پرونده هسته‌ای ایران طی 8 سال گذشته با فراز و فرودهای بسیاری همراه بوده است؛ پرونده‌ای که سیمور هرش، روزنامه‌نگار نشریه نیویورکر با انتشار گزارشی به نقل از افسران اطلاعاتی آمریکا درباره تاسیسات نظامی ایران، برای نخستین بار در سال 80 آن را برای افکار عمومی مطرح کرد و همین گزارش موجب شد چند ماه پس از حملات 11 سپتامبر، جورج بوش، ایران را در کنار عراق و کره‌شمالی به عنوان محور شرارت قلمداد کند. این موضوع در ظاهر تا تابستان سال بعد مسکوت ماند اما با مصاحبه مطبوعاتی یک عضو گروهک تروریستی منافقین و طرح ادعای فعالیت‌های پنهانی هسته‌ای ایران در تاسیسات نطنز و اراک در مرداد 81 و به دنبال آن پخش تصاویر ماهواره‌ای از این تاسیسات توسط شبکه خبری سی‌ان‌ان در آذرماه همان سال، باب موضوعي به نام پرونده هسته‌ای روی ایران گشوده شد و اکنون پس از گذشت 8 سال، این پرونده به واسطه جنجال سیاسی و تبلیغاتی غرب کماکان در دستورکار شورای حکام آژانس بین‌المللی انرژی اتمی قرار دارد. انتشار این تصاویر ماهواره‌ای موجب شد محمد خاتمی، رئیس‌جمهور وقت، بهمن همان سال طی سخنانی ضمن اعلام خبر کشف و استخراج ذخایر اورانیوم در 200 کیلومتری شهر یزد و ایجاد تاسیسات هسته‌ای در شهرهای اصفهان و کاشان، از تلاش دولت در جهت بهره‌گیری از فناوری هسته‌ای برای پیشرفت کشور سخن بگوید. به دلیل حساسیت و اهمیت این موضوع، اوایل اسفندماه 81 محمد البرادعی، مدیرکل آژانس بین‌المللی انرژی اتمی به دعوت مقامات کشورمان برای نخستین‌بار به منظور بازدید از تاسیسات هسته‌ای ایران وارد تهران شد و در همین سفر 2 روزه از فرصت برای مطرح کردن موضوع تصویب و اجرای پروتکل الحاقی استفاده کرد؛ موضوعی که طی 8 سال گذشته همچنان در همه قطعنامه‌ها و بیانیه‌های بین‌المللی بر لزوم امضای آن تاکید می‌شود و این پافشاری نشان از منافعی دارد که غرب رسیدن به مطامع خود را در آن می‌جوید.
نخستین قطعنامه
باوجود ابراز اطمینان البرادعی نسبت به اهداف صلح‌جویانه ایران درباره استفاده از انرژی هسته‌ای، پرونده ایران خرداد 82 در دستورکار جلسه شورای حکام قرار گرفت؛ نشستی که با صدور نخستین بیانیه درباره ایران و درخواست برای امضای پروتکل الحاقی، تعلیق گازدهی در تاسیسات نطنز و نیز اجازه بازرسی بازرسان آژانس از مراکز هسته‌ای پایان یافت. 3 ماه بعد از این بیانیه، یعنی اوایل شهریور 82، ایران خود طی نامه‌اي رسمی برای مذاکره با آژانس پیرامون پروتکل الحاقی اعلام آمادگی کرد اما این موضوع با نتایج نخستین بازدید بازرسان آژانس مبنی بر وجود نشانه‌هایی از اورانیوم غنی شده در نطنز همزمان شد. با اعلام چنین خبری هشدارهای اتحادیه اروپايي مبنی بر تجدیدنظر در روابط اقتصادی و سیاسی با تهران آغاز شد. متعاقب این تهدیدها، مقامات ایران آمادگی خود را برای بازدیدهای سرزده بازرسان آژانس مشروط بر اینکه بازرسان اسرار برنامه نظامی کشور را افشا نکنند، اعلام کردند. به‌رغم اعلام آمادگی ایران برای همکاری، کشورهای اروپایی اواخر شهریور (سپتامبر 2003) پیش‌نویس نخستین قطعنامه علیه ایران را در اختیار 35 عضو شورای حکام قرار دادند که در نهایت به تصویب رسید. در این قطعنامه از ایران خواسته شد پروتکل الحاقی را تصویب و اجرا و همه فعالیت‌های مرتبط با غنی‌سازی خود را نیز تعلیق کند. 13 مهر 82 به دلیل حساسیت موضوع، دولتمردان حسن روحانی، دبیر وقت شورایعالی امنیت ملی را به عنوان مسؤول ارشد پرونده هسته‌ای برگزیدند. کمتر از 2 هفته پس از این انتصاب، روحاني در دیدار با البرادعی در تهران آمادگی خود را برای امضای پروتکل الحاقی اعلام کرد.
بیانیه تهران
چند روز پس از این انتصاب وزرای خارجه 3 کشور اروپایی یعنی انگلیس، فرانسه و آلمان در تاریخ 29 مهرماه 82 (21 اکتبر 2003) به دعوت دولت اصلاحات به تهران سفر کردند که حاصل این مذاکرات، صدور بیانیه مشترکی تحت عنوان «بیانیه تهران» بود؛ بیانیه‌ای که بنیان تعلیق فعالیت غنی‌سازی ایران در آن گذاشته شد. اما نکته قابل تامل در این میان عدم توازن میان تعهدات تهران با تعهدات طرف اروپایی بود. در حالی که ایران خود را ملزم به امضای پروتکل الحاقی و آغاز فرآیند تصویب آن و اجرای پروتکل الحاقی تا پیش از تصویب آن به‌عنوان یک حسن‌نیت کرده بود و از همه مهم‌تر تعلیق داوطلبانه همه فعالیت‌های غنی‌سازی اورانیوم و بازفرآوری البته فقط برای چند هفته را پذیرفته بود، 3 کشور اروپایی برابر بیانیه تهران متعهد شده بودند حق ایران را برای استفاده صلح‌آمیز از انرژی هسته‌ای برابر با پیمان منع اشاعه هسته‌ای (ان‌پی‌تی) به رسمیت بشناسند. این در حالی است که نه‌تنها ایران بلکه همه کشورهای عضو ان‌پی‌تی طبق ماده (4) این معاهده حق بهره‌مندی از انرژی هسته‌ای را دارند. از دیگر تعهدات اروپایی‌ها آسان‌تر کردن دسترسی ایران به فناوری مدرن در صورت رفع نگرانی‌های بین‌المللی از‌جمله نگرانی‌های 3 کشور انگلیس، فرانسه و آلمان بود. در این‌باره چند نکته گفتنی است؛ نخست اینکه رفع نگرانی‌های بین‌المللی و 3 کشور هیچ معیار خاصی ندارد و می‌تواند بدون محدودیت زمانی به طول انجامد و شاید نگرانی آنها هیچ وقت رفع نشود چنانكه دیدیم چنین شد. نکته ظریف این است که این کشورها حتی حاضر نشدند اظهار کنند که ایران پس از تحقق شرایط مزبور می‌تواند فناوری چرخه سوخت را اعمال کند، بلکه به طور ابهام‌آمیزی تنها سخن از فناوری‌های مدرن و دیگر اقلام به میان آوردند. این مطلب به وضوح نشان می‌دهد این کشورها از همان ابتدای مذاکرات با ایران، کنار گذاشتن چرخه سوخت بومی در ایران را مدنظر داشتند و در این مسیر مذاکره می‌کردند؛ موضوعی که مارک لئونارد، مدیر سیاست خارجی مرکز اصلاح اروپایی در سال 84 در گزارشی 32 صفحه‌ای به آن اشاره کرد و نوشت: «اروپاییان در مذاکرات خود با ایران به گونه نامعمولی سختگیر و خواستار تعلیق غنی‌سازی توسط تهران یا ارجاع پرونده به شورای امنیت بوده‌اند. هدف دیپلماسی اروپایی، کندکردن روند برنامه هسته‌ای تهران به اندازه‌ای است که این کشور به مرحله بدون بازگشت فناوری هسته‌ای نرسد و تغییرات سیاسی منجر به روی کارآمدن دولتی شود که خواهان مذاکره با غرب باشد. دیپلماسی اروپایی تاکنون بسیار موفق بوده و توانسته با کندکردن برنامه هسته‌ای ایران، راه را برای ورود بازرسان هسته‌ای به آن کشور باز کند و ائتلاف دیپلماتیک جهانی علیه برنامه غنی‌سازی تهران ترتیب دهد». باوجود اقدامات اعتمادساز ایران، به دلیل پیدا شدن برخی تجهیزات آلوده به اورانیوم غنی شده در جریان بازرسی‌های آژانس و موضوع نحوه دستیابی ایران به تجهیزات موردنظر و پس از آن طرح موضوع ارتباط هسته‌ای ایران با دانش هسته‌ای پاکستان، اعتمادسازی ابتدایی میان تهران و 3 کشور اروپایی دچار مشکل و دومین قطعنامه پیشنهادی 3کشور اروپایی در آذر سال 82 صادر شد. جالب اینکه دقیقا 22 روز پس از صدور این قطعنامه، ایران علاوه بر امضای پروتکل الحاقی و تعهد به اجرای آن برای بیش از 2 سال، اعلام کرد که به منظور اعتمادسازی، پیش از تصویب پروتکل، مفاد آن را به اجرا در خواهد آورد.
