باشگاه فولاد مبارکه سپاهان ضمن انتقاد از بیانیه اخیر باشگاه شاهین بوشهر توضیحاتی راجع به قرارداد با لوکا بوناچیچ ارائه کرد. همچنین سایت باشگاه سپاهان در اطلاعیه‌ای از زحمات امیر قلعه‌نویی تجلیل کرد. در اطلاعیه روابط‌عمومی باشگاه آمده است: «باشگاه سپاهان ضمن گلایه از باشگاه شاهین بوشهر به جهت اتهاماتی که در بیانیه اخیرشان نسبت به ما روا داشته‌اند ذکر نکات ذیل را لازم و ضروری می‌داند. منطق فعالیت در فصل نقل و انتقالات اینگونه حکم می‌کند که تا وقتی با فرد یا افراد مورد نظر برای جذب به طور کامل، مکتوب و رسمی به توافق نرسیده‌ایم از رسانه‌ای نمودن خبر توافق با آنها خودداری کنیم و برخی گفت‌وگوها و توافقات شفاهی با واسطه‌ها و رابطین و یا یک قرارداد یکطرفه را که هنوز مورد قبول نهایی مربی یا بازیکن مورد نظرمان واقع نشده را مبنای همکاری قرار ندهیم و این مساله‌ای بود که عدم توجه به آن کاملا در بحث درخواست همکاری باشگاه شاهین بوشهر با آقای لوکا بوناچیچ توسط مدیران محترم این باشگاه بوشهری مشهود بود. باشگاه سپاهان از 15 روز قبل به‌طور همزمان و موازی با 4 مربی برای سرمربیگری تیم فوتبال این باشگاه در حال مذاکره بود که نهایتا با آقای بوناچیچ مذاکرات خود را به‌طور رودررو و مستقیم نهایی و مکتوب کرد و 4 ساعت پس از توافق کامل طرفین و امضای قرارداد دوجانبه و همچنین اخذ تاییدیه سازمان لیگ، خبر این توافق را رسانه‌ای کرد. این مربی کروات در نشست مذکور با مدیران سپاهان اظهار داشته که از سوی باشگاه شاهین و حتی چند باشگاه دیگر و توسط رابطین ایشان پیشنهاداتی به نامبرده ارائه شده و مذاکراتی صورت پذیرفته است که هنوز پاسخ رسمی و نهایی را به آنها نداده است و با توجه به سابقه حضور موفق با سپاهان در رقابت‌های ملی و بین‌المللی و حضور این باشگاه در لیگ قهرمانان آسیا، فعالیت در فولاد مبارکه سپاهان را به حضور در دیگر باشگاه‌ها ترجیح داده است. با این تفاسیر باید از باشگاه شاهین بوشهر سوال کرد کجای اقدامات باشگاه سپاهان و سرمربی تیم فوتبال این باشگاه غیراخلاقی، غیرحرفه‌ای و ناجوانمردانه بوده که در بیانیه خود آنگونه به آن پرداخته‌اند». همچنین باشگاه فولاد مبارکه سپاهان در اطلاعیه‌ای با اشاره به پایان همکاری امیر قلعه‌نویی و باشگاه فولاد مبارکه سپاهان برای این مربی بزرگ فوتبال ایران آرزوی موفقیت کرد.