دولت نحوه اعطای 250 میلیارد تومان وام قرض‌الحسنه از سوی صندوق رفاه دانشجویان بابت پرداخت شهریه دانشجویان را تعیین کرد. بنا به پیشنهاد مشترک وزارتخانه‌های علوم، بهداشت، معاونت برنامه‌ریزی و نظارت راهبردی رئیسجمهور و دانشگاه آزاد اسلامی، آیین‌نامه اجرایی استفاده از تسهیلات موضوع جزء (ن) بند (3) ماده واحده قانون بودجه سال 1389 کل کشور به تصویب رسید. بر اساس جزء (ن) بند (3) ماده واحده قانون بودجه سال 1389 کل کشور مقرر شده که مبلغ 250 میلیارد تومان اعتبار به عنوان کمک در اختیار صندوق رفاه دانشجویان وزارتخانه‌های علوم و بهداشت و دانشگاه آزاد اسلامی قرار گیرد تا به صورت وام قرض‌الحسنه با حداقل کارمزد بابت پرداخت شهریه به دانشجویان مورد استفاده قرار گیرد و پس از فراغت از تحصیل به تدریج بازپرداخت کنند. بر اساس این آیین‌نامه، وزارتخانه‌های علوم، تحقیقات و فناوری، بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و دانشگاه آزاد اسلامی مکلفند ظرف 2 هفته پس از ابلاغ این آیین‌نامه اطلاعات مربوط به دانشجویان ثبت‌نام شده و میزان شهریه پرداختی در سال 1388 را تکمیل و پس از تایید بالاترین مقام دستگاه اجرایی به معاونت برنامه‌ریزی و نظارت راهبردی رئیسجمهور تحویل دهند.