موافقتنامه بروکسل
4ماه پس از توافق تهران، شاهد توافق دیگری در بروکسل بین ایران و 3 کشور اروپایی بوديم. این موافقتنامه که 4 اسفند 1382 (23 فوریه 2004) منعقد شد به موافقتنامه بروکسل شهرت یافت. براساس این موافقتنامه ایران باید براساس پروتکل الحاقی اظهارنامه‌هایی به آژانس درباره فعالیت‌های خود ارائه می‌کرد تا مورد راستیآزمایی آژانس قرار گیرد که این اقدام به معنای حلقه تکمیلی نظارت کامل بر فعالیت‌ها و اقدامات گذشته و حال و برنامه‌های آینده ایران بود که فراتر از الزامات حقوقی موجود ایران صورت می‌گرفت. در این مقطع تعلیق مونتاژ و آزمایش سانتریفیوژها، ساخت داخلی قطعات سانتریفیوژ و اعمال تعلیق فعالیت‌های غنی‌سازی نسبت به همه تأسیسات موجود در ایران به تعلیق غنی‌سازی و بازفرآوری اورانیوم افزوده شد. اما این بار نیز طرف اروپایی متعهد به اجرای برخی موارد شد که بیان بعضی از آنها خالی از لطف نیست. آنها این بار متعهد شدند برای عادی‌سازی موضوع هسته‌ای ایران در نشست آژانس تلاش کنند آن‌هم نه تعهد قطعی بلکه در حد «کار فعالانه» که خب نتیجه آن تصویب قطعنامه شدیداللحن شورای حکام در اجلاس ژوئن 2004 (خرداد 83) بود. کشورهای غربی و آمریکا، حتی در 2 اجلاس بعدی شورای حکام در سال 2004 یعنی سپتامبر و نوامبر نیز علیه ایران قطعنامه صادر کردند. حتی اگر این مورد را به عنوان تعهدی از سوی 3 کشور بدانیم، این تعهد در حالی صورت گرفت که تا آن مقطع همه فعالیت‌های مرتبط با غنی‌سازی در ایران به حالت تعلیق درآمده بود و پروتکل الحاقی نیز در حال اجرا بود، لذا اساسا باقی ماندن موضوع هسته‌ای ایران در دستورکار شورای حکام هیچ ضرورت و منطقی نداشت که بخواهند آن را به عنوان یک امتیاز در اختیار ایران قرار دهند. همین موضوعات واکنش حسن روحانی را پس از صدور قطعنامه ژوئن 2004 در پی داشت و او با توجه به اینکه اروپا به تعهدش عمل نکرد، اعلام کرد ایران نیز به تعهد خود عمل نمی‌کند.
موافقتنامه پاریس
به دنبال اوج گرفتن فشارهای بین‌المللی بر سر مشکلات باقیمانده و پرسش‌هایی که در قطعنامه آژانس مطرح شده بود، این نهاد با برگزاری چند نشست در بهار 83 خواستار همکاری هر چه بیشتر و شفاف‌تر ایران شد. این موضوع در نهایت موجب شد غلامرضا آقازاده، رئیس وقت سازمان انرژی اتمی در 20 فروردین اعلام کند که جمهوری اسلامی به صورت داوطلبانه تولید سانتریفیوژ را متوقف می‌کند. با این وجود ابراز نگرانی هیات رئیسه آژانس درباره ناقص بودن برخی اطلاعات ارائه شده از سوی ایران ادامه داشت. به دنبال این فشارها تهران در 5 مرداد 1383 پلمب سانتریفیوژها را برداشت و یک بار دیگر تولید سانتریفیوژها در نطنز را آغاز کرد اما در عین حال تاکید کرد که فعالیت‌های غنی‌سازی را از سر نگرفته است. متعاقب این اقدامات اجلاس تابستانی شورای حکام آژانس در وین در 22 شهریور 83 آغاز شد؛ اجلاسی که حاوی شدیدترین قطعنامه صادره علیه ایران بود. در این قطعنامه 3 کشور اروپایی که بیانیه تهران را مبنای مذاکرات خود قرار داده بودند، یک ضرب‌الاجل 3 ماهه را تا 25 نوامبر برابر با 5 آذر 83 برای ایران تعیین کردند که طبق آن تهران باید همه برنامه‌های مربوط به غنی‌سازی خود را متوقف می‌کرد. علاوه بر این، ایران را تهدید به ارجاع پرونده هسته‌ا‌ی‌اش به شورای امنیت کردند.
2 ماه پس از صدور شدیدترین قطعنامه شورای حکام یعنی 15آبان، حسن روحانی با سفر به فرانسه مذاکرات تازه و جدی‌ای را با وزرای خارجه فرانسه، آلمان و انگلیس شروع کرد. 10 روز پس از این سفر که مصادف بود با 15 نوامبر 2004، سفرای 3 کشور اروپایی راهی تهران شدند تا پاسخ ایران درباره مذاکرات پاریس را از حسن روحانی دریافت کنند. درست یک روز پس از این دیدارها که در کاخ سعدآباد تهران انجام شد، دبیرخانه شورایعالی امنیت ملی متن توافقنامه جدید دیگری با نام «توافقنامه پاریس» را که میان ایران و 3 کشور اروپایی منعقد شده بود، منتشر کرد و بلافاصله پس از امضای «توافقنامه پاریس» حسن روحانی در جمع خبرنگاران حضور یافت و چنین اعلام کرد: «ایران تعلیق کامل غنی‌سازی اورانیوم را پذیرفت.» و البته او این اقدام را عامل دور شدن تهدید ارجاع پرونده هسته‌ای ایران به شورای امنیت عنوان کرد. نکته قابل تامل اینکه موافقتنامه پاریس در شرایطی شکل گرفت که طرف اروپایی به تعهد خود مبنی بر عادی کردن موضوع هسته‌ای ایران عمل نکرده بود.
