رهبر معظم انقلاب اسلامی در پی درگذشت عالم بزرگوار مرحوم آیت‌الله آقای حاج سید‌محمد باقرشیرازی با صدور پیامی، رحلت این عالم ربانی را تسلیت گفتند. به گزارش پایگاه اطلاع‌رسانی دفتر مقام معظم رهبری، متن پیام رهبر معظم انقلاب اسلامی به شرح زیر است:
بسمه تعالی
درگذشت عالم بزرگوار مرحوم آیت‌الله
آقای حاج سید‌محمد باقر شیرازی رحمه‌الله علیه را به فرزندان و خاندان محترم و دوستان و ارادتمندان ایشان تسلیت می‌گویم و رحمت و مغفرت الهی را برای آن مرحوم و والد مجاهدشان مرحوم حضرت آیت‌الله آقای حاج سید‌عبدالله شیرازی اعلی‌الله مقامه مسألت می‌کنم.