1- شاید آن زمان که حاج آقا روح‌الله خمینی برای کسب نظر مساعد آیت‌الله‌العظمی بروجردی به پذیرش زعامت حوزه قم، بیش از 20 نامه به علمای سرشناس داخلی و خارجی نوشت، هیچگاه تصور نمی‌کرد اطرافیان آن مرجع بزرگ روزی عامل ناکامی یکی از اقدامات مهم حوزه شوند. 5 سال پس از زعامت آیت‌الله بروجردی بر حوزه علمیه، حضرت امام خمینی به واسطه درک شرایط اجتماعی و سیاسی آن روزگار و ناکامی‌های مستمر جنبش‌های اجتماعی، با همکاری آیت‌الله كاظم حائری و حضور افرادی چون شهید مطهری، «اصلاح حوزه» را با محوریت تقویت «علوم عقلی» مطرح کرد تا پس از ناکامی‌های مستمر سیاسیون در اصلاح ساختارهای مملکت، این‌بار عالمان دینی پیشرو مبارزه باشند. از ملزومات ابتدایی این اقدام تغییر در مدیریت حوزه با نظر مساعد آیت‌الله بروجردی بود. پیشروان حرکت اصلاح حوزه حتی در بدایت امر تاییدیه‌ای از زعیم حوزه گرفتند اما تنها به فاصله چند ساعت، آیت‌الله بروجردی تاییدیه را پس گرفت. امام در همان دوران که عرصه بر امثال نابغه‌های فلسفه در حوزه از جمله علامه طباطبایی تنگ شده بود، دلیل شکست تحول در حوزه را به خاطر برخی اطرافیان آیت‌الله‌العظمی بروجردی می‌دانستند: «من چه کنم؟ کسانی در منزل آقای بروجردی هستند که نمی‌گذارند کاری برای اسلام انجام بگیرد. آیت‌الله بروجردی خود استاد فلسفه و علوم عقلی هستند و شخصا با فلسفه مخالف نیستند، وقتی بروجرد بودند و خبر به قم رسید که گذشته از خارج فقه و اصول، حکمت هم تدریس می‌کنند عده‌ای مقدس‌مآب از قم به آن دیار رفتند و با برنامه‌های خود کاری کردند که ایشان ناگزیر تدریس فلسفه را ترک کردند»! (زندگینامه آیت‌الله بروجردی، صص384 تا 386).
کار تا بدانجا رفت که درس اسفار امام، همزمان با ارتباط ایشان با بیت آیت‌الله‌العظمی بروجردی منقطع شد. تدریس فلسفه امام خمینی اما پس از رحلت آیت‌الله بروجردی هم به واسطه آغاز مبارزات علنی امام با رژیم پهلوی چندان طول نکشید هرچند جلسات تدریس فلسفه در زمان مرجعیت امام خمینی(ره) تا حدودی رونق گرفت. با این حال آرزوی علمای پیشرو حوزه محقق نشد. اصلاح حوزه که براساس نیاز سنجی روحانیون آشنا با علوم روز و با هدف ورود عقلی دین به حوزه‌های اجتماعی مطرح شد در همان ابتدا ناکام ماند تا امام خمینی (ره) سال‌ها بعد تبعات این ناکامی را به کنایه بیان فرمايند: «اگر این مساله مهم حیاتی (اصلاح حوزه) عملی شده بود، به طور قطع سرنوشت‌ساز بود و انقلاب اسلامی ایران سال‌ها پیش از سال 1357 به ثمر می‌رسید و شاید حوادث شوم بعد از آن (ناکامی اصلاحات) مانند قلع و قمع فدائیان اسلام و... پیشامد نمی‌کرد». (زندگینامه آیت‌الله بروجردی، ص311). به هرحال نخستین تلاش برای اصلاح حوزه‌های علمیه ره به جایی نیافت. در آن برهه زعیم عالیقدر حوزه بیش از هر چیز دغدغه ثبات و قوام حوزه قم را داشت و به همین خاطر مبارزات علنی علیه رژیم را برنمی‌تافت و به همین خاطر و بر اثر مجاهدات آیت‌الله‌العظمی بروجردی بود که حوزه قم رونق گرفت، تعداد طلاب از 3 هزار نفر به بیش از 20 هزار نفر افزایش یافت و حوزه قم عملا جایگزین حوزه علمیه نجف شد. به قدرت رسیدن رژیم بعث و تحدید شدید حوزه نجف، ارزش تدابیر آیت‌الله بروجردی را بیشتر نشان می‌دهد.