در این موافقتنامه چون 2 توافقنامه پیشین، 3 کشور اروپایی به دنبال گسترش تعلیق برنامه هسته‌ای ایران تا حد اعلای آن بودند. از این رو در موافقتنامه پاریس، ایران علاوه بر پذیرش ادامه تعلیق داوطلبانه، متعهد به گسترش آن تا تعلیق همه فعالیت‌های مرتبط با غنی‌سازی و بازفرآوری نظیر ساخت و واردات سانتریفیوژهای گازی و قطعات آنها، مونتاژ، نصب، آزمایش یا اداره سانتریفیوژهای گازی شد. در این بند همچنین عنوان شده بود که حفظ تعلیق مادامی که مذاکرات درباره یک موافقتنامه ترتیبات درازمدت که مورد قبول طرفین باشد پیگیری می‌شود، حفظ خواهد شد و برای ادامه کل فرآیند ضروری خواهد بود. تعلیق، طبق این موافقتنامه به حدی گسترش یافت که نه‌تنها موارد مندرج در بیانیه تهران و موافقتنامه بروکسل را در برگرفت، بلکه آن را توسعه داد و حتی شامل فعالیت‌های غیرمرتبط با غنی‌سازی نیز شد، به گونه‌ای که فعالیت‌های تبدیل اورانیوم (یوسیاف اصفهان) را نیز شامل شد. این درحالی بود که حتی آژانس در ضمیمه بیانیه تهران که فعالیت‌های مرتبط با غنی‌سازی و بازفرآوری را به طور کاملاً موسع لیست کرده بود، حرفی از فعالیت‌های تبدیل اورانیوم به میان نیاورده بود. نکته جالب در بندهای مربوط به تعهدات طرف اروپایی اینکه آنها با وجود ملزم کردن ایران به تعلیق غنی‌سازی اورانیوم اعلام کردند، حقوق ایران را تحت ان‌پی‌تی به رسمیت می‌شناسند و علاوه بر این تعلیق را یک اقدام اعتمادساز داوطلبانه قلمداد می‌کنند نه یک تعهد حقوقی؛ موضوعی که بعدها، قطعنامه‌های شورای امنیت ماهیت واقعی آن را نشان داد. لازم به توضیح است که پس از این موافقتنامه، زمان علیه ایران رقم خورد و 3 کشور سعی کردند با طولانی کردن مذاکرات، عملا برنامه غنی‌سازی را در ایران متوقف سازند. چند روز پس از امضای توافقنامه پاریس، قطعنامه دیگری در اجلاس شورای حکام درباره موضوع هسته‌ای ایران صادر شد که در آن علاوه بر درخواست برای تصویب پروتکل الحاقی، از سیاست پنهانکاری ایران تا اکتبر 2003 و نیز تولید UF
6 تا 22 نوامبر ابراز نگرانی شده بود. این درحالی بود که با توجه به گسترش تعلیق قبل از برگزاری جلسه شورای حکام، قطعنامه مزبور می‌توانست قطعنامه‌ای کاملاً مثبت باشد و شورای حکام تصمیم بگیرد که موضوع هسته‌ای ایران را به صورت کامل از دستورکار خود خارج کند.
گزارش پرونده ایران به شورای امنیت
به دنبال توافق دو طرف برای تشکیل کمیته راهبردی با 3 کارگروه سیاسی و امنیتی، هسته‌ای، اقتصادی و فناوری در توافقنامه پاریس مذاکرات متعددی میان ایران و 3 کشور اروپایی برگزار شد اما چندین نشست گروه‌های کاری ظاهرا نتیجه‌ای در برنداشت، لذا 2 ماه بعد از آن حسن روحانی از نشستی که قرار بود در ژنو برگزار شود به عنوان آخرین شانس جهت ادامه مذاکرات با اروپا یاد کرد، چراکه نهمین دوره انتخابات ریاست جمهوری در راه بود و کشورهای طرف گفت‌وگو با ایران نیز چشم به نتیجه آن دوخته بودند. یک ماه پس از برگزاری انتخابات ریاست جمهوری و 2 روز قبل از آنکه محمد خاتمی کلید ساختمان ریاست جمهوری را به محمود احمدی‌نژاد تحویل دهد، ایران نامه آغاز فعالیت تاسیسات یوسیاف اصفهان را به آژانس تحویل داد. پس از آن هم اروپا در نامه‌ای خطاب به حسن روحانی پایان مذاکره با ایران را اعلام کرد. اما علت همه این تحولات به تاخیر 3 کشور اروپایی برای ارائه طرحی جامع به منظور حل بحران هسته‌ای ایران بازمی‌گشت، چراکه آنها پیش از تقدیم نامه آغاز فعالیت‌های هسته‌ای در اصفهان متعهد شده بودند، طرحی جامع را تا تاریخ دهم مرداد 84 به مقامات ایرانی تحویل دهند اما طرح مذکور با تاخیر 4 روزه در تاریخ 14 مرداد 84 (5 آگوست 2005) در 34 صفحه به مسؤولان امر ارائه شد. چند روز پس از این تحولات یعنی 17 مرداد 84 ایران فعالیت‌های هسته‌ای خود را در تاسیسات یوسیاف اصفهان آغاز کرد و البته همزمان وزارت امور خارجه طی نامه‌ای به سفرای 3 کشور اروپایی (فرانسه و انگلیس و آلمان) پیشنهاد هسته‌ای آنها را رد کرد. به دنبال این ماجراها شورای حکام آژانس در نشستی فوق‌العاده در تاریخ 20 مرداد 84 با صدور قطعنامه‌ای دیگر، تا 12 شهریور (3 سپتامبر 2005) به ایران مهلت داد تا فعالیت‌های خود را در سایت هسته‌ای اصفهان به حالت تعلیق درآورد. آنها همچنین هشدار دادند که در غیر این صورت شورای حکام درباره ارجاع مساله هسته‌ای ایران به شورای امنیت تصمیم‌گیری خواهد کرد. شورای حکام در دومین روز پاییز 84 با صدور قطعنامه‌ای دیگر خواستار بازگشت ایران به میز مذاکره تا دوم بهمن شد.
اما نتیجه این تعیین ضرب‌الاجل اعلام تصمیم دولتمردان کشورمان برای فک پلمب مراکز تحقیقات سوخت هسته‌ای با حضور نمایندگان آژانس اتمی و شروع تحقیقات هسته‌ای در دی‌ماه همان سال بود که بار دیگر موجب پایان گرفتن مذاکرات 3 کشور اروپایی با تهران شد. جمهوری اسلامی ایران در 13 دی ماه 1384 برابر با 3 ژانویه 2006 به منظور اعمال حقوق تعلیق شده خود، با ارسال نامه‌ای به آژانس بین‌المللی انرژی اتمی قصد خود مبنی بر از سرگیری فعالیت‌های تحقیق و توسعه درباره غنی‌سازی که به صورت داوطلبانه و غیرالزام‌آور حقوقی تعلیق شده بودند را از تاریخ 19 دی ماه 1384 (9 ژانویه 2006) اعلام کرد و در 17 دی 1384 نیز از آژانس درخواست کرد برای برداشتن مهر و موم‌ها در نطنز، پارس تراش و فرآیند تکنیک تا قبل از 19 دی ماه اقدام کند.
