خوئینی‌ها که اینک دبیرکل مجمع روحانیون مبارز است، عهده‌دار مسؤولیت‌های کلیدی در دستگاه‌هاي قضایی و سیاسی نظام بوده. وی ابتدای انقلاب عضو «مجلس خبرگان قانون اساسی» بود. همچنین از سال ۵۹ تا 60، به مدت یک سال ریاست سازمان صداوسیما را بهعهده داشت. در دهه 60 نیز چندین سال عهده‌دار دادستانی کل کشور بود، اما در میان این مناصب، کنار رفتن وی از دادستانی کل کشور و ریاست بعثه حضرت امام و سرپرستی حجاج ایرانی، 2 نمونه از اموری است که تأثیری بسزا در مشی سیاسی وی داشته است. پس از این برکناری‌ها، خوئینی‌ها به سمت طراحی یک تشکیلات حزبی معارض حرکت میکند و یکی از پایه‌گذاران انشعاب از جامعه روحانیت مبارز تهران و تشکیل مجمع روحانیون مبارز تهران می‌شود.
ارائه تئوري عدم دشمني آمريكا با ايران
بسیاری از اصلاحطلبانی که در دهه هفتاد باب تجدیدنظر در اصول نظام جمهوری اسلامی را گشودند، شاگردان بلافصل خوئيني‌ها بودند. در سیاست خارجی این نظریه که آمریکا دیگر دشمن نظام نیست برای نخستین بار در روزنامه «سلام» مطرح شد و حتی «عباس عبدی» سردبیر روزنامه فوق و یکی از تسخیرکنندگان لانه جاسوسی، با هدایت شخص خوئینی‌ها باب دیدار و مذاکره با «باری روزن» جاسوس آمریکایی و گروگان خط امامی‌ها را، در «پاریس» ترتیب داد. مباحث مربوط به مشروعیت نظام و تز کاهش اختیارات ولایت فقیه نیز اولین‌بار در همین روزنامه مطرح شد. موسوی خوئینی‌ها جزو اولین نفراتی بود که «نظارت استصوابی» شورای نگهبان را به چالش کشید. بنابراین آنچه در 2 سال اخیر درباره اندیشه‌های ضد ولایت فقیه خوئینی‌ها مطرح می‌شود، ریشه در عملکرد دو دهه اخیر دبیرکل مجمع روحانیون دارد؛ چنان که برخی اعضای این مجمع فاش کرده‌اند او از فردای رحلت امام علم مخالفت با رهبری را برافراشت و این طرح خویش را از طرق مختلف دنبال کرد؛ روزی در قالب ارایه نظریه شورایی کردن رهبری، روزی دیگر در قالب محدود کردن رهبری به قانون اساسی و بالاخره 2 سال پیش در جریان فتنه عمیق 88 برای براندازی نظام اسلامی؛ و اگر نشد، لااقل تضعیف جایگاه ولایت فقیه.
پرده‌های جدید از تناقضات فکری
تجدیدنظر در مبانی اندیشه حکومت اسلامی در چند سال اخیر، در حالی از زبان موسوی خوئینی‌ها مطرح شد که وی، زمانی اولین مدافع ولایت مطلقه فقیه بود و در دفاع از نظریه حضرت امام مبنی بر اینکه ولی فقیه واجد همه اختیارات شارع اسلامی است، بیشترین حملات را به چهره‌های رقیبش کرده بود. در مرور کارنامه این لیدر اصلاحطلبان، اکنون فهرستی بلند از تناقضات پیش روی قرار دارد. در اینجا فقط به چند مورد برجسته از این تناقضات اشاره میکنیم. او در بهمن87 ـ4 ماه مانده تا انتخابات دهم ریاست جمهوری‌ـ رهنمود میدهد باید اختیارات رهبری را محدود کرد. در نشستی دیگر میگوید: «نمیتوان بهخاطر مصالح نظام از مطالبات سیاسی خویش کوتاه آمد. راه دیگری جز اصلاح ساختار نظام، باقی نیست». وي در دیدار با نامزدان اصلاحطلب توصیه میکند «تغییر در قانون اساسی را دردستور کار قرار دهید».