ماشاءالله رحیمی از مدیران مسجد قبا ميگويد: «اكبر گودرزی همیشه اعلام می‌کرد که با آقای خوئینی‌ها حشر و نشر دارد. عده‌ای از جوان‌هایی هم که به او پیوستند بچه‌های مسجد متقین (زیر پل صدر) و از طایفه کشانی‌ها بودند. این مسجد در نزدیکی منزل شهید مفتح بود، جوانانی که دور گودرزی جمع شدند، پس از مدتی به این نتیجه رسیدند که باید با مسؤولان نظام مقابله کنند. قبل از انقلاب، آن زمان که گودرزی به مسجد قبا رفت و آمد داشت و هر گروهی که مبارزه می‌کرد، شهید بزرگوار حاج محمدتقی حاج طرخانی(ره) به آنها کمک مالی می‌کرد... مسؤول کتابخانه ما به نام آقای مدرسی که در زمان دولت موقت گمانم فرماندار برازجان و آن نواحی بود از عوامل گودرزی بود. آقای خوئینی‌ها هم در مسجد جوستان تفاسیری داشت که مورد تایید خیلی‌ها نبود از جمله شهید مطهری نسبت به تفاسیر ایشان انتقادات جدی داشتند».
فرقان معتقد بود، انقلاب اسلامي مشابه نهضت تنباکو، مشروطيت و ملي شدن صنعت نفت است و اعتقاد داشت که بعد از پيروزي انقلاب (انقلابي که در اصالت آن و حرکت واقعي مردم شکي وجود ندارد) روحانيت بدون خواست مردم به شکل کودتا به قدرت رسيده و بايد به علت نداشتن تجربه کافي در امور اجرايي، نداشتن تخصص‌هاي لازم در امور فني و مديريت از دخالت در اينگونه امور خودداري کرده و قهرا قشري که بر سر کار خواهد آمد، بايد سازمان‌هاي سياسي، مارکسيستي و ناسيوناليستي باشند. جالب آنكه افكار جريان انحرافي در اين زمينه مشابهت جالبي با گروهك تروريست فرقان دارد.
نخستین عاملي که فرقان را به رويارويي مسلحانه با جمهوري‌اسلامي کشاند، به تعبير خودشان قرباني شدن «ارزش‌هاي راستين تشيع سرخ علوي بود». همچنين تلاش براي «آزاد ساختن علي از اسارت آخونديسم» عامل ديگر اين مبارزه قهرآميز معرفي شد! بر اساس آيه «فقاتلوا ائمهًْ‌الکفر» گروهك فرقان تصميم گرفت ابتدا تيمسار ولي‌الله قرني و سپس علامه مطهري را بکشد! انتخاب استاد مطهري براي آن بود که «فکر به قدرت رسيدن ديکتاتوري آخونديسم و آماده‌سازي تشکيلاتي آن، مدت‌ها قبل، حتي قبل از خرداد ۴۲ از طرف او طرح شده بود». دلايلي که در اين باره اعضاي فرقان بیان کرده‌اند، به اين شرح است: «وي[آيت‌الله شهيد مطهري]اصطلاح «ماترياليسم منافق» را جعل کرده و در دين اسلام بدعت گذاشته است و از آن چماق تکفيري عليه بهترين فرزندان اسلام و قرآن ساخته است. ديگر اينکه نامبرده عضو شوراي انقلاب بوده و همچنين کتاب خدمات متقابل اسلام و ايران را نوشته است که به منزله همکاري با رژيم طاغوتي است؛ و مجازات تمام موارد اعدام است». دكتر حسين غفاري، استاد فلسفه دانشگاه تهران و از شاگردان و نزديكان علامه مجاهد آيت‌الله شهيد مطهري، درباره نخستين مواجهه‌هاي استاد شهيد با انحرافات فکري فرقه فرقان ميگويد: «حدود سال‌هاي ۵۴ و ۵۵ بود كه گروهک فرقان جزوه‌هايي را به شكل پلي‌كپي در دانشگاه‌ها پخش كردند. آقاي مطهري بسيار ناراحت بودند و احساس خطر مي‌كردند و در مقدمه كتاب «علل گرايش به ماديگري» هم به اين مساله اشاره و آنها را افشا كردند. پس از چاپ اين مقدمه، برخي اعضاي اين گروهك به انتشارات حكمت آمدند و به من گفتند: «به مطهري بگو اگر اين افشاگري‌ها را ادامه بدهد با او برخورد فيزيكي خواهيم كرد!» من وقتي پيغام آنها را به استاد رساندم، گفتند: «چه بهتر كه من جان خودم را در مقابله با انحراف اسلام از دست بدهم».
ترور آيت‌الله شهيد دكتر مفتح
دکتر محمد مفتح نيز در ۲۷ آذر ۵۸ توسط يك عضو گروهك فرقان به شهادت رسيد. آيت‌الله سيدمحمدعلي قاضي طباطبايي، حاج مهدي عراقي و چند شخصيت ديگر نيز در همان سال از سوي گروهك فرقان ترور شدند. اين گروهك براي رفع نيازهاي اقتصادي و تأمين هزينه عمليات تروريستي‌اش، اقدام به سرقت از چندين بانک کرد تا بتواند پول‌هاي سرقتي را صرف تهيه خانه‌هاي تيمي و خريد اسلحه کند. اعضاي فرقان بعد از انجام اين ترورها لو رفته و همگي آنان از جمله اكبر گودرزي رهبر آنان، به دام افتاده و معدوم شدند. گودرزي، 18 دي 58 دستگير و 3خرداد 59 به همراه تعداد ديگري از اعضاي اين فرقه تروريست به نام علي حاتمي، سعيد مرآت، عباس عسكري، عليرضا شاه‌بابيک و حسن اقرلو اعدام شد. سازمان‌دهنده اصلي فرقان اکبر گودرزي، پا منبري حجت‌الاسلام سيدمحمد موسوي خوئيني‌ها بود که کساني مانند سعيد واحد، محسن سياهپوش، حميد نيکنام، علي اسدي و بهرام تيموري به‌طور مستقيم زير نظر او بودند. محمد متحدي ديگر عضو اين گروهك در اروميه و تبريز بود که عامل اصلي ترور شهيد آيت الله قاضي طباطبايي بود. 2 نفر از اعضاي اين گروهك نيز گريختند که بعدها به خارج از کشور رفتند. گهگاه اطلاعيه‌‌هايي از گروهك فرقان در بعضي از سايت‌هاي خبري خارج از کشور ديده مي‌شود.