2-
10 فروردین 40 تمام ایران در سوگ رحلت آیت‌الله‌العظمي بروجردی نشست. 18 ماه بعد حوزه علنا وارد مبارزات سیاسی با رژیم شاه شد.
کابینه علم 14 مهر 41 لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی را تصویب و به مجلس ارائه کرد اما نامه اعتراضی امام خمینی (ره) به علم در 28 مهر، همه رشته‌ها را پنبه کرد. به‌رغم برخی مخالفت‌ها در قم اما نامه‌نگاری‌های امام به نمایندگان مجالس سنا و شورا ادامه یافت تا اینکه 53 روز پس از تصویب، این لایحه توسط کابینه علم لغو شد. امام اما از پشت پرده انقلاب شاه و مردم با خبر بود و همان هنگام حوزه را از نیات این توطئه باخبر کرد. مبارزات امام خمینی(ره) خشم رژیم و فاجعه فیضیه را رقم زد. پاسخ امام این بود: «من مصمم هستم که از پای ننشینم تا دستگاه فاسد را به جای خود بنشانم». امام دستگیر و تبعید اما حوزه بیدار شد و مبارزات مردمی که پیش‌تر با رویکرد‌های ملی‌گرایانه به شکست می‌انجامید، این‌بار با محوریت «اسلام» به پیروزی رسید. تحولات و رویدادهای فراوانی را می‌توان در روند مبارزاتی امام و تغییرات محسوس در حوزه مثال آورد اما به همین اندک بسنده می‌شود که آنچه باعث نتیجه بخش شدن مبارزات ملت در مقابل خودکامگی و سرسپردگی حاکمیت شد، رهبری دین بود. البته پیشروی دین هم به خاطر ورود عالمان حوزه به مسائل روز کشور و جهان بود. جرقه این اقدام و آن هم در فضای مبارزه از سوی امام زده شد و نتیجه آن بزرگ‌ترین انقلاب مردمی و دینی قرن شد.
3-
امام خمینی(ره) اگرچه توانست به واسطه احاطه بر شرایط اجتماعی و سیاسی روز، حوزه را به تحرک وا دارد اما بیداری حوزه به خاطر شرایط آن زمان، تنها در فضای مبارزه با حکومت شکل گرفت. پس از انقلاب نیز تمام همت امام به تثبیت جمهوری اسلامی و تئوری ولایت فقیه انجامید و مجالی برای اصلاح حوزه باقی نماند. قم البته پذیرای موسسات و مراکز آموزشی فراوانی شد که مجاهدت در حوزه علوم عقلی موجب تربیت اساتید برجسته‌ای شد. پس از رحلت امام خمینی(ره) و رهبری حضرت آیت‌الله‌العظمی خامنه‌ای دیگر بار توجه به احیای حوزه تقویت شد. آیت‌الله‌العظمی خامنه‌ای در محضر علمایی چون
امام خمینی(ره)، علامه طباطبایی و آیت‌الله میلانی تلمذ کردند؛ نوابغی که هرکدام از اساتید مشهور فلسفه در تاریخ تشیع هستند. جدای از این موضوع آنچه سبب تاکید و اینک اقدام عملی رهبر انقلاب برای تحول در حوزه شده، نیاز مبرم نظام اسلامی به نظریه‌پردازی شیعی بود. در این راستا راه‌اندازی مراکز آموزشی و پژوهشی رونق گرفت و نتایج ارزشمندی به دنبال داشت اما ورود علنی «حوزه» به متون و مکاتب روز، آن هم با شیوه‌های نوین علمی همچنان غیرقابل دسترسی ماند.