به دنبال درخواست ایران از آژانس، 5 عضو دائم شورای امنیت نیز در همان روز یعنی 17 دی با ارسال گزارشی به ایران اعلام کردند، قصد تهران مبنی بر از سرگیری فعالیت‌های تحقیق و توسعه از 19 دی‌ماه 1384 و همچنین از سرگیری کار تأسیسات یوسیاف اصفهان که در آگوست 2005 راه‌اندازی شده است، موجب نگرانی جدی است از این رو از ایران خواستند بی‌درنگ از اتخاذ هرگونه فعالیت مرتبط با غنی‌سازی خودداری کند. جمهوری اسلامی ایران نیز با ارائه پاسخ کتبی به این گزارش، به طور مفصل به اقدامات و همکاری‌های اعتمادساز و شفاف‌ساز خود با آژانس اشاره کرد و در پرتو این همکاری‌ها و همچنین عدم دریافت پاسخ مناسب از سوی طرف مقابل، اینگونه جمع‌بندی کرد که هیچ مبنایی برای ادامه تعلیق وجود ندارد. وزرای خارجه 3 کشور اروپایی در 22 دی 1384 (12/1/2006) در برلین گردهم آمدند و با صدور بیانیه‌ای ادعا کردند که زمان برای درگیر شدن شورای امنیت در موضوع هسته‌ای ایران فرا رسیده و آنان به دنبال برگزاری اجلاس اضطراری شورای حکام خواهند بود. آنها سپس 11 بهمن 1384 (31/1/2006) در لندن گردهم آمدند و با صدور بیانیه‌ای تصمیم خود به گزارش موضوع هسته‌ای ایران به شورای امنیت را اعلام کردند. در این بیانیه از ایران خواسته شد که همه فعالیت‌های مرتبط با غنی‌سازی از جمله تحقیق و توسعه را تعلیق کند. وزرای خارجه 6 کشور تصریح کردند که اجلاس اضطراری پیش روي شورای حکام باید موضوع هسته‌ای ایران را به شورای امنیت گزارش کند. در نهایت تصمیم اخیر ایران در کنار موضوع از سرگیری فعالیت هسته‌ای در تاسیسات یوسیاف اصفهان مهم‌ترین رویداد هسته‌ای سال 84 را رقم زد. در تاریخ پانزدهم بهمن شورای حکام آژانس در قطعنامه‌ای کاملا متفاوت با قطعنامه‌های گذشته، پرونده هسته‌ای ایران را با 27رای مثبت و 3 رای مخالف و 5 رای ممتنع به شورای امنیت سازمان ملل متحد گزارش کرد و به این ترتیب پرونده هسته‌ای ایران از آژانس خارج شد.
2 قطعنامه شورای امنیت در سال 85
بهار 85 در حالی آغاز شد که شورای امنیت در نخستین روزهای این سال با صدور بیانیه‌ای از البرادعی خواست ظرف 30 روز گزارشی درباره پایبندی ایران به درخواست‌های شورای حکام به اعضای این شورا و شورای امنیت ارائه کند. البته ارجاع پرونده هسته‌ای ایران به شورای امنیت سر‌آغاز فعالیت 5 عضو دائم این شورا به همراه آلمان موسوم به گروه 1+5 شد که از مجموع جلسات متعدد آنها در پاریس، لندن و وین سرانجام مجموعه‌ای از مشوق‌ها را که به «بسته پیشنهادی» شهرت یافت در 16 خرداد 85 در اختیار ایران قرار دادند؛ بسته‌ای که در آن، این 6 کشور در ازای تاکید بر حق ایران در توسعه انرژی هسته‌ای برای مقاصد صلح‌آمیز و حمایت از ساخت رآکتورهای آب سبک در ایران از طریق پروژه‌های مشترک بین‌المللی و نیز دادن تضمین‌های الزام‌‌‌آور حقوقی چند لایه سوخت به ایران، براساس مشارکت به‌عنوان یک شریک در یک تأسیسات بین‌المللی در روسیه خواستار از سرگیری اجرای پروتکل الحاقی و تعلیق همه فعالیت‌های مرتبط با غنی‌سازی شدند. هر چند در این طرح همانند طرح 5 آگوست 2005 به صراحت از توقف چرخه سوخت هسته‌ای داخلی صحبتی به میان نیامده است اما اشاره به بحث تضمین‌های سوختی حاکی از این بود که ایران باید این برنامه را کنار بگذارد. البته، 6 کشور به زعم خود این وضعیت را یک وضعیت دائمی تلقی نکردند و در ادامه طرح اشاره کردند که موافقتنامه درازمدت فیمابین طرفین می‌تواند با تحقق شرایطی نظیر تایید آژانس درباره حل‌وفصل همه موضوعات باقیمانده و اعاده اعتماد بین‌المللی درباره صلح‌آمیز بودن برنامه هسته‌ای ایران، مورد بازنگری قرار گیرد. این در حالی است که با توجه به پیوند خوردن بحث اعتماد بین‌المللی به مباحث سیاسی، تحقق این شرایط در یک چارچوب و محدوده زمانی مشخص، ممکن نیست.
با اینکه پس از ارائه بسته 6 ژوئن 2006 هیچ ضرب‌الاجلی برای ارائه پاسخ تهران به آن تعیین نشده بود، جمهوری اسلامی ایران با تعیین کمیته‌های کارشناسی به منظور بررسی این بسته اعلام کرد که ظرف مدت 45 روز یعنی تا 31 مرداد 85 به این بسته پاسخ خواهد داد. اما به دلیل فشارهای اعضای گروه 1+5 مبنی بر پاسخ فوری تهران به مجموعه مشوق‌ها بود که تیرماه، علی لاریجانی، دبير وقت شوراي عالي امنيت ملي در راس هیاتی بلندپایه برای انجام مذاکرات مقدماتی به منظور ارائه پاسخ به بسته پیشنهادی عازم بروکسل شد و پس از دیدار با هیات 5 کشور (به غیر از آمریکا) به ریاست خاویر سولانا، مسؤول وقت کمیته سیاست خارجی اتحادیه اروپايي اعلام کرد که ایران پاسخ مقدماتی خود به بسته را ظرف یک هفته آینده ارائه خواهد کرد. هیأت‌های طرفین مجددا در 20 تیرماه 85 برابر با 11 جولای 2006 در بروکسل گردهم آمدند. در این نشست که نمایندگان 5 کشور روسیه، چین، فرانسه، آلمان و انگلیس نیز حضور داشتند، طرف اروپایی انتظار داشت که پاسخ اولیه ولی مثبت ایران را به بسته 6 ژوئن و پذیرش تعلیق دریافت کند اما علی لاریجانی اظهار داشت همه موضوعات و نگرانی‌ها باید مورد بررسی و مذاکره قرار گیرد. هرچند اصل و جوهره پیشنهاد می‌تواند مبنایی برای مذاکرات قرار گیرد اما بسته دارای ابهاماتی است که باید رفع شود و همچنین در بخش غنی‌سازی اختلافاتی وجود دارد که گفتوگوها دقیقاً برای رسیدن به توافق در این نقطه اختلاف‌برانگیز است. اما از آنجا که این پاسخ باب میل طرف مقابل نبود، از پاسخ ایران ابراز ناخرسندی کرد. سولانا نیز بر اهمیت تعلیق غنی‌سازی تأکید و اعلام کرد که این مساله یک عنصر کلیدی در مذاکرات است اما جمهوری اسلامی ایران اظهار داشت که درباره این مسأله می‌توان در شرایطی که تحت تأثیر تعلیق غنی‌سازی نباشد، گفت‌وگو کرد. یک روز پس از نشست مزبور، وزرای خارجه 6کشور بدون توجه به اینکه قرار بود ایران پاسخ خود را 31 تیر ارائه کند، 21 تیر 85 در پاریس گردهم آمدند و با صدور بیانیه‌ای اعلام کردند که ایران به بسته 6 ژوئن پاسخ نداده و فعالیت‌های غنی‌سازی را نیز تعلیق