با پیروزی انقلاب اسلامی، خوئيني‌هايي كه تفسیر مادی‌گرایانه از آیات قرآن ارائه می‌داد، توانست با وانمايي خود به عنوان فردي بشدت انقلابي، سوءاستفاده از دوستي با مرحوم حجت‌الاسلام والمسلمين حاج سيداحمدآقا خميني و بویژه ابراز مخالفت‌هاي تند و آشکار با سازمان مجاهدین خلق (منافقین) و دیگر گروه‌های انحرافی، توجه مسؤولان را به خود جلب کند. بدین جهت او بعد از انقلاب توانست جایگاه برجسته‌ای میان مسؤولان کشور براي خويش دست و پا كند. حجت‌الاسلام خوئينيها به سفارش «حسينعلي منتظري» و در حالي كه حضرت امام، او را نمي‌‌شناختند، به عنوان دادستان كل كشور منصوب شد. نمايندگي و سپس نایب‌رئیسی دوره اول مجلس شورای اسلامی، عضویت در شورای سرپرستی صدا و سیما (۱۳۵۹)، ریاست سازمان حج و سرپرستي حجاج ايراني، نمایندگی دوره اول مجلس خبرگان رهبری، نمایندگی مجلس خبرگان قانون اساسی، عضویت در شورای بازنگری قانون اساسی و عضويت در مجمع تشخيص مصلحت نظام، ديگر مسؤوليت‌هاي وي بوده است. اما مهم‌ترين موضوعي كه موجب شناخته شدن حجت‌الاسلام خوئينيها و بر سر زبان افتادن نام وي شد، بحث تسخير لانه جاسوسي در 13 آبان 58 بود؛ البته وي بعدها از اين اقدام پشيمان شد و پس از سال‌ها ضدآمريكايي‌گري افراطي، 19 سال پس از اشغال لانه، در نهم مرداد 77 با اعزام عباس عبدي، شاگرد و فرمانبر قديمي خود و يكي از تسخيركنندگان سفارت ايالات متحده به پاريس براي ملاقات با «باري روزن» يكي از جاسوسان آمريكايي سابقا گروگان كه در زمان ماجراي لانه، به ظاهر وابسته مطبوعاتي و در واقع يكي از مهم‌ترين جواسيس واشنگتن بود، از جاسوسان آمريكايي دلجويي كرد. پس از آن، خوئينيها تقریبا همه مباني فکری حضرت امام (حتی درباره مبارزه با آمریکا) را زیر سوال برد و از طریق روزنامه خود؛ سلام، به مخالفت با نظرات امام امت برخاست. بدین‌ترتیب تفسير ماديگرا يا نه از قرآن مجيد به تفسیر دنیوی و سكولاريستي از حکومت اسلامی رسيد؛ ولایت‌فقیه را یک مقوله عرفی قلمداد کرده و براي تقابل با ولايت‌فقيه و مصداق آن، جواز صادر کرد.
بنا به آنچه مهدي کروبی در مصاحبه‌های خود می‌گوید، خوئینی‌ها نقش مهمی در به وجود آمدن «مجمع روحانیون مبارز» که پیدایی آن با بروز شکاف جدی در میان طیف روحانیان طرفدار امام همراه شد، داشته است. مجمع روحانیون از عناصر (به نسبت جامعه روحانیت مبارزه تهران) جوان‌تر تشکیل شد که عمدتا مجتهد نبودند. آنان با این بهانه مضحك و واهي که عناصر اداره‌کننده جامعه روحانیت را در خط امام نمی‌بینند(!) و می‌خواهند ظرفیت طرفداری از امام و نظام را بالا ببرند، این مجمع را 29 اسفند 66 با انشعاب از جامعه روحانيت مبارز تهران، پایه‌گذاری کردند. ولي در عمل چیزی نگذشت که رفتار و عملکرد این گروه منجر به دلسردی گروه زیادی از روحانیان و مردم انقلابي ايران شد. مجمع روحانیون مبارز تهران که با داعیه تقویت بعد حمایتی روحانیون از نظام شکل گرفته بود، 3 سال پس از تاسیس نخستین حرکت‌های اعتراضی را علیه بخش‌هایی از نظام شکل داد.