اعتبارات حوزه سلامت کشور در سال‌جاری حدود 6 هزار و 800 میلیارد تومان است که از این رقم فقط حدود 2 هزار و 400 میلیارد تومان در اختیار وزارت بهداشت قرار دارد. به عبارتی 60 درصد اعتبارات حوزه سلامت خارج از این وزارتخانه است و افراد دیگری درباره آن تصمیم می‌گیرند. اما هر اتفاقی که در حوزه سلامت کشور بیفتد، وزیر بهداشت باید پاسخگو باشد. این صحبت‌های معاون توسعه منابع وزارت بهداشت است. رحمت‌الله حافظی همچنین درباره بودجه سال آینده وزارت بهداشت اعلام کرد: هنوز این اعتبار مشخص نیست. وی گفت: وزارت بهداشت ادعا ندارد که کل اعتبارات سلامت کشور باید به وزارت بهداشت بیاید، اما از معاونت برنامه‌ریزی و نظارت راهبردی ریاست جمهوری و مجلس می‌خواهیم تمرکز بیشتری در این‌‌باره داشته باشند و اگر افراد دیگری غیر از وزارت بهداشت در این زمینه دخیل باشند، حداقل تصمیم‌گیری درباره اعتبارات سلامت سر یک میز انجام شود، نه اینکه عمده اعتبارات خارج از وزارت بهداشت و بدون نظر متولی سلامت کشور هزینه شود.
انوشیروان محسنی، نماینده مجلس در کمیسیون بهداشت و درمان نظر دیگری را در این زمینه دارد. وی درباره اعتبارات سلامت و مسوول اصلی این هزینه‌ها به «وطن امروز» گفت: همه اعتبارات بهداشت و درمان قرار نیست در دست وزارت بهداشت باشد، چراکه این اعتبارات برای پرداخت هزینه‌های بیمه‌ها، سازمان خدمات درمانی، هلال احمر، انستیتوها یا برای درمان بیماران صعب‌العلاج به کار گرفته می‌شود. وی افزود: با اینکه از مجموع 6 هزار و 800 میلیارد تومان اعتبارات دولتی حوزه سلامت فقط 2 هزار و 400 میلیارد تومان در اختیار وزارت بهداشت است ولی باید توجه داشت که این وزارتخانه، درآمدهای اختصاصی دیگری هم دارد و تنها این اعتبار در اختیارش نیست. محسنی ادامه داد: با اینکه همیشه در زمینه بهداشت و درمان با کمبود اعتبار مواجهیم ولی وزارت بهداشت درآمد اختصاصی دیگری نیز دارد که از طریق بیمارستان‌ها و پرداخت هزینه درمانی از سوی مردم تامین می‌شود، اگرچه این مراکز در مقابل دریافت وجه نتوانستند رضایت خاطر افراد را فراهم آورند. وی درباره بودجه سال آینده وزارت بهداشت نیز اظهار داشت: در بودجه سال آینده عمده مسائل بر اساس تصمیم‌گیری‌های سفرهای استانی ریاست جمهوری تنظیم شده است.
همچنین قرار است تا شهریور پروژه‌های عمرانی این وزارتخانه به پایان برسد و 100 درصد اعتبار به آن تخصیص یابد. همچنین ابوالحلاج، مدیر دفتر برنامه‌ریزی و منابع مالی وزارت بهداشت با اشاره به پیش‌بینی رشد 24 درصدی بخش بهداشت و درمان در لایحه بودجه 88 اظهار داشت: با توجه به سیاست‌های انقباضی دولت، این میزان رشد نیاز مالی ما را تامین نمی‌کند. وی با اشاره به بحث جدید حامل‌های انرژی و حذف یارانه‌ها و تامین 85 میلیارد تومان اعتبار از این محل برای بودجه سال آینده، گفت: شکل اصلی بخش بهداشت و درمان، تامین هزینه‌های پرسنلی است که به نظر می‌رسد با وجود 24 درصد رشد در بودجه 88 همچنان دانشگاه‌های علوم پزشکی در سال آینده با مشکل پرداخت حقوق و دستمزد به کارمندان خود روبه‌رو شوند.
مدیر دفتر برنامه‌ریزی و منابع مالی وزارت بهداشت با اشاره به اختصاص اعتبار 150 میلیارد تومانی در ابتدای سال برای رفع بدهی دارویی مراکز درمانی افزود: چون هزینه پایگاه‌های اورژانس کشور از محل قرارداد شرکتی و غیررسمی تامین نمی‌شود، در بسیاری از پایگاه‌ها با مشکل روبه‌رو هستیم که برای رفع این مشکلات وزارت بهداشت دست‌کم به 1900 میلیارد تومان اعتبار نیاز داریم.