حجت‌الاسلام والمسلمين جعفر شجوني، عضو جامعه روحانیت مبارز درباره شروع ارتباط گودرزی با حجت‌الاسلام خوئینی‌ها مي‌گويد: گودرزی بعد از آنکه از سوی علمای محترم و شناخته‌شده و حوزه‌های علمیه مهم تهران طرد شد، سراغ آقای موسوی خوئینی‌ها رفت و او هم گودرزی را پذیرفت و این هم امر غیر‌منتظره‌ای نبود.
آقاي شجوني ادامه مي‌دهد: «در آستانه پیروزی انقلاب، خوئيني‌ها در مسجد «جوستان» منبر می‌رفت و علیه آقای مطهری بد و بیراه می‌گفت. كشور در آستانه تحول و انقلاب بود ولی ایشان بالای منبر پرت و پلا می‌گفت. مسجد جوستان فعال بود و ایشان هم منبر می‌رفت. بعد هم بازاری‌ها می‌خواستند برای خوئيني‌ها خانه بسازند، پیغام داد حالا که می‌سازید، یک کمی بزرگ‌تر بسازید(!) به هر حال این شخص در مسجد جوستان کارش گرفته بود و فکر می‌کرد تا ابد ادامه دارد. یکی از پامنبري‌هاي خوئيني‌ها، اکبر گودرزی بود که بعدها رئیس گروهك فرقان شد. یکی ديگر از آنهايي كه شيفته تفسير قرآن خوئيني‌ها بود و پاي منبر وي مي‌آمد هم، محمود کشانی بود که شهید مفتح را او کشت.
موسوی خوئینی‌ها آیه «یصدون عن سبیل‌الله» را این‌طور معنی می‌کرد: یک عده‌ای سد راه انقلاب هستند، با دولت‌ها سازش می‌کنند، بعد هم بهشتی و باهنر را جزو آموزش و پرورش و معاونان فرخ‌رو پارسا معرفی می‌کرد. آقای مطهری را هم علنا اسم می‌برد و می‌گفت، با دولت سازش کرده است و اینها را مزاحم انقلاب می‌دانست. می‌گفت که اینها مزاحم و سد راه انقلاب هستند و نمی‌گذارند انقلاب پیروز شود. شیخ قاسمی‌نامي كه آن روز به همراه مهدي كروبي در مسجد جوستان بوده، به کروبی می‌گوید: ببین این جوان‌ها چه جوری او را نگاه می‌کنند! من گمان می‌کنم انقلاب که پیروز شود، اینها آن 4ـ 3 نفر را بکشند».
حجت‌الاسلام والمسلمين شجوني مي‌افزايد: آقای آقارضی شیرازی به اتفاق آقای مطهری به دیدن آیت‌الله انواری که از زندان آزاد شده بود، مي‌روند. ديدند موسوی‌خوئینی‌ها آنجا نشسته است. آقای رضی می‌گوید، تا من و آقای مطهری وارد خانه انواری شدیم، خوئيني‌ها از جا بلند شد و رفت. شهيد مطهری به آيت‌الله انواری مي‌گويد: «آقای انواری! این را می‌شناسی؟» آقاي انواري گفت: «نه!» مي‌گويد: از کسانی است که مسائل اسلامی را به شیوه مارکسیستی و کمونیستی تفسیر می‌کند».
علی‌اکبر ناطق‌نوری، قاضی اصلی پرونده رسیدگی به جنایات گروهك تروريست فرقان نيز مي‌گويد: «من در دادگاه فرقان از یکی از اینها سوال کردم که شما از کجا به اینجا رسیدید؟ او گفت ما اول تفسیر پرتوی از قرآن را می‌خواندیم. بعد دیدیم یک کسی روشنفکرتر از او تفسیر می‌گوید و رفتیم به مسجد جوستان [درس‌هایی از قرآن سيدمحمد موسوی‌خوئینی‌ها] در خیابان نیاوران».
هاشم صباغیان، وزير كشور دولت موقت و از اعضاي قديمي نهضت آزادي نيز اذعان مي‌كند: «[عملكرد گروهک فرقان] به تفسیرهایی برمی‌گشت که آقای خوئینی‌ها در مسجد جوستان می‌کرد. مطهری بشدت در مقابل این فکر ایستادگی می‌کرد و مخالف جدی این نوع برداشت‌ها بود... واقعیت این است که ما در آن موقع هنوز به جوهره تفکر آنها پی نبرده بودیم... من بعدها ماهیت آنها را فهمیدم و متوجه شدم که از محصولات جلسه تفسیر آقای موسوی خوئینی‌ها هستند. ما به دلیل فشردگی کارهایی که داشتیم نمی‌رسیدیم برویم ببینیم چه می‌گوید؛ یکی ـ دو بار گزارش‌هایی از این جلسات رسید و مهندس بازرگان... اظهار ناخشنودی کرد. ایشان خیلی ناراحت بود و می‌گفت این برداشت‌ها خطرناک هستند. قبل از انقلاب جلساتی با حضور آقای مطهری، آقای موسوی‌اردبیلی، مهندس بازرگان، و... تشکیل می‌شد... آنجا هم این مسأله را مطرح کردند که اگر این تفاسیر ادامه پیدا کند، خطرناک خواهد بود ولی با نزدیک شدن به پیروزی انقلاب و مطرح شدن اولویت‌های دیگر، رسیدگی به این مسأله ممکن نشد... آن موقع برخی از همین دوستان روحانی ما به مرحوم مطهری حمله می‌کردند و می‌گفتند، آقای خوئینی‌ها دارد جوان‌ها را جذب می‌کند. چرا می‌گویید تفسیرهای او درست نیست؟ ایشان می‌گفت، باید جوان‌ها را با پایه‌ریزی فکر صحیح جذب کنیم. اگر این پایه‌ها صحیح نباشند، در آینده گرفتار اینها خواهیم شد».