باران اسیدی موجب تخریب زیستگاه‌های طبیعی و ساختمان‌های شهری می‌شود. بارانهای اسیدی یکی از مشکلات بسیار جدی زیست‌محیطی است که موجب تخریب اکوسیستم‌های بسیاری از جمله دریاچه‌ها، رودخانه‌ها، جنگل‌ها، گیاهان و جانوران موجود در آنها می‌شود. کنترل اثرات زیانبار بارانهای اسیدی بسیار ضروری است زیرا این موضوع در سراسر دنیا بویژه آمریکا و کانادا موجب آسیب رساندن به زیستگاه‌های طبیعی و سازه‌هایی که توسط بشر ساخته شده، می‌شود. بارانهای اسیدی در واقع موجب اسیدی شدن محیط دریاها، تخریب و تغییر رنگ درختان موجود در ارتفاعات بالا و تغییر مواد معدنی موجود در خاک جنگل‌ها می‌شود. به علاوه باران اسیدی موجب تسریع فروپاشی و فرسایش مصالح ساختمانی و ریختن رنگ ساختمان‌ها و اتومبیل‌ها شده و تخریب آثار تاریخی ملی و مجسمه‌های باارزش را به همراه دارد. گاز‌های دی‌اکسید گوگرد، اکسید نیتروژن و دیگر مشتقات موجود در بارانهای اسیدی پیش از اینکه به زمین برسند نیز تهدیدی است برای سلامت کسانی که در این شرایط تنفس می‌کنند. سولفات‌ها و نیترات‌ها که از گاز‌های متصاعد از بارانهای اسیدی در اتمسفر تولید می‌شوند موجب ایجاد اختلالات بصری می‌شوند. به عنوان مثال ذرات سولفات موجود در شرق آمریکا به میزان 50 تا 70 درصد موجب کاهش دید می‌شود. ذرات نیترات و کربن موجود در هوای غرب آمریکا نیز در کاهش دید اهالی این منطقه تأثیر دارد، به همین دلیل برنامه کاهش و کنترل بارانهای اسیدی در آمریکا با هزینه‌های میلیون دلاری در حال بررسی و اجراست.