نکرده است از این رو، آنان به دنبال صدور قطعنامه‌ای در شورای امنیت خواهند بود تا تعلیق را اجباری کنند و چنانچه ایران به این قطعنامه نیز پایبند نباشد، اقدامات بیشتری را تحت ماده (41) فصل 7 منشور ملل متحد اتخاذ مي‌کنند. شورایعالی امنیت ملی کشورمان نیز در واکنش به این بیانیه، با صدور بیانیه‌ای در 29 تیر 1385 اعلام کرد، «جمهوری اسلامی ایران کاملاً به یافتن راه‌حل مذاکراتی از طریق مسیر دیپلماسی متعهد و آماده مذاکره هدفمند و با زمانبندی مشخص مورد رضایت طرفین است... . طبیعی است بررسی چنین طرحی (بسته پیشنهادی) به زمان منطقی نیاز دارد و با توجه به جدیت جمهوری اسلامی در بررسی طرح در کمیته‌های تخصصی، 31 مردادماه برای اعلام نقطه نظرات مشخص شد. برای جمهوری اسلامی ایران مایه تعجب است که پس از برگزاری نخستین دور مذاکرات مقدماتی با آقای سولانا در بروکسل، در حالی که هیچ اتفاق خاصی نیفتاده است شواهدی وجود دارد که بعضی از طرف‌ها و به طور مشخص آمریکا با تغییر مسیر مذاکرات به مسیر شورای امنیت درصدد ایجاد موانع بر راه دیپلماسی و مذاکره هستند، در حالی که مسیر مذاکره با اروپا مسیر روشن و درستی است که می‌تواند به نتیجه برسد. چنانچه مسیر تقابل به جای مسیر مذاکره انتخاب شود و در صورت هر گونه اقدام برای تحدید حقوق مسلم ملت ایران، برای جمهوری اسلامی ایران چاره‌ای جز تجدیدنظر در سیاست‌های هسته‌ای آن باقی نخواهد ماند. جمهوری اسلامی ایران معتقد است که مسیر مذاکره و گفت‌وگو و تفاهم، منطقی‌ترین راه برای حل و فصل مسائل بوده و در این مسیر نیز مصمم و جدی است و بر آن تأکید دارد و از طرف مقابل نیز می‌خواهیم به میز مذاکره بازگردد». اما طرف مقابل که به دنبال مذاکرات واقعی نبود، در 9 مرداد 85 (31 جولای 2006) با صدور قطعنامه 1696 در شورای امنیت از تهران خواست تا فعالیت هسته‌ای خود را تا 9 شهریور به حالت تعلیق درآورد و به این طریق تعلیق را الزامی کرد. با این حال لاریجانی 31 مرداد مطابق وعده‌هایی که داده بود پاسخ ایران به بسته پیشنهادی را تحویل داد، هر چند این پاسخ مورد رضایت آنها قرار نگرفت و زمینه را برای تحولات بعدی در پرونده هسته‌ای ایران مهیا کرد. 4 روز پس از تحویل پاسخ تهران به گروه 1+5 مجتمع تولید آب سنگین اراک افتتاح شد. اقدام فوق در شرایطی صورت گرفت که تنها 5 روز دیگر به پایان مهلت قطعنامه 1696 شورای امنیت برای توقف فعالیت‌های هسته‌ای باقی مانده بود و با این تفاسیر شورای امنیت افتتاح این مجتمع را هم به پرونده هسته‌ای ایران اضافه کرد.
چند روز پس از این رویداد، یعنی 18 شهریور 85 دبیر وقت شورایعالی امنیت ملی برای دیدار با سولانا راهی وین شد و به مدت 7 ساعت در کاخ صدر اعظمی اتریش (دفتر کار ولفگانگ شوسل) به گفت‌وگو نشست. آنها توافق کردند که دیدارهایشان یک هفته بعد در وین ادامه پیدا کند اما 22 شهریور خبر لغو ناگهانی دیدارشان اعلام شد و اگرچه هر دوطرف به صورت جداگانه از دیدار و مذاکرات بعدی‌شان در نیویورک خبر دادند اما این گفتوگوها به رغم آنکه هر دوطرف مذاکره کننده آن را مثبت و سازنده توصیف می‌کردند مهرماه 85 متوقف شد و سرانجام وزرای خارجه اتحادیه اروپايي در بیانیه‌ای از پایان رسمی مذاکراتشان با ایران خبر دادند و اعلام کردند، اتحادیه اروپايي گزینه‌ای جز بررسی موضوع ایران در شورای امنیت ندارد که این موضوع زمینه‌ساز صدور قطعنامه‌های تحریم علیه ایران شد. از این‌رو اعضای گروه 1+5 به دلیل آنچه آن را بی‌توجهی ایران به خواسته‌های شورای امنیت عنوان کردند 2 دی 85 (23 دسامبر 2006) قطعنامه 1737 را که دومین قطعنامه شورای امنیت و نخستین قطعنامه تحریم شورای امنیت بود تصویب کردند و با تعیین مهلت 60 روزه خواستار توقف همه فعالیت‌های هسته‌ای کشورمان شدند. ایران هم ضمن محکومیت آن دست به اقداماتی در واکنش به آغاز تحریم‌های جامعه بین‌الملل در قبال فعالیت‌های هسته‌ای خود زد که از آن جمله می‌توان به محدودسازی ورود 38 تن از بازرسان آژانس، اعلام نصب 3 هزار سانتریفیوژ در تاسیسات هسته‌ای نطنز و تاکید بر ادامه فعالیت‌های هسته‌ای و بیان صریح عدم اجرای قطعنامه 1737 اشاره کرد.
اما از آنجا که گزارش جدید محمد البرادعی درباره فعالیت‌های هسته‌ای ایران در راه بود، مسؤولان ارشد پرونده هسته‌ای یک بار دیگر گفت‌وگو را برگزیدند. در همین راستا و در نخستین گام پس از برگزاری اجلاس داووس در سوییس، علی لاریجانی عازم «برن» پایتخت سوییس شد. مقصد بعدی دبیر شورایعالی امنیت ملی، مونیخ بود، به این ترتیب حاشیه اجلاس امنیتی مونیخ به محل گفتوگوهای مجدد او با خاویر سولانا مسؤول وقت سیاست خارجي اتحادیه اروپايي تبدیل شد. پس از آن نیز وی با البرادعی در وین و رومانو پرودی در ایتالیا به گفت‌وگو پرداخت. با این حال چند روز قبل از گزارش آژانس، البرادعی در گزارشی فنی از قطع 10 پروژه همکاری با ایران از میان 55 پروژه خبر داد. بلافاصله پس از انتشار گزارش مدیرکل آژانس، محمد سعیدی، معاون بین‌الملل سازمان انرژی اتمی از آمادگی تهران برای حل همه مسائل ظرف 3 هفته خبر داد اما از آنجا که در گزارش چهارم اسفند البرادعی به گسترش فعالیت‌های هسته‌ای ایران و عدم تعلیق غنی‌سازی اورانیوم پرداخته شده بود اعضای گروه 1+5 یک بار دیگر در لندن گرد هم آمدند تا همچون زمان قبل از تصویب قطعنامه 1737 برای اعمال مرحله دوم تحریم‌ها در قبال تهران به نتیجه برسند که نتیجه این دیدار تصویب قطعنامه 1747 شورای امنیت علیه فعالیت‌های هسته‌ای ایران در 4 فروردینماه 86 (23 فوریه 2007) بود. همانطور که به وضوح قابل مشاهده است به رغم اتخاذ سیاست همکاری و تعامل ایران با آژانس، برخی کشورها با انگیزه‌های سیاسی همه تلاش خود را به کار گرفتند تا روند رسیدگی به موضوع هسته‌ای ایران را از مسیر قانونی خود خارج ساخته و از طریق شورای امنیت با تحمیل اراده سیاسی خود بر آژانس، ایران را از حقوق قانونی و مشروع خود در بهره‌مندی از انرژی هسته‌ای محروم سازند.
