یکی از پیچیده‌ترین موضوعاتی که پیرامون علی دایی وجود دارد بحث قرارداد او با فدراسیون فوتبال است که گویا طرفین حاضر به عقب‌نشینی نیستند. کفاشیان هر روز یک چیز می‌گوید و بی‌درنگ دایی و موکلش ادله دیگری را بیان می‌کنند. اما آخرین اظهارنظر سرمربی پرسپولیس درباره این پرونده: «متأسفانه داستان من را دارند پیچیده می‌کنند. یک پرونده ساده را با توجه به مدارکی که موجود است می‌خواهند بپیچانند. باز هم می‌گویم 3سال با تیم ملی قرارداد داشتم و اصلا این موضوع به فدراسیون مربوط نمی‌شود که من بعد از یک ماه، 2 روز یا 3روز یا هر مدت دیگر قراردادم را با جای دیگر یعنی پرسپولیس و پس از اخراج امضا کردم. همه می‌دانند من اخراج شده‌ام. در تمام دنیا هم وقتی مربی اخراج می‌شود یک هفته بعد به تیم دیگری می‌پیوندد اما حق و حقوق کامل خود را با تیمی که قرارداد دارد می‌گیرد. حتما باید تمام مبلغ مدت قراردادم در طول 3سال را از فدراسیون بگیرم. متاسفانه برخی‌ها با حرف و حدیث‌های متفاوت اعلام کردند که من 59روز بعد به پرسپولیس آمده‌ام.» دایی سپس درباره بیانیه‌های فدراسیون علیه خود گفت: «فقط باید بگویم که متأسفم. فدراسیون در بیانیه خود اعلام کرده من به خاطر پول در اردوی امارات مشکل‌ساز شده‌ام و اردوی عمان را ترک کرده‌ام حالا به این آقایان که از هیچی خبر ندارند می‌گویم و یادآوری می‌کنم که اصلا قبل از بازی‌های عمان تیم ملی اردو نداشت که من بخواهم اردو را ترک کنم. اصلا اردویی نبود که من قهر کنم. متاسفانه یکسری حرف‌ها مطرح می‌شود که درست نیست.» دایی بعد از مطرح کردن این موضوع سپس اشاره‌ای به صحبت‌های رئیس هیات مدیره سپاهان کرد که چند روز قبل در مصاحبه‌ای عنوان کرده بود؛ مبلغ قرارداد دایی در سقف قرارداد نمی‌گنجد. دایی در جواب این حرف‌های پورسینا گفت: «نمی‌خواهم به کسی بی‌احترامی کنم اما من قراردادم را رو می‌کنم و همه قراردادشان را رو کنند. چرا می‌ترسید شفاف‌سازی کنید، آن وقت ببینیم که حرف چه کسی درست است. آقایان محترم، من به خاطر پول به پرسپولیس نیامده‌ام و هدف‌های دیگری دارم که با کمک خدا به آن می‌رسم اما همیشه آمادگی دارم تا آقایان درباره قراردادشان شفاف سازی کنند و آن وقت قرارداد من را هم ببینند. من حاضرم قرارداد خود را با پرسپولیس منتشر کنم و از آقایان در باشگاه سپاهان نیز می‌خواهم قرارداد خود را نشان دهند آن وقت همه خواهند دید چه کسی پول بیشتری گرفته است». دایی در پایان درباره علل جدایی خلیلی از پرسپولیس گفت: «من خلیلی را خیلی دوست دارم. شاید خودتان در تمرینات پرسپولیس بارها دیده باشید اما رفاقت را فدای مسائل دیگر نمی‌کنم. یکسری مسائل بود که محسن از ما جدا شد که جا دارد برای او در ادامه راه آرزوی موفقیت کنم».