در بررسی پرونده گروهی که «فتنه‌گر» نامیده می‌شوند، به این نقطه می‌رسیم که شاخص‌ترین چهره فکری که نقش «پدر روحانی» را برای این گروه ایفا می‌کند و مرد خاکستری اصلاحات است، از نظر اعتقادی، انحراف داشته است. حجت‌الاسلام سیدمحمد موسوی‌خوئینی‌ها پیش از پیروزی انقلاب (دهه 50) در یکی از مساجد تهران به نام «جوستان» مباحثی را به عنوان تفسیر قرآن و نهج‌البلاغه ارائه می‌داده است. آنگونه که فرزند شهید مطهری به خوئيني‌ها يادآوري كرده است، علامه مجاهد آیت‌الله شهيد مرتضی مطهری رضوان‌الله تعالی علیه نسبت به طرح مباحثی که وی(خوئینی‌ها) به عنوان تفسیر قرآن مطرح می‌کرده، معترض بوده و آن مباحث را دارای ریشه‌های مادی می‌دانسته است. استاد شهید مطهری، موضوع را در همان سال‌ها با حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای در میان می‌گذارد، ایشان نیز به ریشه‌های مادی‌گرایانه و جنبه تفسیر به رای این مباحث اشاره می‌فرمایند. آيت‌الله شهيد همچنين از آقاي خوئيني‌ها مي‌خواهد جلسات تفاسير التقاطي‌اش را تعطيل كند.
در حقیقت مباحثی که در آن حلقه تفسیر ارائه می‌شده است و افرادي نظیر حبیب‌الله پیمان(پدر معنوي ميرحسين موسوي و زهرا رهنورد)، محمد ملکی، سيدمحسن میردامادی، عباس عبدی، جواد روشن‌ضمیر و ناصر خالقی در آن شرکت می‌کرده‌اند، با مباحثی که گروهک مجاهدین خلق (منافقین) از آیات و روایات داشتند، همگون بوده است. طبعا مبانی غیردینی اگر به نام دین ارائه شوند، در متن خود تعارضاتی را برانگیخته و فرد را دچار تحیر و سرگردانی می‌کنند؛ به گونه‌ای که فرد اگر به «سرچشمه دین» بازنگردد، یا دچار انحراف شدید «جدا شدن از دین» می‌شود یا منافقانه از دین برای رسیدن به «دنیا» استفاده می‌کند.
حجت‌الاسلام خوئینی‌ها به‌رغم تاکید استاد شهید مبنی بر تعطیل کردن درس و کنار گذاشتن آن مباحث مادی‌گرایانه، به بحث خود ادامه می‌دهد.
البته مباحث انحرافی آن حلقه به اصطلاح تفسیر اگرچه از منظر بزرگانی نظیر حضرت آيت‌الله العظمي خامنه‌اي و علامه شهید مطهری یک خطر محسوب می‌شد، ولی آن بزرگواران، علنی شدن اختلاف میان روحانیان را خطری بزرگ‌تر قلمداد می‌کردند و لذا از کنار این مباحث عبور کردند؛ هرچند آيت‌الله شهید مطهری در مجموعه کتاب‌های «جهان‌بینی توحیدی» بدون اشاره به این حلقه تفسیر، مباحث آن و مباحث حلقه‌های مشابه را مورد انتقاد عالمانه خود قرار داده است.