با وجود همه مانع‌تراشی‌های غرب برای ممانعت از پیشرفت هسته‌ای ایران، جمهوری اسلامی 7 ماه پس از دستیابی به فناوری آب سنگین و تولید آن و یکسال پس از اعلام تکمیل چرخه سوخت هسته‌ای در مقیاس آزمایشگاهی، به پیشرفت بزرگ بعدی هسته‌ای دست یافت و 20 فروردینماه 86، ورود به مرحله تولید صنعتی سوخت هسته‌ای و قرار گرفتن در زمره کشورهای تولیدکننده سوخت هسته‌ای را با حضور رئیس جمهور، مقامات عالیرتبه کشور، دانشمندان هسته‌ای کشور و همچنین سفرای کشورهای دوست در مجتمع غنی‌سازی نطنز جشن‌گرفت و این روز را که مصادف با 9 آوریل 2007 بود، روز ملی فناوری هسته‌ای نامگذاری کرد. با وجود اقدامات مغرضانه برخی کشورها، ایران بار دیگر با حسن نیت خود ابتکار تازه‌ای را تحت عنوان مدالیته برای حل و فصل موضوعات باقی مانده ارائه کرد که براساس توافق‌های به عمل آمده، هیأت‌های آژانس و ایران طی 3 دور مذاکرات فشرده در تهران و وین توانستند درباره یک برنامه کاری برای حل و فصل همه ابهامات و موضوعات باقی مانده به توافق برسند و همین امر موجب شد موضوع هسته‌ای ایران وارد فاز جدیدی شود. این تفاهم در عین اینکه دارای وجه غالب فنی بود اما نباید از زمینه‌های سیاسی چنین تفاهمی نیز غافل ماند چراکه اگر قدری از تاریخ تفاهم ایران و آژانس به عقب برگردیم 3 دور مذاکرات فشرده سیاسی لاریجانی و سولانا در آنکارا، مادرید و لیسبون را پشت سر داریم. در واقع پس از برگزاری این 3 نشست بود که طرفین تفاهم کردند ایران و آژانس درباره تهیه مدالیته حل و فصل موضوعات باقی مانده با یکدیگر مذاکره کنند. طبیعتاً لازمه انجام این کار این بود که فضای سازنده ناشی از مذاکرات ایران و آژانس با اقدامات غیرسازنده برخی کشورها تخریب نشود و در این باره نیز تفاهم سیاسی به عمل آمد. سخنگوی سولانا، مذاکرات لیسبون را بسیار سازنده خواند و گفت: «یک روز قبل از این دیدار، دکتر لاریجانی در وین با محمد البرادعی دیدار کرد و طرفین درباره موضوعات باقی مانده پیشرفت‌هایی داشتند. این یک گام مثبت برای کمک به اعتمادسازی بود». در واقع پیرو مذاکرات لیسبون و وین و براساس ابتکار و حسن نیت طرف ایرانی و تفاهم به عمل آمده بود که مقرر شد آژانس و ایران ظرف مدت 60 روز چارچوب حل و فصل موضوعات باقی مانده را تعیین کنند، اما تدوین متن توافق ظرف 40 روز یعنی کمتر از مدت زمان توافق شده و حل‌وفصل موضوعات باقی مانده از گذشته شامل تحقیقات درباره پلوتونیوم، سانتریفیوژهایP1 و P2، منشأ آلودگی، سند اورانیوم فلزی، پلوتونیوم 210 و معدن گچین حتی جلوتر از برنامه کاری، نشان‌دهنده جدیت ایران در پیشبرد ابتکارش بود. با وجود اینکه طبق تفاهمات اولیه قرار بود فقط به موضوعات باقی مانده از گذشته پرداخته شود اما ایران براساس حسن نیت خود و در جهت همکاری بیشتر با آژانس به مسائل حال نیز توجه کرد. تا آنجا که به مسائل حال مربوط می‌شد، ایران توافق کرد با آژانس وارد مباحث فنی با هدف تدوین 2 سند «رهیافت پادمان» و «ضمیمه تأسیسات» برای تأسیسات غنی‌سازی نطنز شود. پذیرش چند بازرس انتصابی، بازدید از رآکتور تحقیقاتی آب سنگین اراک و صدور روادید چندبار ورود سالانه برای برخی از بازرسان و کارمندان آژانس نیز از دیگر موضوعات مربوط به وضعیت حال بودند. از این رو مذاکرات پیرامون 2 سند مهم حقوقی یعنی سند رهیافت پادمان و سند ضمیمه تأسیسات غنی‌سازی در نطنز آغاز شد. این دو سند به سرعت نهایی شده و از 30 سپتامبر 2007 نیز به مرحله اجرا درآمدند. مدیرکل آژانس در گزارش نوامبر 2007 خود اذعان کرد که عملیاتی شدن این سند اطمینان لازم را برای راستیآزمایی آژانس در فعالیت‌های غنی‌سازی برای زمان حال و آینده در ایران فراهم کرده است. در واقع طبق این سندها سیستم راستیآزمایی آژانس بر فعالیت‌های غنی‌سازی ایران در نطنز در حال و آینده به حالت منظمی درآمده است و ابراز هرگونه نگرانی و ادعا درباره انحراف این فعالیت‌ها در حال و آینده، بی‌اساس و فاقد مبنای فنی خواهد بود. براساس مدالیته همه موضوعات باقیمانده فقط 6 موضوع بودند و آژانس تاکید کرد که پس از حل‌وفصل آنها هیچ موضوع باقی مانده دیگری در برنامه هسته‌ای ایران وجود ندارد و پس از آن اجرای پادمان‌ها در ایران وضعیت عادی خواهد یافت. اسفند 86 بود که البرادعی با انتشار گزارشی از مختومه شدن همه موضوعات باقیمانده خبر داد که این امر مهر تاییدی بر حقانیت ایران و دستاورد بزرگی برای ملت ایران محسوب می‌شد. 4 روز پس از این گزارش که قرار بود در اجلاس مارس شورای حکام آژانس مورد بررسی قرار گیرد، منوچهر متکی، وزیر امور خارجه کشورمان با ارسال نامه‌ای به همتایان خود در کشورهای عضو شورای حکام و شورای امنیت و همچنین مقامات سازمان ملل متحد، آخرین تحولات و غیرقانونی بودن ارسال موضوع هسته‌ای به شورای امنیت را تشریح کرد و خواستار جبران اشتباهاتی شد که برخی کشورها با اقدامات سیاسی و تبلیغی خود و طرح برخی ادعاها سعی در منحرف کردن برنامه هسته‌ای ایران کرده بودند.
