فرقه‌اي متشکل از كمتر از 60 عضو و رهبري به نام «اكبر گودرزي» که در اوج فعاليتش 20 ساله بود، همه آن چيزي بود که يک گروهک انحرافي با نام فرقان را شکل مي‌داد. گودرزي اعضاي گروه تحت امر خود را در مدت 4-3 سال از بين جلسات به‌اصطلاح قرائت و تفسير قرآن در تهران انتخاب کرده بود. وي مطالبي را که در اين جلسات تدريس مي‌کرد، گردآوري، تدوين و تکثير کرد و اين سال‌ها را «سال‌هاي تدوين ايدئولوژي» ناميد.
اكبر گودرزي 4ـ 3 سالي دروس مقدمات و قسمتي از سطح را در حوزه‌هاي علميه خوانسار، قم و تهران فرا گرفته بود و جلسات تفسيرش در مناطق مختلف تهران در نازي‌آباد، سلسبيل، مسجد خمسه در قلهک و جواديه و نيز مسجد فاطميه خزانه برگزار مي‌شد. گودرزي گروهك فرقان را در درون همين جلسات قرآن تاسيس و رهبري کرد. او از سال ۱۳۵۶ به صدور اعلاميه و بيانيه پرداخت و وارد حوزه سياست و مبارزه نيز شد اما به جز اين اعلاميه‌ها، فعاليت ديگري نداشت.
ترورهاي فرقان بلافاصله بعد از پيروزي انقلاب اسلامي آغاز شد. اين گروهك براي صدور حکم اعدام براي هر کس که تشخيص مي‌داد؛ مشکل چنداني نداشت و با تشکيل جلسات مختصري اقدام می‌کرد. رهبر گروهك؛ گودرزي در جواب اين سوال که مراحل ترور يک فرد از ابتدا تا انتها چگونه بوده است؟ مي‌گويد: «مسؤول عمليات نظامي محمد متحدي بود. ايشان با من درباره افرادي که تصميم مي‌گرفتيم ترور شوند، صحبت مي‌کرد و بعد با افرادي که خودش با آنها تماس داشت، به اين تصميم لباس عمل مي‌پوشاند و در پايان کار اينجانب اعلاميه آن را مي‌نوشتم و به مسؤول تبليغات و انتشارات مي‌دادم».
با مرور خاطرات مربوط به فرقه تروريست فرقان، به سركردگي طلبه‌نمايي به نام «اكبر گودرزي»، نقش کلیدی انحرافات تفسیری حجت‌الاسلام سيدمحمد موسوی‌خوئینی‌ها در راه‌اندازی ماتریالیست‌های منافق كه با ترور بزرگاني چون علامه مجاهد مرحوم شهيد آيت‌الله مرتضي مطهري(ره) ضربات سنگين و غيرقابل جبراني بر اسلام و انقلاب وارد كردند، مشخص مي‌شود.
درباره کیفیت و نوع ارتباط حجت‌الاسلام «سیدمحمد موسوی‌خوئینی‌ها» دبیر كل مجمع روحانیون مبارز و يكي از سران فتنه 88 با گروهک فرقان اظهارات زیادی مطرح و روایت‌هایی از این موضوع بیان شده است.