4-
سفر رهبر انقلاب به قم می‌تواند نویدبخش تحقق آرزوی دیرینه علمای پیشگام تشیع باشد. کمال علوم عقلی در کنار پویایی علوم نقلی، آنچه به دنبال دارد استدلال محکم شیعی در پاسخگویی به نیازها و شکیات است. جمهوری اسلامی فرزند حوزه است اما باید این واقعیت را پذیرفت که در مسیر ادای تکلیف گسترش اندیشه انقلاب اسلامی به دنیا، اینک حوزه علمیه از نظام عقب است. نظام حکومتی جمهوری اسلامی در وضعیت فعلی محور چالش آفرین نظامات مادی است. در کلان این حرکت، کمونیسم را به خوبی به زباله‌دان ارجاع داد و طی سال‌های اخیر لیبرال- دموکراسی را نسخه بی‌فایده برای بشر اعلام کرده است. رئیس‌جمهور این نظام در مقر سازمان ملل، مهد لیبرال- دموکراسی را متهم به ايجاد فاجعه 11 سپتامبر می‌کند و جالب اینکه اکثریت افکار عمومی دنیا را نیز در حمایت دارد.
غرب در مواجهه با جمهوری اسلامی اما بر نظریات مفسران و فیلسوفان خود متکی است یعنی همان جایی که سال‌هاست نظام احساس خلأ می‌کند. باید پذیرفت جمهوری اسلامی در برخی حوزه‌های مهم دچار ضعف نظریه‌پردازی است. چاره این معضل چیست که علوم عقلی دانشگاه‌های دینی‌ترین نظام دنیا آکنده از نظریات مادی است؟ و این معضل آیا شکاف‌های عقیدتی به دنبال ندارد؟ جمهوری اسلامی نیازمند نظریه‌پردازی اسلامی است. این مهم تنها از علمای حوزه برمی‌آید که تسلطی کامل بر علوم نقلی و فقهی دارند. جمهوری اسلامی اینک نیازمند تئوری‌های اسلامی در حوزه‌های اقتصادی و فرهنگی است. مناسبات اجتماعی در ایران اگر در پاره‌ای موارد دچار ناهنجاری‌های مهلک می‌شود، چاره کار تئوریزه کردن فلسفه اخلاق اسلامی است. این موارد اگر صورت گیرد آنگاه طی مدتی اندک تئوری‌پردازی‌های حوزه علمیه در همه دنیا برجسته خواهد شد و بزرگ‌ترین چالش‌ها برای مکاتب مادی ایجاد می‌شود.
5-
تحول در حوزه که با تمرکز بر علوم عقلی ممکن می‌شود، رسالت الهی جمهوری اسلامی را به سرعت تسهیل می‌کند. اگر چتر نظریه‌پردازی حوزه گسترده شود زوال مکاتب مادی چشم‌اندازی بسیار روشن خواهد داشت، نظام اسلامی حرکت پیشروانه خود را با قدرت ادامه می‌دهد و آنگاه به سرعت شاهد برچیده شدن نظریات مادی در داخل و خارج کشور و همچنین گوشه‌نشین شدن مهره‌های این مکاتب خواهیم بود. اولویت این تحول در حوزه اجرا، دانشگاه‌هاست. حوزه در این مسیر قطعا درگیر محدودیت نیست. به عبارت دیگر نظریه‌پردازی و کانالیزه کردن این نظریات در محیط‌های مختلف فکری و اجرایی به صورت کامل در اختیار حوزه است. این فرصتی است که تنها در سایه جمهوری اسلامی شکل می‌گیرد. چرا که به فرموده رهبر انقلاب سرنوشت حوزه و نظام به هم گره خورده است».