مطالعات ادعایی
از آنجا که تصور آمریکایی‌ها بر این بود كه ایران نمی‌تواند به این 6 مورد پاسخ دهد زمانی که اخباری درباره اجرای موفقیت‌آمیز برنامه کاری و حل‌وفصل همه 6 موضوع باقی مانده منتشر شد، این کشور با راه‌اندازی تبلیغات سیاسی و انحرافی ادعا کرد که به اسناد جدیدی در یک لپ‌تاپ متعلق به یک مقام ایرانی دست یافته که نشان می‌دهد ایران از فعالیت‌های صلح‌آمیز هسته‌ای خود منحرف شده و به مطالعاتی دست زده که هدف آن نظامی بوده است و در پی این ادعا اجازه عادی شدن پرونده هسته‌ای ایران را نداد. هر چند مطابق برنامه کاری، مطالعات ادعایی به دلیل ماهیت آن که کاملاً متفاوت بود به عنوان موضوع باقی مانده شناسایی نشده بود، جمهوری اسلامی ایران درباره مطالعات ادعایی در جلسات متعددی با هیأت اعزامی آژانس مذاکره و بیش از 200 صفحه پاسخ مکتوب به آن ارائه کرد، باوجود اینکه چنین اقداماتی در برنامه کاری تصریح نشده بود. زمانی که آژانس در حال تهیه گزارش مارس 2008 خود به شورای حکام و جمع‌بندی مطالعات ادعایی بود، آمریکا اسناد ادعایی جدیدی را به آژانس ارائه داد و فشارهای سنگینی را نیز بر آن وارد کرد تا آژانس نتواند درباره مطالعات ادعایی جمع‌بندی کند. نتیجه فشارهای آمریکا این شد که به‌رغم همه همکاری‌های ایران با آژانس و حل‌وفصل موضوعات باقی مانده، سوم مارس 2008 (13 اسفند 86) قطعنامه 1803 شورای امنیت با 14 رای موافق و یک رای ممتنع اندونزی به تصویب برسد. این قطعنامه در حالی تصویب شد که با کنار هم قرار دادن حل‌وفصل موضوعات مورد نگرانی غرب و گزارش شورای اطلاعات ملی آمریکا منطقا موضوع هسته‌ای ایران باید از دستور کار شورای امنیت خارج می‌شد چراکه آذر 86 شورای اطلاعات ملی آمریکا با انتشار گزارشی درباره برنامه هسته‌ای ایران اذعان کرد ایران برنامه نظامی هسته‌ای ندارد. شورای اطلاعات ملی آمریکا در چارچوب برآوردهای اطلاعات ملی، گزارشی را تحت عنوان «ایران؛ نیات هسته‌ای و توانمندی‌ها» در 3 نوامبر 2007 تهیه و اقرار کرد که ایران دارای برنامه هسته‌ای نظامی جاری نیست. این در حالی بود که تا پیش از این، آمریکا با ارائه اسناد ساختگی اینگونه جلوه می‌داد که ایران با شتاب به سمت کسب سلاح هسته‌ای درحال پیشروی است. یک روز پس از انتشار این گزارش نیز مدیرکل آژانس با انتشار بیانیه‌ای اعلام کرد که گزارش اطلاعاتی آمریکا با اظهارات آژانس ظرف چندسال گذشته در این باره که آژانس هیچ سند قطعی درباره برنامه سلاح هسته‌ای یا تأسیسات اظهار نشده هسته‌ای در ایران ندارد، سازگاری دارد. با این وجود 6 کشور پس از تصویب قطعنامه 1803 بیانیه‌ای را صادر کردند که در آن از ایران خواستند به الزامات شورای حکام و شورای امنیت و تعلیق پایبند باشد و سپس با اشاره به آمادگی خود برای توسعه بیشتر بسته 6 ژوئن 2006 خواستار از سرگیری دیدار خاویر سولانا با سعید جلیلی شدند که پس از گفتوگوهای مفصل و طولانی این 2 مقام مسؤول در آذر 86 در لندن و ناامیدکننده توصیف شدن آن از سوی سولانا متوقف شده بود؛ موضوعی که دبیر شورایعالی امنیت ملی کشورمان در واکنش به آن گفت: «اینکه ما از حقوق ملت ایران دفاع می‌کنیم و این موضوع موجب ناامیدی دیگران می‌شود، تقصیر ما نیست.»
87؛ سال دیپلماسی بسته‌ها
صدور این قطعنامه نیز نتوانست مانعی بر سر راه پیشرفت هسته‌ای ایران ایجاد کند چراکه پس از ورود ایران به مرحله صنعتی شدن و تلاش برای راه‌اندازی 3 هزار سانتریفیوژ در سال 86 محمود احمدی‌نژاد در دومین سالروز ملی فناوری هسته‌ای از آغاز مرحله نصب 6هزار سانتریفیوژ جدید در تاسیسات غنی‌سازی نطنز خبر داد. از دیگر تحولات مربوط به این سال می‌توان به ابتکارعمل ایران برای ارائه بسته به 1+5 اشاره کرد؛ موضوعی که منوچهر متکی 5 روز پس از انتشار خبر آغاز نصب 6 هزار سانتریفیوژ در نطنز با اشاره به وجود مشکلات بسیار در زمینه‌های سیاسی، اقتصادی و فرهنگی در منطقه و محیط بین‌المللی از ابتکار عمل ایران برای تدوین و ارائه بسته پیشنهادی به منظور حل مشکلات منطقه‌ای و بین‌المللی سخن گفت. یک ماه پس از سخنان رئیس دستگاه دیپلماسی کشورمان در این‌باره احمدی‌نژاد در یک کنفرانس مطبوعاتی از تکمیل این بسته خبر داد و همان روز یعنی 24 اردیبهشت 87 بسته پیشنهادی ایران به دبیرکل سازمان ملل متحد، رئیس شورای امنیت، مدیرکل آژانس بین‌المللی انرژی اتمی، وزیر خارجه سوییس (به‌خاطر نقش فعال این کشور و تعاملات فیمابین)، سولانا (جهت ارائه به 3کشور اروپایی)، روسیه و چین تحویل شد؛ بسته‌ای که شامل 3 محور موضوعات سیاسی و امنیتی، اقتصادی و هسته‌ای بود. البته در این بازه زمانی گروه 1+5 نیز بیکار ننشست و همانطور که در بیانیه اسفند 86 خود متعهد شده بود، با برگزاری نشستی در لندن در تاریخ 13 اردیبهشت 87 توافق کرد بسته 6 ژوئن 2006 خود را غنی کرده و بر این مبنا، بسته جدیدی را به جمهوری اسلامی ایران ارائه کند، از این رو آنها حدود یک ماه پس از دریافت بسته پیشنهادی ایران، مجموعه پیشنهادات جدید خود را در 25 خرداد برابر با 14 ژوئن 2008 به منوچهر متکی ارائه کردند و آن را مبنایی برای از سرگیری مذاکرات با ایران عنوان کردند اما این بسته نیز با بسته پیشین تفاوت ماهوی نداشت چراکه در آن نیز 6 کشور بار انجام هرگونه مذاکره را منوط به تعلیق غنی‌سازی کرده بودند.
عقب‌نشینی آمریکا از پیش‌شرط تعلیق
تبادل 2 بسته پیشنهادی میان دو طرف و پاسخ ایران به نامه وزرای خارجه گروه 1+5 از جمله کاندولیزا رایس و اعلام آمادگی جهت انجام مذاکرات برمبنای اشتراکات 2 بسته، منجر به برگزاری نشستی شد که علاوه بر سولانا و نمایندگان چین، روسیه، انگلیس، فرانسه و آلمان برای نخستین‌بار طی 5 سال مذاکرات هسته‌ای ویلیام برنز معاون وزارت خارجه ايالات متحده نیز به عنوان نماینده آمریکا در مذاکرات ژنو حضور یابد. این در حالی بود که سران واشنگتن بارها اعلام کرده بودند که فقط در صورت تعلیق فعالیت‌های غنی‌سازی اورانیوم توسط ایران، در مذاکرات حاضر خواهند شد، از این‌رو بسیاری از رسانه‌های غربی این اقدام آمریکا را نشانه عقب‌نشینی در برابر ایران تفسیر کردند. به هر حال سعید جلیلی که مذاکرات را سازنده و روبه‌جلو توصیف و مدل ایران مبتنی بر 1+6 را راهگشای حل مشکلات منطقه‌ای و جهانی عنوان کرده بود، 15 مردادماه با ارسال نامه به دفتر سولانا در بروکسل درباره پاسخ ایران به پیشنهاد 1+5 اعلام کرد: «ایران آمادگی دارد تا پاسخ روشن خود به پیشنهاد ارائه شده را همراه با دریافت پاسخ روشن درباره سوال‌‌‌ها و ابهامات ایران در نخستین فرصت ارائه کند». اما 6 کشور به جای پاسخ روشن به سوالات منطقی ایران تحت فشار آمریکا اقدام به برگزاری 2 نشست در سطح مدیران سیاسی کردند و در نهایت قطعنامه 1835 شورای امنیت را 6 مهر 87 علیه ایران صادر کردند که با توجه به مخالفت‌های روسیه با اعمال تحریم‌های جدید علیه ایران این قطعنامه کوتاه صرفا تاکیدی بر همه تصمیمات قبلی شورای امنیت و آژانس بود و تحریم جدیدی علیه ایران در آن مطرح نشد. همین موضوع موجب شد تا دبیر شورایعالی امنیت ملی کشورمان با ارسال نامه‌ای به سولانا و وزرای خارجه 6 کشور با اشاره به اینکه در روند مذاکره، فشار به جای استدلال راهگشا نخواهد بود، تصریح کند که فقدان تمدن گفت‌وگو، برخی قدرت‌ها را به تکیه بر اهرم‌های فشار به جای استدلال و منطق کشانده است. یک ماه پس از ارسال این نامه بود که خاویر سولانا با ارسال نامه‌ای به سعید جلیلی بار دیگر بر تمایل 6 کشور بر ادامه گفتوگوها تاکید کرد. وی ضمن «قابل درک دانستن» سؤالات ایران درباره پیشنهادهای 1+5، گفتوگوهای مردادماه معاونش با معاون دبیر شورایعالی امنیت ملی را سازنده توصیف کرد و خواستار استمرار این گفتوگوها با هدف «روشن شدن نکات اندک باقی مانده» شد.
