در اينجا، به نظراتی که خوئيني‌ها قبلا داشته و نظرات فعلي وی كه در دیدار جمعی از یاران خویش قبل از وقوع فتنه 88 بیان کرده نگاه مي‌کنیم. خوئینی‌ها پيش‌ترها مي‌گفت: «از نظر حضرت امام واجبترین مساله این است که نظام حفظ شود تا کشور سر پا بماند. حفظ نظام اوجب واجبات است، یعنی باید از برخی واجبات و محرمات (اگر لازم باشد) عبور کرد تا نظام حفظ شود». او در دیداری در زمستان 87 در حالی اصولگرایان را به عدول از اصول متهم میکند که در ملاقاتش با دانشجویان به صراحت اذعان میکند: «در زیر چتر اصلاحات عدهای بودند که داعیه اصلاحطلبی داشتند اما اصلاحطلبی را با کنار گذاشتن دین ممکن میدانستند، عدهای میگویند لازم نیست دین را کنار گذاشت، اما نباید در سیاست دخالتش داد، عده دیگری میگویند داخل شدن دین در سیاست اشکالی ندارد، اما به این شکلی که امروز اتفاق افتاده کار درستی نیست. برخی هم کاملا چارچوبها را قبول دارند اما به روشها ایراد دارند. در بین اصلاحطلبان هم افرادی بودند که آقای خاتمی با آنها نسبتی ندارد». فصل دیگر این تناقضات را میتوان در نگاه خوئینی‌ها به اندیشه‌های حضرت امام خمینی در سیاست خارجی جستوجو کرد. او در مقام لیدر گروه‌های خط امام بیشترین دفاع را از بحث قطع ارتباط با آمریکا کرد و هر گونه نرمش و مدارا با این قدرت را مساوی عدول از انقلاب و راه امام می‌دانست. اما در سال 87 در نشست با دانشجویان دیدگاهی کاملا متناقض با آن نطق‌های آتشین دهه 60 خویش ارائه میکند و میگوید: «اما سؤال شما درباره برقراری ارتباط میان ایران و آمریکا. باید عرض کنم در یک نگاه منطقی و تحلیلی، موضوع رابطه با آمریکا، یک معضل بهحساب نمیآید. این مساله توسط برخی افراد به یک مساله بزرگ تبدیل شده است. نمیدانم چرا گاهی اوقات در این کشور موضوعات بهقدری پیچیده می‌شود که حل آن دردسرآفرین می‌شود. به هر صورت ما زمانی انقلاب کردیم و آمریکا با انقلاب ما مخالفت کرد و ما نیز متقابلا پاسخ آن را دادیم اما نباید تا ابد با آمریکا در یک وضعیت ثابت ماند».