دگردیسی‌های مواضع سیاسی لیدر اصلاح‌طلبان تندرو به موارد معدودي، محدود نمیشود. او پس از ترک مناصب حکومتی، وقتی به جرگه اپوزیسیون میپیوندد، با گروه‌هایی دست اتحاد میدهد که زمانی به دست خود او در دادستانی یا توسط همکاران امنیتیاش حذف شده بودند.
حجتالاسلام موسوي خوئيني‌ها که زمانی بیشترین اعتراض‌ها را به گروهک نهضت آزادی و شخص مهدی بازرگان داشت، در دیدار با دانشجویان، با تبرئه نخست‌وزیر دولت موقت میگوید: «مهندس بازرگان معتقد بود که ساواک میتواند برای ما کار اطلاعاتی انجام دهد و ما میتوانیم از آنها برای اهداف خود استفاده کنیم. چنین اختلافی روز به روز شکاف ما را بیشتر میکرد، اما هیچ وقت مثل همین حالا کسی فکر نمیکرد که مهندس بازرگان و دوستانش در نهضت آزادی علاقهمند به شاه و وابستگی به آمریکا بودند». در روزنامه سلام و پس از آن در جبهه منحل مشارکت، شاگردان موسویخوئینیها با رهنمود خود او باب تعامل با این جریان را باز کردند و دست آخر او پای لیست‌های انتخاباتی‌اي را امضا میکرد که در آن نام اعضای ائتلاف موسوم به ملی- مذهبی‌ها در کنار همقطاران وی آمد. برای آنکه درجه تقابل و تعارض لیدر اصلاح‌طلبان با نظام را دریابیم، کافی است به رهنمودهای تشکیلاتی او رجوع کنیم. با آنکه در حال حاضر که اصلاح‌طلبان، لااقل تظاهر به ندامت از عملکردشان در فتنه 88 می‌کنند و برای تایید صلاحیت و راهیابی به مجلس نهم، برخی چهره‌های دوم خردادی طرح تعامل با نهادهای حاکمیت را ارایه می‌کنند، اما او باز هم در موضعی طلبکارانه ادعا می‌کند، نظام به وی تهمت زده است(!) در عين حال، حجتالاسلام خوئيني‌ها، ابایی از این ندارد که رسماً اعلام کند، طرح مبارزه میرحسین موسوی با دولت اصولگرا را او طراحی و ارائه کرد. کافی است در اینباره حول این جمله او که همه رسانه‌های حامی فتنه منتشر کردند، غور شود: «ما انتظار داریم مهندس موسوی در درجه اول روند فعلی را متوقف کرده و در درجه بعد با استفاده از افرادی که دورش جمع میشوند، چند قدمی بهسوی تسخیر موقعیت‌های جدید گام بردارد».