با توجه به نزدیک شدن به زمان انتخابات ریاست‌جمهوری آمریکا مذاکرات گروه 1+5 تا زمان مشخص شدن نتیجه انتخابات و روشن شدن مشی رئیس‌جمهور بعدی مسکوت ماند. از آنجا که باراک اوباما در طول رقابت‌های انتخاباتی خود بارها بر رویکرد تعامل و مذاکره با ایران سخن گفته بود پس از پیروزی وی، نشستی در تاریخ 16 بهمن 87 در ویسبادن آلمان برگزار شد که اعضای شرکت‌کننده در این نشست با صدور بیانیه‌ای از تمایل هیات حاکمه آمریکا و اوباما برای گفت‌وگوی مستقیم با ایران استقبال کردند. اعضای این نشست همچنین توافق کردند که آمریکا در مراحل بعدی و به هنگام بازنگری در سیاست‌های خود در ارتباط با ایران، با دیگر اعضای 1+5 مشورت کند.
تحولات هسته‌ای سال 88
در مراسم سومین سالروز برگزاری روز ملی فناوری هسته‌ای، احمدی‌نژاد از 2 دستاورد مهم در صنعت هسته‌ای کشور خبر داد؛ دستاورد اول، بسته‌بندی سوخت و آماده کردن آن برای قرارگرفتن در رآکتورها و تولید نیرو بود و دستاورد دوم، آزمایش 2 نوع سانتریفیوژ جدید با ظرفیت چند برابر. در این مراسم غلامرضا آقازاده، رئیس‌وقت سازمان انرژی اتمی نیز با اشاره به تکمیل شدن چرخه سوخت هسته‌ای در ایران گفت که در این راستا دستاوردهای هسته‌ای کشور در مراحل اکتشاف و استخراج اورانیوم، فعالیت‌های تبدیل و غنی‌سازی را احصا کرد. وی با بیان اینکه تا امروز حدود 7 هزار ماشین در نطنز نصب شده و طی برنامه 5 ساله این رقم به 50 هزار دستگاه خواهد رسید، ادامه داد: پژوهشگران سازمان انرژی اتمی توانسته‌اند به تولید ماشین‌هایی بپردازند که SWU آنها به 5 تا 6 می‌رسد. به گفته وی، مرحله چهارم دستاوردهای هسته‌ای کشور در زمینه تولیدات آلیاژی نوین یا زیرکونیوم در مجتمع ZPP بود. علاوه بر این، وی در ارتباط با کارخانه تولید قرص، میله و مجتمع سوخت FMP نیز گفت که آخرین و حساس‌ترین حلقه مربوط به چرخه تولید سوخت هسته‌ای برعهده این کارخانه قرار گرفته است.
شهریور 88 نیز ایران دومین بسته پیشنهادی خود را حول محور مسائل سیاسی، امنیتی، بین‌المللی و اقتصادی به گروه 1+5 ارائه کرد. در حالی که کشورهای غربی سال گذشته با در پیش گرفتن رویه سکوت، نخستین بسته پیشنهادی ایران را بی‌پاسخ گذاشتند، سیر تحولات و معادلات منطقه‌ای و بین‌المللی طی یک سال پیش از آن به سمت و سویی سوق یافته بود که لزوم تعامل با تهران و جلب همکاری آن برای حل بحران‌ها و معضلات منطقه‌ای و جهانی بیش از پیش نمایان شد، از این رو هر 6 کشور دخیل در مذاکرات هسته‌ای با ایران از ساعت‌های آغازین ارائه بسته پیشنهادی به اظهارنظر درباره آن پرداختند و در نهایت 2 روز پس از دریافت بسته از آمادگی خود برای پذیرش پیشنهاد تهران برای گفت‌وگو سخن به میان آوردند. به دنبال ارائه این بسته، سولانا و جلیلی طی تماس تلفنی، اول اکتبر 2009 را به عنوان تاریخ آغاز گفتوگوهای جدید ایران و 1+5 اعلام کردند. اما پیش از برگزاری این نشست، روسای جمهوري آمریکا و فرانسه به همراه نخست‌وزیر انگلیس در راستای جنجال‌آفرینی جدید علیه ایران، کشورمان را متهم به ساخت مخفیانه یک مرکز زیرزمینی غنی‌سازی و پنهان از دید بازرسان آژانس کردند. این اظهارات در حالی صورت گرفت که آژانس در همان روز خبر داد؛ ایران سایت غنی‌سازی با نام «فردو»ی در دست احداث خود را به این نهاد اعلام و آژانس از این اقدام ایران قدردانی کرده است.
بالاخره مذاکرات ژنو، اول اکتبر در سطح جلیلی و سولانا برگزار شد و نمایندگان سیاسی 6 کشور از جمله نیکلاس برنز، معاون وزیر خارجه آمریکا نیز سولانا را در این مذاکرات همراهی می‌کردند؛ مذاکره‌ای که مهم‌ترین محور آن موضوعات مطرح شده در بسته پیشنهادی ایران بود. در این نشست همچنین بحث خرید یا مبادله اورانیوم 5/3 درصدی ایران با سوخت هسته‌ای برای رآکتور تحقیقاتی تهران مطرح شد؛ موضوعی که زمینه‌ساز برگزاری نشست 19 اکتبر ایران با 3 کشور داوطلب تامین سوخت این رآکتور تحقیقاتی یعنی فرانسه، آمریکا و روسیه شد. این 3 کشور در پایان نشست ضمن حمایت از پیش‌نویس پیشنهادی آژانس خواستار پاسخ مثبت ایران به آن شدند اما چون یکی از مفاد مندرج در این پیش‌نویس خروج یکجای اورانیوم 5/3 درصدی ایران و سپس ارسال سوخت هسته‌ای به ایران بود و در عین حال هیچ ضمانت اجرایی برای بازگشت سوخت به ایران وجود نداشت، تهران خواستار اعمال تغییراتی در این طرح شد که از جمله این موارد می‌توان به مبادله 400 كيلوگرم اورانیوم غنی شده ایران در کیش اشاره کرد؛ موضوعی که با مخالفت آمریکا روبه‌رو شد. در این میان، آژانس قطعنامه دیگری علیه ایران صادر کرد و این موضوع موجب شد رئیس‌جمهور دستور ساخت 10 سایت غنی‌سازی را در آذرماه صادر کند. از سوی دیگر با عنایت به بی‌توجهی غرب به نیاز ایران برای تامین سوخت رآکتور تحقیقاتی تهران که دارای مصارف پزشکی بود، احمدی‌نژاد 19 بهمن دستور شروع غنی‌سازی 20 درصد را به رئیس سازمان انرژی اتمی صادر و 3 روز بعد از آن با حضور ناظران آژانس، ایران غنی‌سازی با درجه غنای 20 درصد را در تاسیسات نطنز آغاز کرد.