مهم‌ترين تفاوت ساخت آهنگ براي سريال «مختارنامه» با دیگر موسيقي سريال‌هايي چون «سربداران» و «امام علي(ع)» در اين است كه در آنجا شما با يك تم محوري روبه‌رو هستید اما در سريال «مختارنامه» 40 تم با یکهزار دقيقه موسيقي ساخته شد كه عمده اين تم‌ها با اركستر زنده در تالار وحدت و رودكي اجرا و ضبط شد. آهنگساز «مختارنامه» درباره انتشار موسيقي اين مجموعه هم گفت: در حال تدوين بخش‌هاي مختلف اين كار هستم و در آينده نه‌چندان دور همراه پشت صحنه و چگونگي مراحل ضبط كار به صورت صوتي و تصويري آهنگ «مختارنامه»منتشر خواهد شد. هم موسیقی و هم خواننده تیتراژ ابتدای سریال «مختارنامه» خانم صديقه بحراني بود که تیتراژ پایانی اين اثر هم با صداي ايشان اجرا شده بود، منتها در روز پخش صداي خانم بحراني روي تیتراژ ابتدایی را نپذیرفتند اما گفتند تیتراژ پایانی با اینکه با صدای همان زن است اشکالی ندارد. امير توسلي، آهنگساز سریال «مختارنامه» در هجدهمین نشست نقد نغمه در فرهنگسراي شفق برگزار شد، گفت: قرار بود اتفاق دیگری را شاهد باشیم که درست روز پخش شرایط تغییر کرد، من با بهره‌گيري از صداي خانم بحراني در اثر موسيقي شيعيان ايران كه گرد‌آوري بخش بوشهر را آقاي شريفيان بر‌عهده داشتند، هدفم اين بود كه در تيتراژ ابتدايي و پاياني كه در سوگ شهيدان كربلا خوانده شده، از اين صدا به عنوان بخشي از كار استفاده كنم كه در همان روزي كه قرار بود كار اجرا شود، خبر دادند صداي زن تيتراژ ابتدايي بايد حذف شود. آقاي ميرباقري هم ريسك اين كار را پذيرفت اما در آخرين لحظات تصميم مديران سازمان بر اين قرار گرفت كه صداي تيتراژ ابتدايي حذف شود.