مدیرعامل باشگاه استقلال تهران در پی حذف این تیم از جام حذفی در نامه‌ای تند خطاب به علی کفاشیان رئیس فدراسیون فوتبال خواستار پاسخ درباره آنچه آن را تبعیض برنامه‌ریزی درباره استقلال و سپاهان خوانده بود، شد و در پی آن علی كفاشیان نیز به این ادعای وی پاسخ داد.
در بخش اول نامه باشگاه استقلال که به ابعاد فنی بازی، بحث داوری و همچنین موضوع مهم مدیریت و زمان‌بندی دیدارهای لیگ برتر، جام حذفی یا لیگ قهرمانان آسیا اشاره شده، آمده است: اکنون این پرسش مهم برای افکار عمومی و هواداران و مجموعه باشگاه استقلال به وجود آمده است که آیا توجیه صرف این موضوع که به دلیل مسابقه تشریفاتی تیم ملی ایران مقابل تیم ملی تایلند، مسابقه تیم سپاهان اصفهان مقابل تیم صبای قم در شهر قم در قالب رقابت‌های جام حذفی همزمان با مسابقات دیگر نمایندگان آسیایی باشگاه‌های ایرانی برگزار نشده است، می‌تواند دلیل قانع کننده‌ای باشد؟ آیا عدالت حکم نمی‌کرد که برنامه‌ریزان و طراحان برای تیم فوتبال استقلال هم مانند تیم سپاهان چنین «امتیاز بزرگی» قائل شوند؟
در بخش دیگری از اين نامه آمده است: با وجود اینکه سرمربی محترم تیم ملی با برگزاری مسابقه استقلال مقابل استیل‌آذین به دلیل خستگی ملی‌پوشان
2باشگاه در فاصله 72ساعت از مسابقه تیم ملی موافق نبوده‌اند، چگونه است که این بار برنامه‌ریزان مسابقات به مانند گذشته به نظر کارشناسی سرمربی تیم ملی توجه نکرده‌اند؟ آیا حضور مدیرعامل محترم باشگاه سپاهان در هیات رئیسه سازمان لیگ برتر و رابطه صمیمانه مدیرعامل محترم باشگاه استیل‌آذین با رئیس محترم سازمان لیگ برتر و سفر آقای عزیز محمدی و آقای علیپور به عربستان و تماشای مسابقه تیم سپاهان مقابل تیم عربستانی از نزدیک توسط مسؤولان سازمان لیگ برتر (در شرایطی که با وجود بهانه‌های پرواز و نبود بلیت هواپیما می‌توانستند از مسابقه استقلال در جده هم دیدن کنند)همه این عوامل در اتخاذ یک تصمیم تبعیض‌آمیز برای باشگاه استقلال موثر نبوده است؟ آیا بهترین زمان برای طراحان احتمالی برخی جریانات جهت حذف تیم استقلال در چنین مقطعی نبوده است؟
در ادامه نامه باشگاه استقلال به فدراسیون آمده است: به چه علتی تیم استقلال بعد از آن مسابقه سخت و طاقت‌فرسا در عربستان در یک فاصله کوتاه و با وجود خستگی به مصاف تیم استیل‌آذین رفت؟ آیا همه ابزارهای لازم برای برگزاری چنین مسابقه حساس و مهمی فراهم بود؟
اگرچه برخی سایت‌های خبری اعلام کرده‌اند که با وجود ارجاع این نامه توسط جنابعالی به کمیته داوران فدراسیون فوتبال، این نامه به دست آن کمیته محترم نرسیده یا رسیدگی نشده است اما حتما با مشاهده مسابقه روز یکشنبه گذشته نگرانی باشگاه استقلال را نسبت به موضوع مطرح شده به وضوح احساس کرده‌اید! قضاوت ضعیف داور وسط این مسابقه، آقای تورج حق‌وردی نشان داد که اگر برنامه‌ریزان و طراحان، عدالت و انصاف را رعایت می‌کردند یکی از زیباترین مسابقه‌های چند سال اخیر فوتبال ایران می‌توانست در زمان بهتر و با قضاوتی مناسب انجام شود.
اما علی کفاشیان رئیس فدراسیون نیز با ارسال نامه‌ای به باشگاه استقلال در پاسخ به آشتیانی موارد زیر را بیان
کرده است:
1- جهت مزید اطلاع، مسابقه نیمه‌تمام مقاومت شهیدسپاسی با تیم فولاد مبارکه سپاهان اصفهان از هفته بیستم دور برگشت به صورت معوقه در روز سه‌شنبه 20 بهمن‌ماه 88 برگزار که تیم استقلال یک روز قبل از آن از سری مسابقات جام حذفی دوشنبه 19بهمن به مصاف تیم ذرت‌کاران اردبیل رفته و مسابقه داده است.
2- با توجه به مسابقات هفته اول جام قهرمانان آسیا در روزهای سه‌شنبه و چهارشنبه (چهارم و پنجم اسفند ماه) و برای ایجاد فرصت لازم برای نمایندگان فوتبال جمهوری اسلامی ایران مسابقات هفته 27 دور برگشت تیم‌های استقلال تهران ـ ذوب آهن اصفهان و مس کرمان ـ فولاد مبارکه سپاهان روز چهارشنبه
بیست و هشتم بهمن‌ماه همزمان برنامه‌ریزی و برگزارشد.
3- مسابقه جام حذفی دور اول از مرحله دوم فولاد مبارکه سپاهان اصفهان با تیم صنعتی کاوه تهران که همزمان با تیم‌های استقلال تهران، ذوب آهن اصفهان و مس کرمان در روزهای یکشنبه یا دوشنبه 9 و 10اسفند پیش‌بینی شده و پرواز برگشت آنها از جده به تهران ساعت نیم بامداد یکشنبه10اسفند‌ماه وارد فرودگاه بین‌المللی تهران می‌شد و با توجه به درخواست باشگاه فولاد مبارکه سپاهان و مخالفت کادر فنی تیم ملی (با عنایت به حضور 4بازیکن فولادمبارکه در تیم ملی) در روز دوشنبه 11اسفند 4روز قبل از مسابقه آسیایی فولاد مبارکه یعنی شنبه اول اسفند 88 برگزار شده است.
4- حضور نمایندگان عزیز فوتبال ایران اسلامی در جام قهرمانان آسیا برای این فدراسیون و همه اعضا و همه باشگاه‌ها به مثابه و همتراز تیم ملی فوتبال بوده و بر همه ما فرض و لازم است که حمایت همه‌جانبه خود را از هر لحاظ از نمایندگان فوتبال ایران در لیگ قهرمانان آسیا به عمل آوریم. حضور مسؤولان محترم سازمان لیگ به خواست این فدراسیون بوده و در مسابقات آتی داخلی و بین‌المللی نیز این رویه برای همراهی هر 4نماینده باشگاه‌های ایران پیگیری و دنبال خواهد شد.
5- جهت مزید اطلاع تیم داوری مسابقه فوتبال استقلال تهران و استیل‌آذین به شهادت کارشناسان محترم داوری به بهترین نحو وظیفه قانونی داوری خود را به انجام رسانده و ایجاد تشکیک در داوری و اعلام تبعیض در برنامه‌ریزی توسط آن باشگاه منصفانه نبوده و نخواهد بود. ضمن اینکه مسابقات انتخابی تیم ملی فوتبال جمهوری اسلامی ایران با تیم تایلند نیز تشریفاتی نبوده و همه ما وظیفه داریم تیم ملی را در هر حال به بهترین نحو حمایت و پشتیبانی كنیم.