بالا پیش گرفت تا برود پله‌های بالا. آقا سرش را از روی دست‌هایش برداشت و به آن شخص آرام گفت: اگر من باید بروم آنجا (با دست میدان توپخانه را نشان داد) که معطلم نکنید. آن شخص جواب داد: الان تکلیف معین می‌شود و با سرعت رفت بالا و بلافاصله برگشت و گفت: بفرمایید آنجا! (میدان توپخانه را نشان داد). آقا با طمأنینه برخاست و عصازنان به طرف نظمیه رفت. جمعیت جلوی در نظمیه را مسدود کرده بود. آقا زیر در مکث کرد. مجاهدین مسلح مردم را پس و پیش کرده راه را جلوی او باز کردند. آقا همانطور که زیر در ایستاده بود نگاهی به مردم انداخت و رو را به آسمان کرد و این آیه را تلاوت فرمود: «وَ اُفُوِضُ اَمْری اِلَی‌الله اِنَ‌‌اللهَ بَصیرٌ بِالْعِباد» و به طرف دار به راه افتاد... روز 13 رجب 1327 قمری بود. روز تولد امیرالمؤمنین علی (علیه‌السلام). یک ساعت و نیم به غروب مانده بود. در همین گیراگیر باد هم گرفت و هوا به هم خورد. آقا 70ساله بود و محاسنش سفید بود. همینطور عصازنان و به طور آرام و با طمأنینه به طرف دار می‌رفت و مردم را تماشا می‌کرد. یکمرتبه به عقب برگشت و صدا زد «نادعلی»... نادعلی فوراً جمعیت را به هم زد و پرید و خودش را به آقا رسانید و گفت بله آقا! مردم که یک جار و جنجالی جهنمی راه انداخته بودند یکمرتبه ساکت شدند و می‌خواستند ببینند آقا چکار دارد. خیال می‌کردند مثلاً وصیتی می‌خواهد بکند، حالا همه منتظرند ببینند آقا چکار میکند... دست آقا رفت توی جیب بغلش و کیسه‌ای درآورد و انداخت جلوی نادعلی و گفت: علی این مهرها را خرد کن! الله‌اکبر کبیر! ببینید در آن ساعت بی‌صاحب، این مرد ملتفت چه چیزهایی بوده، نمی‌خواسته بعد از خودش مهرهایش به دست دشمنانش بیفتد تا سندسازی کنند... نادعلی همانجا چند تا مهر از توی کیسه درآورد و جلوی چشم آقا خرد کرد. آقا بعد از اینکه از خردشدن مهرها مطمئن شد به نادعلی گفت برو و دوباره راه افتاد و به پای چهارپایه دار رسید. پهلوی چهارپایه ایستاد. اول عصایش را به جلو میان جمعیت پرتاب کرد، قاپیدند. عبای نازک مشکی تابستانی دوشش بود. عبا را درآورد و همانطور که جلو میان مردم پرتاب کرد، قاپیدند. زیر بغل آقا را گرفتند و از دست چپ رفت روی چهارپایه رو به بانک شاهنشاهی و پشت به نظمیه قریب 10دقیقه برای مردم صحبت کرد. چیزهایی که از حرف‌های او به گوشم خورد و به یادم مانده اینها هستند: «خدایا! تو خودت شاهدی که من آنچه را که باید بگویم به این مردم گفتم، خدایا! تو خودت شاهد باش که من برای این مردم به قرآن تو قسم یاد کردم، گفتند قوطی سیگارش بود. خدایا! خدایا! تو خودت شاهد باش در این دم آخر باز هم به این مردم می‌گویم که مؤسسین این اساس لامذهبین هستند که مردم را فریب دادهاند. این اساس مخالف اسلام است... محاکمه من و شما مردم بماند پیش پیغمبر محمد بن عبدالله...». بعد از اینکه حرف‌هایش تمام شد، عمامه‌اش را از سرش برداشت و تکان تکان داد و گفت از سر من این عمامه را برداشته‌اند، از سر همه برخواهند داشت. این را گفت و عمامه‌اش هم همانطور به جلو میان جمعیت پرتاب کرد، قاپیدند. در این وقت طناب را به گردن او انداختند و چهارپایه را از زیر پای او کشیدند و طناب را بالا کشیدند... تا چهارپایه را از زیر پای او کشیدند یکمرتبه تنه سنگینی کرد و کمی پایین افتاد اما دوباره بالا کشیدند و دیگر هیچ‌کس از آقا کمترین حرکتی ندید! پس از اینکه آقا، جان تسلیم کرد دسته موزیک نظامی پای دار آمد و همانجا وسط حلقه شروع کرد به زدن و مجاهدین با تفنگ‌هایشان همینطور می‌رقصیدند. وقتی که موزیک راه افتاد مخالفین و ارامنه‌ای که توی ایوان جمع بودند، کف می‌زدند و شادی می‌کردند».
* * *
جلال آل‌احمد در کتاب غرب‌زدگی جهات پیشروی فرهنگ غرب را بیان میکند تا به آنجا می‌رسد که می‌گوید «... و روحانیت نیز که آخرین برج و بازوی مقاومت در قبال فرنگی بود از همان زمان مشروطیت چنان در مقابل هجوم مقدمات ماشین در لاک خود فرورفت و چنان درِ دنیای خارج را به روی خود بست و چنان پیله‌ای به دور خود تنید که مگر در روز حشر بدرد؛ چرا که قدم به قدم عقب نشست. اینکه پیشوای روحانی طرفدار مشروعه در نهضت مشروطیت بالای دار رفت خود نشانه‌ای از این عقب‌نشینی بود و من با دکتر تندرکیا موافقم که نوشت شیخ‌شهید نوری نه به عنوان مخالف «مشروطه» که خود در اوایل امر مدافعش بود بلکه به عنوان مدافع «مشروعه» باید بالای دار بود و من می‌افزایم– و به عنوان مدافع کلیت تشیع اسلامی – به همین علت بود که در کشتن آن شهید همه به انتظار فتوای نجف نشستند؛ آن هم در زمانی که پیشوای روشنفکران غرب‌زده ملکم‌‌خان مسیحی بود و طالبوف سوسیال دموکرات قفقازی و به هر حال از آن روز بود که نقش غرب‌زدگی را همچون داغی بر پیشانی ما زدند و من نعش آن بزرگوار را بر سرِ دار همچون پرچمی می‌دانم که به علامت استیلای غرب‌زدگی پس از 200سال کشمکش بر بام سرای این مملکت افراشته شد و اکنون در لوای این پرچم ما شبیه به قومی از خود بیگانه‌ایم...». (غرب‌زدگی، جلال آل‌احمد (1341)، ص 78)
منبع: تاریخ تحولات سیاسی و روابط خارجی ایران، دکتر سیدجلال‌الدین مدنی، جلد دوم، دفتر انتشارات اسلامی