همراه با انتشار تأليف انتقادي يحيي يثربي درباره ملاصدرا، تفسير او از قرآن كريم به جلد سوم رسيد. يثربي در كتاب «حكمت متعاليه ملاصدرا» كه از سوي انتشارات اميركبير منتشر شده است، با مروري بر آثار ملاصدرا، به نقد حكمت متعاليه مي‌پردازد و به گفته خودش، با نگاهي به آثار فلاسفه پيشين در سنت فكر اسلامي و يوناني، دستاوردهاي فكري اين انديشمند مسلمان را در حوزه مساله عليت به چالش مي‌كشد. يثربي كه نگارش تفسير قرآن مجيد را با عنوان «تفسير روز» از 2 سال پيش آغاز كرده است، توضيح داد كه اخيرا جلد سوم از «تفسير روز» تمام شده كه از سوره انعام تا يونس را دربر مي‌گيرد. او متذكر شد، در اين تفسير همان‌طور كه از نامش برمي‌آيد، قرآن مجيد با توجه به مسائلي كه در جهان جديد درگرفته، تفسير مي‌شود؛ از جمله از زاويه مباحث مربوط به حقوق بشر و مسائلي از اين دست. «تفسير روز» يك دوره 7 خواهد بود كه تاكنون 2 مجلد از آن منتشر شده است. جلد چهارم اين مجموعه هم در دست تدوين است. اين استاد فلسفه پيش‌تر كتاب‌هايي را همچون «فلسفه مشاء»، «از يقين تا يقين»، «عرفان نظري» و «عيار نقد» منتشر كرده است.