کریم باقری در حالی پس از 6315 روز حضور در تیم ملی در دیدار برابر برزیل برای همیشه از بازی در جمع ملی‌پوشان خداحافظی کرد که قبل از این یکبار خداحافظی موقتی داشت و نزدیک به 6 سال برای تیم ملی به میدان نرفت تا از حیث خداحافظی هم، بازیکن متفاوتی باشد. به گزارش مهر، کاپیتان تیم ملی فوتبال ایران در دیدار پنجشنبه شب مقابل برزیل، در 16 خرداد سال 1372 و در حالی‌که تنها 19 سال و 106 روز سن داشت، برای نخستین بار پیراهن تیم ملی کشورمان را در دیدار با پاکستان در چارچوب رقابت‌های جام (اکو) برتن کرد. آن مسابقه در ورزشگاه آزادی برگزار شد و ایران با نتیجه 5 برصفر از سد پاکستان گذشت، مسابقه‌ای که باقری نخستین گل ملی‌اش را به ثمر رساند. باقری پس از 8 سال و 5 ماه و 9 روز (3079 روز) حضور خود در تیم ملی و ثبت رکورد 80 بازی و 47 گل ملی برای خود، بعد از آخرین دیدار ایران در مرحله مقدماتی جام جهانی 2002 (مسابقه برگشت ایران با ایرلند در مرحله پلی آف جام جهانی) در روز 24 آبان‌ماه سال 1380 و در حالی‌که 27 سال و 268 روز سن داشت، در کمال تعجب تصمیم گرفت، خداحافظی زودهنگامی با فوتبال ملی داشته باشد. وی پس از 6 سال و 11 ماه و 24 روز(2549 روز) دوری از تیم ملی بالاخره تصمیم گرفت به فوتبال ملی بازگردد. دیدار تدارکاتی ایران برابر قطر با هدایت علی دایی، نخستین مسابقه‌ای بود که کریم باقری پس از بازگشت به تیم ملی در آن حضور یافت. وی به ترتیب در بازی با امارات در مرحله مقدماتی جام جهانی، بازی تدارکاتی برابر چین، دیدار با سنگاپور و تایلند در مرحله مقدماتی جام ملت‌های آسیا و دیدار با کره جنوبی در مرحله مقدماتی جام جهانی حضور یافت. باقری به علت مصدومیت در تاریخ سوم خردادماه سال 1388 و پیش از 3 دیدار حساس پایانی مرحله مقدماتی جام جهانی 2010 برابر کره شمالی، امارات و کره جنوبی از شرکت در اردوی تیم ملی انصراف داد. این بازیکن در حضور دوباره‌اش در تیم ملی 3 گل دیگر برای تیم ملی ایران به ثمر رساند و تعداد گل‌های ملی‌اش را به 50 گل رساند. کاپیتان تیم فوتبال پرسپولیس تهران، همچنین آمار بیشترین گل زده در یک دیدار ملی در ایران را به خود اختصاص داده است. وی در دیدار ایران با مالدیو در مرحله مقدماتی جام جهانی که سی و یکمین دیدار ملی‌اش بود، به تنهایی 7 گل از 17 گل تیم ملی را به ثمر رساند. کریم باقری کاپیتان تیم فوتبال کشورمان در دیدار با برزیل هشتاد و هفتمین و آخرین بازی ملی‌اش را انجام داد و همچنان با 50 گل زده ملی، لقب گلزن‌ترین هافبک ایران را در اختیار دارد. در رده‌بندي گلزنان فوتبال ملي كشورمان هم پس از علي دايي با 109 گل زده، كريم باقري با 50 گل زده، علي كريمي با 35 گل زده، جواد نكونام با 25 گل‌زده، غلامحسين مظلومي و فرشاد پيوس با 19 گل زده و علي‌اصغر مديرروستا با 18 گل زده در رده‌هاي دوم تا ششم قرار گرفته‌‌اند.