تشکیل فراکسیون‌ها در مجلس شورای اسلامی در واقع به معنای جدا ساختن خط‌های مختلف در نظام پارلمانتاریستی برای تعیین گروه‌های اقلیت و اکثریت است که می‌توانند در معادلات سیاسی و حتی اقتصادی تاثیرگذاری خاص خود را داشته باشند. در همین راستا سازوکارهای مختلفی برای تاثیرگذاری فراکسیون‌های مجلس در تصمیم‌گیری‌ها مشخص شده است که یکی از مهم‌ترین آنها رای فراکسیونی به طرح‌ها و لوایح موجود در مجلس و تصمیم‌گیری‌های گروهی است. رأیی که می‌تواند تمام اعضای فراکسیون را با وجود اختلاف‌نظرهای گوناگون موظف به حمایت یا عدم حمایت از مساله‌ای خاص کند. نظام رای فراکسیونی و گروهی در مجلس گرچه در مجالس دیگر کشور‌ها به عنوان امری طبیعی همیشه مورد اجرا قرار گرفته و نمایندگان موظف هستند به نظر اکثریت فراکسیون متبوعشان رای دهند، اما در ایران تفسیر دیگری از رای فراکسیونی می‌شود که از آن می‌توان با نام رای استمزاجی فراکسیون نام برد. در ایران هر چند نمایندگان مجلس شورای اسلامی در اولین تقسیم‌بندی‌ها به دو گروه فراکسیون اقلیت و اکثریت تقسیم می‌شوند اما در رای‌گیری‌های مهم که فراکسیون‌ها تشکیل جلسه داده و مجمع عمومی برای تصمیم‌گیری مساله را به رای عمومی اعضای فراکسیون می‌گذارد، در نهایت این تک‌تک نمایندگان هستند که با رای خود تکلیف مسائل را روشن می‌کنند و اگر مساله‌ای در جلسه عمومی فراکسیون هم به رای اکثریت نمایندگان گذاشته شود، باز هم این رای‌گیری نمی‌تواند رای نمایندگان را در صحن علنی مجلس تغییر دهد. نمایندگان مجلس که معتقد به اصل استقلال رای نمایندگان گذاشته شود، حتی در صورتی که مساله‌ای در مجمع عمومی فراکسیون به تایید اکثریت نمایندگان برسد، باز هم نظر خود را در صحن علنی مجلس و هنگام رای‌گیری اعمال کرده و اعتقاد ندارند که باید در جلسه علنی به رای فراکسیون پایبند بوده و نظر خود را اعمال نکنند. چنانکه دیده می‌شود در رای‌گیری‌های مهمی چون رای اعتماد به وزرای پیشنهادی، رای‌گیری برای انتخاب اعضای هیات رئیسه مجلس و رای‌گیری برای طرح‌ها و لوایح مهم، گرچه قبل از آن جلسات مختلفی در شورای مرکزی فراکسیون‌ها و مجامع عمومی آنها برگزار شده و با رای‌گیری استمزاجی، تکلیف رای اکثریت نمایندگان به مساله مورد نظر مشخص می‌شود اما باز هم رای نمایندگان در صحن علنی با نوساناتی روبه‌رو بوده و رای تمام نمایندگان فراکسیون مربوط را به همراه ندارد. یکی از مهم‌ترین بحث‌های مربوط به رای فراکسیونی نیز در خرداد ماه هر سال، رای فراکسیون‌های اکثریت و اقلیت به اعضای هیات رئیسه مجلس است که برخی از نمایندگان اعتقاد دارند این رای‌گیری باید تعیین تکلیف برای نمایندگان درباره رای‌شان باشد و نمایندگان فراکسیون مربوط باید به رای اکثریت احترام گذاشته و در صحن علنی مجلس به نظر شخصی خود رای ندهند و در مقابل، عده دیگری از نمایندگان معتقدند رای‌گیری‌های فراکسیونی رای‌گیری استمزاجی برای به دست آوردن نظر اکثریت نمایندگان در مورد اعضای هیات رئیسه است.
به همین دلیل نیز در رای‌گیری هیات رئیسه برای مجلس هفتم، با وجود اینکه حسن سبحانی، نماینده دامغان در رای‌گیری فراکسیون اصولگرایان حائز اکثریت آرا برای ریاست مجلس نشد، باز هم در صحن علنی برای رقابت با حدادعادل اعلام آمادگی کرد و به رای فراکسیون اصولگرایان توجهی نکرد و در طرف مقابل، نمایندگان حامی او نیز مانند رای درون فراکسیون، باز هم به او رای دادند و به حداد رای ندادند. در مجلس هشتم نیز رویه‌ای مانند رویه مجلس هفتم را شاهد هستیم و در حالی‌که برای استیضاح وزرا یا رای اعتماد به وزیری دیگر یا انتخاب اعضای هیات رئیسه نظر اکثریت اعمال می‌شود، باز هم عده‌ای ترجیح می‌دهند نظر شخصی خود را در رای‌گیری‌ها اعمال کنند. البته در این میان نباید از نقش گروه‌های دیگر موجود در مجلس مانند فراکسیون‌های داخلی فراکسیون‌های اکثریت و اقلیت و مجامع نمایندگان استان‌های مختلف گذشت. نمایندگان تنها به فراکسیونی که از لحاظ گرایش سیاسی در آن عضویت دارند، وابسته نیستند و مجامع استانی نمایندگان نیز در رای آنها موثر است و بارها مشاهده شده که نمایندگان استان‌های مختلف بویژه در مساله رای اعتماد به وزرا یا استیضاح آنها، بیشتر از اینکه به رای فراکسیونی پایبند باشند، به رای مجمع نمایندگان استان متبوعشان وابسته هستند و در شرایطی دیگر گاهی اوقات نمایندگانی که عضو چند فراکسیون مختلف هستند، به دلیل تفاوت دیدگاه‌شان با فراکسیون اکثریت و اقلیت، گاهی اوقات به رای فراکسیونی پایبند هستند و گاهی اوقات نه. در هر صورت اگر در کشورهای دیگر تابعیت از رای فراکسیونی به معنای اقتدار بیشتر نمایندگان عضو این فراکسیون شده و قدرت اکثریت و اقلیت را نشان می‌دهد، اما در ایران نمایندگان بیم آن دارند تا مردم آنها را به شرکت کردن در بازی‌های سیاسی یا گروهی و جناحی متهم کنند و به همین دلیل همچنان بر رای شخصی خود پافشاری می‌کنند اما اگر شرایط سیاسی در مجلس ایران با پارلمان‌های دیگر متفاوت است، این سوال مطرح می‌شود که پس علت رای‌گیری‌ها در فراکسیون‌های مختلف چیست؟