کاپیتان پیشین پرسپولیس با بیان جملاتی چون «احساس کردم به درد پرسپولیس نمی‌خورم، نه با کسی قهرم و نه مشکلی دارم، دایی گفت بمان تا باهم تیم را بسازیم، هواداران بدانند باید می‌رفتم و توانایی‌ام از افرادی که الان در فوتبال هستند خیلی بیشتر است» به تشریح دلایل خداحافظی‌اش پرداخت. کریم باقری درباره خداحافظی خود از دنیای فوتبال گفت: من نمی‌دانم این خصلت خوب من است یا بد اما هر زمان احساس کردم به درد نمی‌خورم، سریع خود را از آن مجموعه جدا کردم. این اواخر شرایط من در پرسپولیس به گونه‌‌ای بود که احساس کردم نمی‌توانم به پرسپولیس کمک کنم و در نهایت تصمیم به جدایی گرفتم. وی که دوشنبه‌شب در برنامه 90 حضور داشت با تاکید بر اینکه خودش تصمیم به جدایی از تیم پرسپولیس گرفته و عوامل دیگری در اتخاذ این تصمیم دخیل نبوده است، افزود: از ابتدای فصل تا زمانی که تصمیم به جدایی گرفتم، فقط در 2 بازی تراکتورسازی و شهرداری تبریز جزو نفرات اصلی بودم و در سایر دیدارها روی نیمکت می‌نشستم.
کاپیتان تیم فوتبال پرسپولیس در فصول گذشته لیگ برتر با پذیرش این نکته که مربی در تیم تصمیم‌گیرنده اصلی است، گفت: از ابتدای فصل درباره خداحافظی من از فوتبال حرف زده می‌شد تا اینکه یک ماه پیش این موضوع به‌صورت رسمی در نشست خبری باشگاه اعلام شد. من در آن زمان با این موضوع مخالفت کردم، چرا که آماده بودم و احساس می‌کردم می‌توانم برای تیم بازی کنم و کمک حال تیم باشم.
وی یادآور شد: از ابتدای فصل تا به امروز خیلی تلاش کردم که به تیم پرسپولیس کمک کنم. احساسم این بود که می‌توانم کمک کنم. امروز هم که خداحافظی کرده‌ام نه با کسی مشکلی دارم و نه قهر هستم.
کاپیتان پیشین تیم فوتبال پرسپولیس تاکید کرد: از ابتدای فصل این صحبت‌ها نبود. پیش از آغاز فصل نخستین بازیکنی بودم که به من پیشنهاد تمدید قرارداد شد اما آخرین نفری بودم که قراردادم را تمدید کردند! من پیش از آغاز تمرینات خیلی دوستانه به علی دایی گفتم اگر به من احتیاج نداری بگو تا از تیم جدا شوم و اگر مرا نخواهید اصلا ناراحت نمی‌شوم اما دایی گفت که مرا لازم دارد و تاکید کرد بمانم تا با هم تیم را درست کنیم.
باقری در ادامه از هواداران پرسپولیس عذرخواهی کرد و گفت: هواداران بدانند تصمیم به جدایی و خداحافظی از فوتبال برایم سخت بود و امیدوارم آنها مرا درک کنند. آنها بدانند در شرایط سختی بودم و باید می‌رفتم.
بازیکن پیشین تیم ملی فوتبال ایران با یادآوری اینکه به خاطر علی دایی به این تیم بازگشته بود، گفت: هیچ وقت به نیمکت‌نشینی اعتراض نکرده‌ام. این فصل مسابقه‌ای بود که من فقط چند دقیقه بازی کردم اما اعتراض نکردم.
کاپیتان پرسپولیس در فصل هفتم لیگ برتر که منجر به قهرمانی این تیم شد، خاطرنشان کرد: فصل گذشته که از ناحیه آشیل پا دچار آسیب دیدگی شده بودم، آقای کاشانی در اردوی دوبی پیشنهاد کرد، اگر نمی‌توانم به بازی ادامه دهم، برنامه خداحافظی من از فوتبال را ترتیب دهد اما با پیشنهاد ایشان مخالفت کرده و خودم را به ترکیب تیم رساندم و اتفاقا عملکرد خوبی هم داشتم. در فصل گذشته گل‌های حساسی زدم و پاس گل‌های زیادی دادم که همین مساله موجب شد به من پیشنهاد تمدید قرارداد بدهند.
باقری در ادامه گفت، در شرایط بدنی بسیار مطلوبی است و می‌تواند به مراتب بهتر از خیلی از بازیکنانی که امروز در فوتبال ایران حضور دارند، بازی کند.
بازیکن پیشین تیم ملی فوتبال ایران همچنین در واکنش به اظهارات علی دایی که خداحافظی باقری را از دلایل ناکامی سرخپوشان در دیدارهای اخیر عنوان کرده بود، گفت: «من این موضوع را قبول ندارم. من که جزو نفرات اصلی تیم نبودم که خداحافظی‌ام به تیم لطمه بزند. من هیچ اختلافی با علی دایی نداشته و ندارم. ما دوستان صمیمی هم بوده و می‌مانیم». باقری با بیان این 2جمله افزود: پس از خداحافظی از فوتبال هیچ تماسی با علی دایی نداشتم. در این مدت البته دیدار و گفت‌وگوهایی با آقای کاشانی داشته‌ام. زمانی هم که تصمیم به خداحافظی گرفتم، این تصمیم را با بازیکنان قدیمی تیم در میان گذاشتم، چرا که آقای کاشانی آن زمان مالزی بود.
باقری احتمال حضورش در هیات‌مدیره باشگاه پرسپولیس را تایید کرد و گفت: من مربیگری را دوست ندارم اما بی‌میل نیستم در رده‌های مدیریتی در فوتبال باشم. چندی پیش نیز موضوع حضورم در هیات‌مدیره باشگاه پرسپولیس از سوی آقایان سعیدلو و کاشانی مطرح شد و اگر شرایط مهیا باشد به عضویت هیات‌مدیره باشگاه در می‌آیم. وی با بیان اینکه انتظار ندارد در تبریز خیابانی به نامش گذاشته شود، از هواداران تراکتورسازی خواست در دیدار روز پنجشنبه مقابل پرسپولیس حرمت این تیم و هوادارانش را نگاه دارند.
کاپیتان پیشین تیم فوتبال پرسپولیس با بی‌میلی از برگزاری بازی خداحافظی‌اش یاد کرد و در پاسخ به این پرسش که «اگر زمان به عقب برگردد و تیم پرسپولیس قهرمان جام حذفی شود، آیا در آن زمان از فوتبال خداحافظی می‌کنید؟»، گفت: من در آن مقطع از فوتبال خداحافظی نمی‌کردم چرا که توانایی بازی را داشتم. الان هم می‌توانم بازی کنم و توانایی‌ام از افرادی که الان در فوتبال هستند، خیلی بیشتر است. کریم باقری در شرایطی بر خداحافظی‌اش از دنیای فوتبال تاکید کرد که در نظرسنجی برنامه 90 گزینه«باقری باید تا پایان فصل صبر می‌کرد» از 2 گزینه «باید زودتر خداحافظی می‌کرد» و «بموقع خداحافظی کرد» درصد بیشتری را به خود اختصاص داد و مردم با رای بالای خود از باقری خواستند تا پایان فصل بماند که کاپیتان سرخ‌ها این درخواست را با پاسخ منفی‌اش جواب داد و تاکید کرد دیگر
بازنمی‌گردد.