برخي گزارش‌ها حاکي از آن است که اختلاف حزب مشارکت و بنياد باران بالا گرفته است و سران مشارکت از اينکه خاتمي به بنياد باران گرايش دارد، از وي گلایه‌مندند. گفتني است در بنياد باران، نيروهاي دولت دوم‌خرداد گرد هم آمده‌اند و در حزب مشارکت نيز که از درون حزب سازمان مجاهدين انقلاب درآمده بيشتر فعالان سياسي و حزبي که خود را نزديک به خاتمي مي‌دانند، حضور دارند. سعيد حجاريان، عضو ارشد حزب مشارکت اخيرا در‌اظهار نظري، پرده از اختلافات مشارکت و بنياد باران برداشته و گفته است: «خاتمي بيشتر تمايل دارد که با بروکرات‌ها و تکنوکرات‌هاي کابينه‌اش (بنياد باراني‌ها) مشورت کند و آنها براي حفظ موقعيت خود، وي را به ورطه کانفرميست مي‌کشند». اين در حالي است كه «مرتضي حاجي» مديرعامل بنياد باران که اخيرا اعلام کرده بود از حزب مشارکت جدا شده، خبر داده است که بنياد باران در پي «تبيين مباني نظري اصلاحات از منظر رياست آن(بنياد) يعني آقاي خاتمي است».