از همان روزی که ویروس HIV در سال ۱۹۸۳ شناسایی شد دانشمندان تلاش برای کشف منشأ این ویروس را شروع کردند اما ویروس از کجا آمده است؟ چه وقت فعالیتش را شروع کرده و چطور پخش شده است؟
برای پاسخ دادن به این سوالات، آنها باید فرآیند تحول و تکامل ویروس را زیر نظر می‌گرفتند. دانشمندان می‌توانند بیماری‌های جدیدی مثل آنفلوآنزای مرغی یا سارس را ردگیری کنند چراکه اثرات و نشانه‌های این بیماری‌ها فورا ظاهر می‌شوند اما ایدز بیماری‌ای پنهان است که ممکن است، ظهور نخستین علائم آن ۱۰ سال طول بکشد؛ نشانه‌های مختلفی دارد و همین‌طور آهنگ تغییر آن بسیار سریع است، بنابراین وقتی این ویروس و خطر آن شناخته شد در حقیقت فرصت برای رهگیری و کشف منشأ آن از دست رفته بود.
نتیجه تلاش ۲۵ ساله دانشمندان در این زمینه تئوری‌هایی درباره منشأ این ویروس است. این ویروس 2 گونه دارد؛«
1 -HIV» که نوع تکامل یافته یک ویروس تخریب‌کننده سیستم ایمنی شامپانزه‌ها و «2 -HIV» که تکامل‌یافته یک ویروس تخریب‌کننده سیستم ایمنی نوع خاصی از میمون به نام سوتی مانگابی است. «1 -HIV» نوعی است که در سراسر جهان پخش شده است و «2 -HIV» در غرب آفریقای مرکزی یعنی محل پیدایش باقی مانده است. هر کدام از این دو نوع ویروس هم انواع مختلفی دارند. در سال ۲۰۰۶ یک تیم تحقیقاتی بین‌المللی با بررسی تعداد زیادی نمونه خون شامپانزه‌ها در آفریقا جمعیتی از شامپانزه‌ها را در جنوب کامرون پیدا کردند که نمونه‌هایی بسیار شبیه به
1 -HIV را با خود داشتند اما از چه وقت این ویروس به انسان‌ها سرایت کرد و در میان آنها پخش شد؟ دانشمندان حدس می‌زنند این اتفاق نخستین بار در جنوب کامرون میان سال ۱۲۸۰ تا ۱۳۰۰ هجری خورشیدی افتاده و قطعا از سال ۱۳۱۲ دیرتر نبوده است. پخش ویروس به شکل نمایی، از یک نفر در سال ۱۲۹۰ تا ۵۵ میلیون نفر در سال ۱۳۸۶ اتفاق افتاده است. بنابراین در سال ۱۳۴۰ تنها چند هزار نفر و فقط در آفریقای مرکزی به این ویروس آلوده بوده‌اند. برای تخمین عمر ویروس، دانشمندان پیچیدگی ژنتیکی آن را بررسی می‌کنند و تخمین می‌زنند چه مدت زمان برای انجام جهش‌های ژنتیکی که در آن مشاهده می‌شود لازم بوده است. برای انجام این تخمین بهتر است از نمونه‌های قدیمی‌تر ویروس که پیچیدگی کمتری دارند استفاده شود، قدیمی‌ترین نمونه بافت آلوده به ایدز مربوط به سال ۱۹۵۹ است ولی بعد از آن قدیمی‌ترین نمونه‌ها بیشتر مربوط به دهه ۸۰ هستند و دانشمندان هنوز امیدوارند جایی در آفریقا نمونه‌های قدیمی‌تری پیدا شود اما حتی اگر چنین نمونه‌هایی پیدا شود، معلوم نیست کیفیت آنها اجازه استخراج کامل اطلاعات ژنتیکی ویروس را بدهد. اما چطور این ویروس از شامپانزه‌ها به انسان منتقل شد؟ بیشتر محققان ایدز معتقدند این اتفاق از طریق شکارچیان و قصابان شامپانزه در جنوب کامرون افتاده است. این افراد چون روزانه در معرض خون میمون‌ها قرار دارند، اگر در بدنشان زخم و بریدگی داشته باشند که معمولا دارند، ویروس می‌تواند وارد خون آنها شود.
قرن‌هاست میمون‌ها در آفریقا شکار شده و به عنوان خوراک یا حیوان خانگی استفاده می‌شوند، بنابراین مردم آفریقا مدت‌ها در معرض ویروس بوده‌اند اما در قرن اخیر که آفریقا به وسیله اروپاییان تسخیر شد و ارتباط بیشتری با دیگر بخش‌های دنیا پیدا کرد این ویروس فرصتی برای پخش شدن بیشتر در سراسر دنیا پیدا کرد. وسایط نقلیه، کارکنان درمانی و تجار که از جاهای دیگر دنیا به آفریقا رفت‌و آمد می‌کردند هم کم‌کم گسترش این ویروس را تشدید کردند.
تئوری‌های دیگری هم درباره چگونگی انتقال ویروس به انسان‌ها وجود دارد. یکی از این تئوری‌ها به این واقعیت اشاره می‌کند که بیش از یک میلیون آفریقایی بین سال‌های ۱۹۵۷ و ۱۹۶۰ بر ضد فلج اطفال واکسینه شده‌اند. گفته می‌شود بخشی از این واکسن‌ها در آزمایشگاهی در کنگو روی سلول‌های شامپانزه پرورش داده شده‌اند و همبستگی قابل توجهی میان محل مصرف این واکسن و محل ظهور نخستین نمونه‌های ایدز در آفریقا دیده شده است.
هر چند بیشتر محققان ایدز، تئوری اول را پذیرفته‌اند و بعضی از آنها شواهدی برضد تئوری دوم ارائه داده‌اند، اما هر دوی این تئوری‌ها از نظر علمی قابل وقوع هستند. سوال این است که در واقع کدام‌یک اتفاق افتاده‌اند. برای باطل کردن تئوری دوم باید بافت‌های انسانی آلوده به ویروس مربوط به پیش از زمان واکسیناسیون پیدا شود و برای ثابت کردن آن باید نمونه‌های آلوده واکسنی که در کنگو ساخته شده، پیدا شود اما تا امروز هیچ‌کدام از این دو پیدا نشده‌اند و ممکن است هرگز پیدا نشوند. چرا این همه برای یافتن منشأ ویروس تلاش می‌کنیم؟ یافتن منشأ واقعی ویروس ممکن است نتایج کاربردی‌ای داشته باشد. این کار ممکن است به دانشمندان کمک کند، بفهمند چرا ویروس HIV که در بدن میمون‌ها وجود دارد آنها را نمی‌کشد یا حتی بیمار نمی‌کند؟ با داشتن این اطلاعات ممکن است بتوانیم داروهایی با عوارض جانبی کمتر یا واکسن‌هایی بر ضد این بیماری بسازیم. به علاوه این بررسی تاریخی می‌تواند درسی برای دانشمندان باشد تا آنها را برای مقابله با بیماری‌های نوظهوری که ممکن است بعد از این پیدا شوند، آماده کند.