تاریخچه جواهرات ایران از زمان حکومت صفویه آغاز می‌شود، زیرا تا قبل از صفویه جواهرات گرانبهایی در خزانه دولتی وجود نداشته است و براساس نوشته‌های سیاحان خارجی، پادشاهان صفوی بیش از 2 قرن (907 تا1148ق) دست به جمع‌آوری جواهرات زدند و حتی کارشناسان دولت صفوی جواهرات را از بازارهای هند و عثمانی و کشورهایی مانند فرانسه و ایتالیا خریداری می‌کردند و به اصفهان، پایتخت حکومت، می‌آوردند. در پایان سلطنت شاه سلطان حسین و با ورود محمود افغان به ایران، خزائن دولت با حمله افغان‌ها غارت شد و مقداری از آنها که به وسیله محمود افغان به اشرف افغان رسیده بود، پس از ورود شاه تهماسب دوم به اصفهان، به چنگ نادر افتاد و از خروج آنها از ایران جلوگیری شد. بعداً نادر برای پس گرفتن آن قسمت از جواهراتی که به هندوستان منتقل شده بود نامه‌هایی به دربار هند نوشت، اما جواب نامساعد شنید. پس از لشکرکشی نادر به هند (1158 ق)، محمدشاه گورکانی مبالغی نقدینه، جواهر و اسلحه تسلیم نادر کرد، اما بخشی از اموال و خزائنی که نادر از هندوستان به دست آورده بود به ایران نرسید و در راه بازگشت به ایران از میان رفت. نادر پس از بازگشت به ایران مقدار قابل ملاحظه‌ای از جواهرات را به رسم ارمغان برای امرا، حکام و شاهان کشورهای همسایه فرستاد. همچنین مقداری از اشیای نفیس و مرصع را به آستان حضرت امام‌رضا (ع) تقدیم کرد و بخشی را نیز به سپاه خود بخشید. در 1160 ق، پس از قتل نادر، احمد بیگ افغان ابدالی، از سرداران نادر، دست به غارت جواهرات خزانه نادر زد. از جمله گوهرهایی که از ایران خارج شد و هرگز بازنگشت، الماس معروف کوه‌نور بود. این الماس در 1266 ق، به ملکه ویکتوریا اهدا شد و هم‌اکنون جزو گوهرهای تاج شاهی بریتانیاست. در دوران قاجار مجموعه جواهرات جمع‌آوری و ضبط شد و تعدادی از جواهرات بر تاج کیانی، تخت نادری، کره جواهرنشان و تخت‌طاووس نصب گردید. در 1316 ش، قسمت عمده جواهرات به بانک ملی ایران منتقل شد و پشتوانه اسکناس و بعداً وثیقه اسناد بدهی دولت به بانک بابت پشتوانه اسکناس قرار گرفت. خزانه فعلی در 1334 ساخته و در 1339 با تأسیس بانک مرکزی ایران افتتاح و به این بانک سپرده شد. این موزه تا قبل از انقلاب فعالیت داشته و بعد از آن تعطیل و دوباره در 1369 برای عموم بازگشایی شد. جواهرات مهم این موزه الماس دریای نور، تخت طاووس یا تخت خورشید، تخت نادری و کره جواهر نشان است. موزه جواهرات ملی با مساحتی حدود یکهزار مترمربع مجهز به سیستم ایمنی است که توسط آلمانی‌ها ساخته شده است. جواهرات شاخص موزه عبارتند از: دریای نور که درشت‌ترین و زیباترین الماس برلیان در میان گوهرهای سلطنتی ایران و یکی از گوهرهای معروف جهان است. گفته می‌شود این الماس هزار سال پیش کشف و استخراج شده است. وزن آن اکنون هفت مثقال و 20 نخود، یعنی در حدود 182 قیراط و صورتی است، ولی پیش از تراش، زیادتر از این بوده است. این الماس به وسیله نادرشاه افشار جزو هدایای محمدشاه‌گورکانی و غنایم جنگی از هند به ایران آورده شده و بعد از طی دوران‌های مختلف به دست شاهان قاجاریه رسیده است. دریای نور تا زمان ناصرالدین شاه در وسط یکی از بازوبندهای سلطنتی نصب می‌شد، ولی در زمان او که استفاده از بازوبند منسوخ شد آن را به صورت پیش کلاه درآوردند و در قابی زرین با شیر و خورشید و تاج مرصع به 457 قطعه برلیان ریز و عالی و چهار قطعه یاقوت قرار دادند. این الماس برلیان از دو سو تراش خورده و به شکل هرم مثلث‌القاعده‌ای است که قاعده آن چهار سانتیمتر درازا و سه سانتیمتر پهنا دارد و دو سوی دیگر حدود 2 سانتیمتر است. همه سطوح دریای نور صاف و یکنواخت است، جز یک سمت آن که فتحعلی‌شاه با کندن عبارت سلطان صاحبقران فتحعلی‌شاه قاجار، از ارزش آن کاسته است.
کره جغرافیایی از دیگر اشیای نفیس موزه است. وزن کره با پایه‌های طلایی آن حدود 37/5 کیلوگرم و روی آن 51366 قطعه جواهر گوناگون نشانده شده است. روی کره القاب ناصرالدین شاه منبت و الماس‌نشان شده است. در این کره، کوه دماوند با یاقوت درشتی مشخص و شهر تهران با یاقوت معروفی به نام اورنگ‌زیب نمایان است. اثر معروف دیگر، تاج کیانی، تاج ویژه سلاطین قاجار است که به دستور فتحعلي شاه ساخته شد و مورد استفاده سلاطین بعد از نسل وی قرار گرفت. با انقراض ساسانيان، شاهان ایران دیگر هیچگاه از تاجي به این شکل استفاده نکردند و طی آن دوران تاج به صورت جقه بوده است. عناصر به کار رفته در این تاج الماس، زمرد، ياقوت و مرواريد است. اثر منحصر به فرد تخت‌نادری، نام اریکه سلطنتی است که به دستور فتحعلي شاه قاجار و به وسیله جواهر سازان و صنعتگران ایرانی ساخته شده است. این تخت مرصع و میناکاری شده شامل ۲۲ هزار سنگ و جواهر قیمتی است که برای اردوکشی به چمن سلطانیه زنجان در ۹ قطعه مجزا ساخته شد. تخت نادری از نظر شکل و ترکیب و تزئینات، زیباتر از تخت طاووس است. پشت‌انداز آن با ترنج و جواهرات درشت و خوشرنگش آن را مجلل‌تر نشان می‌دهد. در 2 طرف پشت انداز تخت که مانند دم طاووس چتر زده و در بالا دارای تاجی است، نقش 2 اژدهای پیچ خورده یا سمندر قرار دارد که دم آنها به شکل سر عقاب یا طوطی درآمده است و نظیر همین 2 اژدها در 2 طرف پله اول تخت نیز دیده می‌شود که در اینجا دارای پا بوده و به سطح و دیواره پله چسبیده‌اند. این تخت تنها در مواقع سفر برای پادشاه حمل و در بقیه اوقات در خزانه سلطنتی نگهداری می‌شد. موزه ملی جواهرات از شنبه تا سه شنبه بین ساعات 14 الی 30/16 در خیابان فردوسی، روبه روی کوچه برلن و جنب بانک مرکزی پذیرای میهمانان و بازدیدکنندگان است.